seq1 = pF1KE2280.tfa, 1218 bp
seq2 = pF1KE2280/gi568815597f_113879517.tfa (gi568815597f:113879517_114081766), 202250 bp

>pF1KE2280 1218
>gi568815597f:113879517_114081766 (Chr1)

1-114  (100001-100114)   100% ->
115-400  (100816-101101)   100% ->
401-1218  (101433-102250)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGGCCCAGCACCCCTCTCCTCATCTTGTTCCTTTTGTCATGGTCGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGGCCCAGCACCCCTCTCCTCATCTTGTTCCTTTTGTCATGGTCGGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCCCTCCAAGGACAGCAGCACCACCTTGTGGAGTACATGGAACGCCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCCCTCCAAGGACAGCAGCACCACCTTGTGGAGTACATGGAACGCCGAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TAGCTGCTTTAGAG         GAACGGCTGGCCCAGTGCCAGGACCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100101 TAGCTGCTTTAGAGGTG...CAGGAACGGCTGGCCCAGTGCCAGGACCAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AGTAGTCGGCATGCTGCTGAGCTGCGGGACTTCAAGAACAAGATGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100843 AGTAGTCGGCATGCTGCTGAGCTGCGGGACTTCAAGAACAAGATGCTGCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ACTGCTGGAGGTGGCAGAGAAGGAGCGGGAGGCACTCAGAACTGAGGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100893 ACTGCTGGAGGTGGCAGAGAAGGAGCGGGAGGCACTCAGAACTGAGGCCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACACCATCTCCGGGAGAGTGGATCGTCTGGAGCGGGAGGTAGACTATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100943 ACACCATCTCCGGGAGAGTGGATCGTCTGGAGCGGGAGGTAGACTATCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGACCCAGAACCCAGCTCTGCCCTGTGTAGAGTTTGATGAGAAGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100993 GAGACCCAGAACCCAGCTCTGCCCTGTGTAGAGTTTGATGAGAAGGTGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGAGGCCCTGGGACCAAAGGCAAGGGAAGAAGGAATGAGAAGTACGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101043 TGGAGGCCCTGGGACCAAAGGCAAGGGAAGAAGGAATGAGAAGTACGATA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 TGGTGACAG         ACTGTGGCTACACAATCTCTCAAGTGAGATCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 101093 TGGTGACAGGTA...CAGACTGTGGCTACACAATCTCTCAAGTGAGATCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 ATGAAGATTCTGAAGCGATTTGGTGGCCCAGCTGGTCTATGGACCAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101465 ATGAAGATTCTGAAGCGATTTGGTGGCCCAGCTGGTCTATGGACCAAGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TCCACTGGGGCAAACAGAGAAGATCTACGTGTTAGATGGGACACAGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101515 TCCACTGGGGCAAACAGAGAAGATCTACGTGTTAGATGGGACACAGAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 ACACAGCCTTTGTCTTCCCAAGGCTGCGTGACTTCACCCTTGCCATGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101565 ACACAGCCTTTGTCTTCCCAAGGCTGCGTGACTTCACCCTTGCCATGGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GCCCGGAAAGCTTCCCGAGTCCGGGTGCCCTTCCCCTGGGTAGGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101615 GCCCGGAAAGCTTCCCGAGTCCGGGTGCCCTTCCCCTGGGTAGGCACAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCAGCTGGTATATGGTGGCTTTCTTTATTTTGCTCGGAGGCCTCCTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101665 GCAGCTGGTATATGGTGGCTTTCTTTATTTTGCTCGGAGGCCTCCTGGAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 GACCTGGTGGAGGTGGTGAGATGGAGAACACTTTGCAGCTAATCAAATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101715 GACCTGGTGGAGGTGGTGAGATGGAGAACACTTTGCAGCTAATCAAATTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CACCTGGCAAACCGAACAGTGGTGGACAGCTCAGTATTCCCAGCAGAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101765 CACCTGGCAAACCGAACAGTGGTGGACAGCTCAGTATTCCCAGCAGAGGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GCTGATCCCCCCCTACGGCTTGACAGCAGACACCTACATCGACCTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101815 GCTGATCCCCCCCTACGGCTTGACAGCAGACACCTACATCGACCTGGCAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CTGATGAGGAAGGTCTTTGGGCTGTCTATGCCACCCGGGAGGATGACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101865 CTGATGAGGAAGGTCTTTGGGCTGTCTATGCCACCCGGGAGGATGACAGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 CACTTGTGTCTGGCCAAGTTAGATCCACAGACACTGGACACAGAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101915 CACTTGTGTCTGGCCAAGTTAGATCCACAGACACTGGACACAGAGCAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 GTGGGACACACCATGTCCCAGAGAGAATGCTGAGGCTGCCTTTGTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101965 GTGGGACACACCATGTCCCAGAGAGAATGCTGAGGCTGCCTTTGTCATCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 GTGGGACCCTCTATGTCGTCTATAACACCCGTCCTGCCAGTCGGGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102015 GTGGGACCCTCTATGTCGTCTATAACACCCGTCCTGCCAGTCGGGCCCGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 ATCCAGTGCTCCTTTGATGCCAGCGGCACCCTGACCCCTGAACGGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102065 ATCCAGTGCTCCTTTGATGCCAGCGGCACCCTGACCCCTGAACGGGCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 ACTCCCTTATTTTCCCCGCAGATATGGTGCCCATGCCAGCCTCCGCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102115 ACTCCCTTATTTTCCCCGCAGATATGGTGCCCATGCCAGCCTCCGCTATA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 ACCCCCGAGAACGCCAGCTCTATGCCTGGGATGATGGCTACCAGATTGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102165 ACCCCCGAGAACGCCAGCTCTATGCCTGGGATGATGGCTACCAGATTGTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .
   1183 TATAAGCTGGAGATGAGGAAGAAAGAGGAGGAGGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102215 TATAAGCTGGAGATGAGGAAGAAAGAGGAGGAGGTT