seq1 = pF1KE2268.tfa, 384 bp
seq2 = pF1KE2268/gi568815584f_95586468.tfa (gi568815584f:95586468_95791318), 204851 bp

>pF1KE2268 384
>gi568815584f:95586468_95791318 (Chr14)

1-162  (100001-100162)   100% ->
163-333  (104269-104439)   100% ->
334-384  (104801-104851)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCTCCGAAGCTTCTGTGCGTCTAGGGGTGCCCCCTGGCCGTCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCTCCGAAGCTTCTGTGCGTCTAGGGGTGCCCCCTGGCCGTCTGTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATCCAGAGGCCTGGCATCTACGAAGATGAGGAGGGGAGAACCTGGGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATCCAGAGGCCTGGCATCTACGAAGATGAGGAGGGGAGAACCTGGGTGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTGTGGTCGTGCGGTTCAATCCCTCGCGTAGGGAATGGGCCAGGGCCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CTGTGGTCGTGCGGTTCAATCCCTCGCGTAGGGAATGGGCCAGGGCCTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CAGGGCAGCAGA         TATGAACCCAGCATCACAGTGCACTTGTG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CAGGGCAGCAGAGTG...CAGTATGAACCCAGCATCACAGTGCACTTGTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCAGATGGCAGTGCATACCCGGGAGCTACTCTCCTCCGGCCAGATGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104298 GCAGATGGCAGTGCATACCCGGGAGCTACTCTCCTCCGGCCAGATGCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TCTCCCAGCTGCCCGCCGTGTGGCAGCTCTACCCCGGGAGGAAGTACCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104348 TCTCCCAGCTGCCCGCCGTGTGGCAGCTCTACCCCGGGAGGAAGTACCGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCAGCGGATTCCAGTTTCTGGGAAATAGCAGACCATGGCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104398 GCAGCGGATTCCAGTTTCTGGGAAATAGCAGACCATGGCCAGGCA...CA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    334  ATTGACTCTATGGAGCAGCTGGTCCTAACATATCAGCCGGAGAGGAAAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104800 GATTGACTCTATGGAGCAGCTGGTCCTAACATATCAGCCGGAGAGGAAAG

    400 
    383 AC
        ||
 104850 AC