seq1 = pF1KE2278.tfa, 1026 bp
seq2 = pF1KE2278/gi568815581f_63450678.tfa (gi568815581f:63450678_63689169), 238492 bp

>pF1KE2278 1026
>gi568815581f:63450678_63689169 (Chr17)

1-138  (100001-100138)   100% ->
139-297  (127793-127951)   100% ->
298-409  (128660-128771)   100% ->
410-528  (129148-129266)   100% ->
529-738  (132825-133034)   100% ->
739-856  (134534-134651)   100% ->
857-1026  (138323-138492)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCCCTGCACGGCAAACGGAAGGAGATCTACAAGTATGAAGCGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCCCTGCACGGCAAACGGAAGGAGATCTACAAGTATGAAGCGCCCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACAGTCTACGCGATGAACTGGAGTGTGCGGCCCGATAAGCGCTTTCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GACAGTCTACGCGATGAACTGGAGTGTGCGGCCCGATAAGCGCTTTCGCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGCGCTGGGCAGCTTCGTGGAGGAGTACAACAACAAG         GTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 100101 TGGCGCTGGGCAGCTTCGTGGAGGAGTACAACAACAAGGTG...CAGGTT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CAGCTTGTTGGTTTAGATGAGGAGAGTTCAGAGTTTATTTGCAGAAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127796 CAGCTTGTTGGTTTAGATGAGGAGAGTTCAGAGTTTATTTGCAGAAACAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTTGACCACCCATACCCCACCACAAAGCTCATGTGGATCCCTGACACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127846 CTTTGACCACCCATACCCCACCACAAAGCTCATGTGGATCCCTGACACAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAGGCGTCTATCCAGACCTACTGGCAACAAGCGGTGACTATCTCCGTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127896 AAGGCGTCTATCCAGACCTACTGGCAACAAGCGGTGACTATCTCCGTGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGGAGG         GTTGGTGAAACAGAGACCAGGCTGGAGTGTTTGCT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127946 TGGAGGGTA...CAGGTTGGTGAAACAGAGACCAGGCTGGAGTGTTTGCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAACAATAATAAGAACTCTGATTTCTGTGCTCCCCTGACCTCCTTTGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128695 AAACAATAATAAGAACTCTGATTTCTGTGCTCCCCTGACCTCCTTTGACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGAATGAGGTGGATCCTTATCTTTTAG         GTACCTCAAGCATT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 128745 GGAATGAGGTGGATCCTTATCTTTTAGGTA...CAGGTACCTCAAGCATT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATACGACATGCACCATCTGGGGGCTGGAGACAGGGCAGGTGTTAGGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129162 GATACGACATGCACCATCTGGGGGCTGGAGACAGGGCAGGTGTTAGGGCG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AGTGAATCTCGTGTCTGGCCACGTGAAGACCCAGCTGATCGCCCATGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129212 AGTGAATCTCGTGTCTGGCCACGTGAAGACCCAGCTGATCGCCCATGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AAGAG         GTCTATGATATTGCATTTAGCCGGGCCGGGGGTGGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129262 AAGAGGTA...CAGGTCTATGATATTGCATTTAGCCGGGCCGGGGGTGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AGGGACATGTTTGCCTCTGTGGGTGCTGATGGCTCGGTGCGGATGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132861 AGGGACATGTTTGCCTCTGTGGGTGCTGATGGCTCGGTGCGGATGTTTGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CCTCCGCCATCTAGAACACAGCACCATCATTTACGAAGACCCACAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132911 CCTCCGCCATCTAGAACACAGCACCATCATTTACGAAGACCCACAGCATC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ACCCACTGCTTCGCCTCTGCTGGAACAAGCAGGACCCTAACTACCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132961 ACCCACTGCTTCGCCTCTGCTGGAACAAGCAGGACCCTAACTACCTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ACCATGGCCATGGATGGAATGGAG         GTGGTGATTCTAGATGT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 133011 ACCATGGCCATGGATGGAATGGAGGTG...CAGGTGGTGATTCTAGATGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CCGGGTTCCCTGCACACCTGTCGCCAGGTTAAACAACCATCGAGCATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134551 CCGGGTTCCCTGCACACCTGTCGCCAGGTTAAACAACCATCGAGCATGTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 TCAATGGCATTGCTTGGGCCCCACATTCATCCTGCCACATCTGCACTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134601 TCAATGGCATTGCTTGGGCCCCACATTCATCCTGCCACATCTGCACTGCA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 G         CGGATGACCACCAGGCTCTCATCTGGGACATCCAGCAAAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134651 GGTA...TAGCGGATGACCACCAGGCTCTCATCTGGGACATCCAGCAAAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 GCCCCGAGCCATTGAGGACCCTATCCTGGCCTACACAGCTGAAGGAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138363 GCCCCGAGCCATTGAGGACCCTATCCTGGCCTACACAGCTGAAGGAGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 TCAACAATGTGCAGTGGGCATCAACTCAGCCCGACTGGATCGCCATCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138413 TCAACAATGTGCAGTGGGCATCAACTCAGCCCGACTGGATCGCCATCTGC

   1050     .    :    .    :    .    :
    997 TACAACAACTGCCTGGAGATACTCAGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 138463 TACAACAACTGCCTGGAGATACTCAGAGTG