seq1 = pF1KE2289.tfa, 1524 bp
seq2 = pF1KE2289/gi568815586r_55737039.tfa (gi568815586r:55737039_55942830), 205792 bp

>pF1KE2289 1524
>gi568815586r:55737039_55942830 (Chr12)

(complement)

1-87  (100001-100087)   98% ->
88-173  (100393-100478)   100% ->
174-304  (101595-101725)   100% ->
305-520  (101949-102164)   100% ->
521-766  (103090-103335)   100% ->
767-895  (104097-104225)   100% ->
896-1060  (104824-104988)   100% ->
1061-1188  (105149-105276)   100% ->
1189-1524  (105457-105792)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACTGCCAGCAGCTGTGGCTGGGCTTCCTACTCCCCATGACAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACTGCCAGCAGCTGTGGCTGGGCTTCCTACTCCCCATGACAGTCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGGCCGGGTCCTGGGGCTTGCAGAGGTGGCGCCCGTG         GACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||>>>...>>>||||
 100051 AGGCCGGGTCCTGGGGCTTGCAGAGGTGGCGCCTGTGGTA...TAGGACT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ACCTGTCACAATATGGGTACCTACAGAAGCCTCTAGAAGGATCTAATAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100397 ACCTGTCACAATATGGGTACCTACAGAAGCCTCTAGAAGGATCTAATAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTCAAGCCAGAAGATATCACCGAGGCTCTGAG         AGCTTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100447 TTCAAGCCAGAAGATATCACCGAGGCTCTGAGGTG...CAGAGCTTTTCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GGAAGCATCTGAACTTCCAGTCTCAGGTCAGCTGGATGATGCCACAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101604 GGAAGCATCTGAACTTCCAGTCTCAGGTCAGCTGGATGATGCCACAAGGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CCCGCATGAGGCAGCCTCGTTGTGGCCTAGAGGATCCCTTCAACCAGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101654 CCCGCATGAGGCAGCCTCGTTGTGGCCTAGAGGATCCCTTCAACCAGAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCCTTAAATACCTGTTGCTGG         GCCGCTGGAGAAAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 101704 ACCCTTAAATACCTGTTGCTGGGTG...TAGGCCGCTGGAGAAAGAAGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTGACTTTCCGCATCTTGAACCTGCCCTCCACCCTTCCACCCCACACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101968 CCTGACTTTCCGCATCTTGAACCTGCCCTCCACCCTTCCACCCCACACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCCGGGCAGCCCTGCGTCAAGCCTTCCAGGACTGGAGCAATGTGGCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102018 CCCGGGCAGCCCTGCGTCAAGCCTTCCAGGACTGGAGCAATGTGGCTCCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTGACCTTCCAAGAGGTGCAGGCTGGTGCGGCTGACATCCGCCTCTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102068 TTGACCTTCCAAGAGGTGCAGGCTGGTGCGGCTGACATCCGCCTCTCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATGGCCGCCAAAGCTCGTACTGTTCCAATACTTTTGATGGGCCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 102118 CCATGGCCGCCAAAGCTCGTACTGTTCCAATACTTTTGATGGGCCTGGTA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521       GGAGAGTCCTGGCCCATGCCGACATCCCAGAGCTGGGCAGTGTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102168 ...CAGGGAGAGTCCTGGCCCATGCCGACATCCCAGAGCTGGGCAGTGTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CACTTCGACGAAGACGAGTTCTGGACTGAGGGGACCTACCGTGGGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103134 CACTTCGACGAAGACGAGTTCTGGACTGAGGGGACCTACCGTGGGGTGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTGCGCATCATTGCAGCCCATGAAGTGGGCCATGCTCTGGGGCTTGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103184 CCTGCGCATCATTGCAGCCCATGAAGTGGGCCATGCTCTGGGGCTTGGGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACTCCCGATATTCCCAGGCCCTCATGGCCCCAGTCTACGAGGGCTACCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103234 