seq1 = pF1KE2272.tfa, 639 bp
seq2 = pF1KE2272/gi568815595f_87140698.tfa (gi568815595f:87140698_87353819), 213122 bp

>pF1KE2272 639
>gi568815595f:87140698_87353819 (Chr3)

1-34  (86826-86859)   100% ->
35-126  (100002-100093)   100% ->
127-321  (105017-105211)   99% ->
322-424  (109178-109280)   100% ->
425-531  (112707-112813)   100% ->
532-639  (113015-113122)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGTCCCTCTTCAAGAAGAAAACCGTGGATG         ATGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  86826 ATGGCGTCCCTCTTCAAGAAGAAAACCGTGGATGGTG...TAGATGTAAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAAGGAACAGAATCGAGAGTTACGAGGTACACAGAGGGCTATAATCAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100009 AAAGGAACAGAATCGAGAGTTACGAGGTACACAGAGGGCTATAATCAGAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 ATCGAGCAGCTTTAGAGAAACAAGAAAAACAGCTG         GAATTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 100059 ATCGAGCAGCTTTAGAGAAACAAGAAAAACAGCTGGTA...TAGGAATTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GAAATTAAGAAAATGGCCAAGATTGGTAATAAGGAAGCTTGCAAAGTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105023 GAAATTAAGAAAATGGCCAAGATTGGTAATAAGGAAGCTTGCAAAGTTTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 AGCCAAACAACTTGTGCATCTACGGAAACAGAAGACGAGAACTTTTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105073 AGCCAAACAACTTGTGCATCTACGGAAACAGAAGACGAGAACTTTTGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TAAGTTCAAAAGTTACTTCTATGTCTACACAAACAAAAGTGATGAATTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105123 TAAGTTCAAAAGTTACTTCTATGTCTACACAAACAAAAGTGATGAATTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAAATGAAGATGGCTGGAGCAATGTCTACCACAGCAAAA         AC
        ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||>>>...>>>||
 105173 CAAATGAAGATGGCTGGAGCAATGTCTACTACAGCAAAAGTA...AAGAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AATGCAGGCAGTTAACAAGAAGATGGATCCACAAAAGACATTACAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109180 AATGCAGGCAGTTAACAAGAAGATGGATCCACAAAAGACATTACAAACAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TGCAGAATTTCCAGAAGGAAAACATGAAAATGGAAATGACTGAAGAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109230 TGCAGAATTTCCAGAAGGAAAACATGAAAATGGAAATGACTGAAGAAATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 A         TCAATGATACACTTGATGACATCTTTGACGGTTCTGATGA
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109280 AGTA...TAGTCAATGATACACTTGATGACATCTTTGACGGTTCTGATGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CGAAGAAGAAAGCCAGGATATTGTGAATCAAGTTCTTGATGAAATTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112747 CGAAGAAGAAAGCCAGGATATTGTGAATCAAGTTCTTGATGAAATTGGAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TTGAAATTTCTGGAAAG         ATGGCCAAAGCTCCATCAGCTGCT
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 112797 TTGAAATTTCTGGAAAGGTA...TAGATGGCCAAAGCTCCATCAGCTGCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGAAGCTTACCATCTGCCTCTACTTCAAAGGCTACAATCTCAGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113039 CGAAGCTTACCATCTGCCTCTACTTCAAAGGCTACAATCTCAGATGAAGA

    650     .    :    .    :    .    :
    606 GATTGAACGGCAACTCAAGGCTTTAGGAGTAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113089 GATTGAACGGCAACTCAAGGCTTTAGGAGTAGAT