seq1 = pF1KE2288.tfa, 861 bp
seq2 = pF1KE2288/gi568815579f_54775329.tfa (gi568815579f:54775329_54989860), 214532 bp

>pF1KE2288 861
>gi568815579f:54775329_54989860 (Chr19)

1-34  (98962-98995)   100% ->
35-70  (100002-100037)   100% ->
71-361  (109907-110197)   99% ->
362-649  (112679-112966)   100% ->
650-861  (114321-114532)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCCCAAACAGACCACCCTCCTGTGTCTTG         TGCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  98962 ATGGACCCCAAACAGACCACCCTCCTGTGTCTTGGTG...CAGTGCTCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 TCTGGGCCAGAGGATTCAGGCACAGGAAG         GGGACTTTCCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100009 TCTGGGCCAGAGGATTCAGGCACAGGAAGGTA...CAGGGGACTTTCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 TGCCTTTCATATCTGCCAAATCGAGTCCTGTGATTCCCTTGGATGGATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109919 TGCCTTTCATATCTGCCAAATCGAGTCCTGTGATTCCCTTGGATGGATCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTGAAAATCCAGTGCCAGGCCATTCGTGAAGCTTACCTGACCCAGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109969 GTGAAAATCCAGTGCCAGGCCATTCGTGAAGCTTACCTGACCCAGCTGAT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GATCATAAAAAACTCCACGTACCGAGAGATAGGCAGAAGACTGAAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110019 GATCATAAAAAACTCCACGTACCGAGAGATAGGCAGAAGACTGAAGTTTT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GGAATGAGACTGATCCTGAGTTCGTCATTGACCACATGGACGCAAACAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110069 GGAATGAGACTGATCCTGAGTTCGTCATTGACCACATGGACGCAAACAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGGGCGCTATCAGTGCCAATATAGGATAGGGCACTACAGATTCCGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 110119 GCAGGGCGCTATCAGTGCCAATATAGGATAGGGCACTACAGGTTCCGGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CAGTGACACCCTGGAGCTGGTAGTGACAG         GCTTGTATGGCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 110169 CAGTGACACCCTGGAGCTGGTAGTGACAGGTA...TAGGCTTGTATGGCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AACCCTTCCTCTCTGCAGATCGGGGTCTGGTGTTGATGCCAGGAGAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112691 AACCCTTCCTCTCTGCAGATCGGGGTCTGGTGTTGATGCCAGGAGAGAAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 ATTTCCCTCACGTGCAGCTCAGCACACATCCCATTTGATAGATTTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112741 ATTTCCCTCACGTGCAGCTCAGCACACATCCCATTTGATAGATTTTCACT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGCCAAGGAGGGAGAACTTTCTCTGCCACAGCACCAAAGTGGGGAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112791 GGCCAAGGAGGGAGAACTTTCTCTGCCACAGCACCAAAGTGGGGAACACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CGGCCAACTTCTCTTTGGGTCCTGTGGACCTCAATGTCTCAGGGATCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112841 CGGCCAACTTCTCTTTGGGTCCTGTGGACCTCAATGTCTCAGGGATCTAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGGTGCTACGGTTGGTACAACAGGAGCCCCTACCTGTGGTCCTTCCCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112891 AGGTGCTACGGTTGGTACAACAGGAGCCCCTACCTGTGGTCCTTCCCCAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TAATGCCTTGGAGCTTGTGGTCACAG         ACTCCATCCACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 112941 TAATGCCTTGGAGCTTGTGGTCACAGGTA...CAGACTCCATCCACCAAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATTACACGACGCAGAACTTGATCCGCATGGCCGTGGCAGGACTGGTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114336 ATTACACGACGCAGAACTTGATCCGCATGGCCGTGGCAGGACTGGTCCTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 GTGGCTCTCTTGGCCATACTGGTTGAAAATTGGCACAGCCATACGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114386 GTGGCTCTCTTGGCCATACTGGTTGAAAATTGGCACAGCCATACGGCACT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GAACAAGGAAGCCTCGGCAGATGTGGCTGAACCGAGCTGGAGCCAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114436 GAACAAGGAAGCCTCGGCAGATGTGGCTGAACCGAGCTGGAGCCAACAGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    815 TGTGTCAGCCAGGATTGACCTTTGCACGAACACCAAGTGTCTGCAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114486 TGTGTCAGCCAGGATTGACCTTTGCACGAACACCAAGTGTCTGCAAG