ACTCCCGATATTCCCAGGCCCTCATGGCCCCAGTCTACGAGGGCTACCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCCCACTTTAAGCTGCACCCAGATGATGTGGCAGGGATCCAGGCTCTCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103284 CCCCACTTTAAGCTGCACCCAGATGATGTGGCAGGGATCCAGGCTCTCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 TG         GCAAGAAGAGTCCAGTGATAAGGGATGAGGAAGAAGAAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103334 TGGTC...TAGGCAAGAAGAGTCCAGTGATAAGGGATGAGGAAGAAGAAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AGACAGAGCTGCCCACTGTGCCCCCAGTGCCCACAGAACCCAGTCCCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104136 AGACAGAGCTGCCCACTGTGCCCCCAGTGCCCACAGAACCCAGTCCCATG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CCAGACCCTTGCAGTAGTGAACTGGATGCCATGATGCTGG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 104186 CCAGACCCTTGCAGTAGTGAACTGGATGCCATGATGCTGGGTG...CAGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCCCCGTGGGAAGACCTATGCTTTCAAGGGGGACTATGTGTGGACTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104825 GCCCCGTGGGAAGACCTATGCTTTCAAGGGGGACTATGTGTGGACTGTAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 CAGATTCAGGACCGGGCCCCTTGTTCCGAGTGTCTGCCCTTTGGGAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104875 CAGATTCAGGACCGGGCCCCTTGTTCCGAGTGTCTGCCCTTTGGGAGGGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 CTCCCCGGAAACCTGGATGCTGCTGTCTACTCGCCTCGAACACAATGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104925 CTCCCCGGAAACCTGGATGCTGCTGTCTACTCGCCTCGAACACAATGGAT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TCACTTCTTTAAGG         GAGACAAGGTGTGGCGCTACATTAATT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 104975 TCACTTCTTTAAGGGTA...CAGGAGACAAGGTGTGGCGCTACATTAATT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 TCAAGATGTCTCCTGGCTTCCCCAAGAAGCTGAATAGGGTAGAACCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105176 TCAAGATGTCTCCTGGCTTCCCCAAGAAGCTGAATAGGGTAGAACCTAAC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTGGATGCAGCTCTCTATTGGCCTCTCAACCAAAAGGTGTTCCTCTTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105226 CTGGATGCAGCTCTCTATTGGCCTCTCAACCAAAAGGTGTTCCTCTTTAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 G         GGCTCCGGGTACTGGCAGTGGGACGAGCTAGCCCGAACTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105276 GGTA...CAGGGCTCCGGGTACTGGCAGTGGGACGAGCTAGCCCGAACTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 ACTTCAGCAGCTACCCCAAACCAATCAAGGGTTTGTTTACGGGAGTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105497 ACTTCAGCAGCTACCCCAAACCAATCAAGGGTTTGTTTACGGGAGTGCCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 AACCAGCCCTCGGCTGCTATGAGTTGGCAAGATGGCCGAGTCTACTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105547 AACCAGCCCTCGGCTGCTATGAGTTGGCAAGATGGCCGAGTCTACTTCTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 CAAGGGCAAAGTCTACTGGCGCCTCAACCAGCAGCTTCGAGTAGAGAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105597 CAAGGGCAAAGTCTACTGGCGCCTCAACCAGCAGCTTCGAGTAGAGAAAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 GCTATCCCAGAAATATTTCCCACAACTGGATGCACTGTCGTCCCCGGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105647 GCTATCCCAGAAATATTTCCCACAACTGGATGCACTGTCGTCCCCGGACT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ATAGACACTACCCCATCAGGTGGGAATACCACTCCCTCAGGTACGGGCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105697 ATAGACACTACCCCATCAGGTGGGAATACCACTCCCTCAGGTACGGGCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1479 AACCTTGGATACCACTCTCTCAGCCACAGAAACCACGTTTGAATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105747 AACCTTGGATACCACTCTCTCAGCCACAGAAACCACGTTTGAATAC