seq1 = pF1KE2263.tfa, 1155 bp
seq2 = pF1KE2263/gi568815597r_207787741.tfa (gi568815597r:207787741_208011080), 223340 bp

>pF1KE2263 1155
>gi568815597r:207787741_208011080 (Chr1)

(complement)

1-79  (100001-100079)   100% ->
80-262  (111078-111260)   100% ->
263-516  (111855-112108)   100% ->
517-597  (113508-113588)   100% ->
598-754  (121460-121616)   100% ->
755-807  (121868-121920)   100% ->
808-972  (122235-122399)   100% ->
973-1155  (123158-123340)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGGTCCGCAGGGGCGCGCGCGCAGGGCCCAGGATGCCGCGGGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCTGGTCCGCAGGGGCGCGCGCGCAGGGCCCAGGATGCCGCGGGGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GACCGCGCTTTGCTTGCTGAGTTTGCTGC         CTTCTGGGTTCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100051 GACCGCGCTTTGCTTGCTGAGTTTGCTGCGTG...TAGCTTCTGGGTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGAGTCTTGACAACAACGGTACTGCTACCCCAGAGTTACCTACCCAGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111090 TGAGTCTTGACAACAACGGTACTGCTACCCCAGAGTTACCTACCCAGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ACATTTTCAAATGTTTCTACAAATGTATCCTACCAAGAAACTACAACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111140 ACATTTTCAAATGTTTCTACAAATGTATCCTACCAAGAAACTACAACACC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAGTACCCTTGGAAGTACCAGCCTGCACCCTGTGTCTCAACATGGCAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111190 TAGTACCCTTGGAAGTACCAGCCTGCACCCTGTGTCTCAACATGGCAATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGGCCACAACAAACATCACAG         AAACGACAGTCAAATTCACA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 111240 AGGCCACAACAAACATCACAGGTA...CAGAAACGACAGTCAAATTCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TCTACCTCTGTGATAACCTCAGTTTATGGAAACACAAACTCTTCTGTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111875 TCTACCTCTGTGATAACCTCAGTTTATGGAAACACAAACTCTTCTGTCCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCACAGACCTCTGTAATCAGCACAGTGTTCACCACCCCAGCCAACGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111925 GTCACAGACCTCTGTAATCAGCACAGTGTTCACCACCCCAGCCAACGTTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CAACTCCAGAGACAACCTTGAAGCCTAGCCTGTCACCTGGAAATGTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111975 CAACTCCAGAGACAACCTTGAAGCCTAGCCTGTCACCTGGAAATGTTTCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GACCTTTCAACCACTAGCACTAGCCTTGCAACATCTCCCACTAAACCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112025 GACCTTTCAACCACTAGCACTAGCCTTGCAACATCTCCCACTAAACCCTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TACATCATCTTCTCCTATCCTAAGTGACATCAAG         GCAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 112075 TACATCATCTTCTCCTATCCTAAGTGACATCAAGGTG...CAGGCAGAAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCAAATGTTCAGGCATCAGAGAAGTGAAATTGACTCAGGGCATCTGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113515 TCAAATGTTCAGGCATCAGAGAAGTGAAATTGACTCAGGGCATCTGCCTG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAGCAAAATAAGACCTCCAGCTGT         GCGGAGTTTAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 113565 GAGCAAAATAAGACCTCCAGCTGTGTA...CAGGCGGAGTTTAAGAAGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CAGGGGAGAGGGCCTGGCCCGAGTGCTGTGTGGGGAGGAGCAGGCTGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121477 CAGGGGAGAGGGCCTGGCCCGAGTGCTGTGTGGGGAGGAGCAGGCTGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGATGCTGGGGCCCAGGTATGCTCCCTGCTCCTTGCCCAGTCTGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121527 CTGATGCTGGGGCCCAGGTATGCTCCCTGCTCCTTGCCCAGTCTGAGGTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AGGCCTCAGTGTCTACTGCTGGTCTTGGCCAACAGAACAG         A
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 121577 AGGCCTCAGTGTCTACTGCTGGTCTTGGCCAACAGAACAGGTA...TAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 AATTTCCAGCAAACTCCAACTTATGAAAAAGCACCAATCTGACCTGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121869 AATTTCCAGCAAACTCCAACTTATGAAAAAGCACCAATCTGACCTGAAAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AG         CTGGGGATCCTAGATTTCACTGAGCAAGATGTTGCAAGC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121919 AGGTA...AAGCTGGGGATCCTAGATTTCACTGAGCAAGATGTTGCAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 CACCAGAGCTATTCCCAAAAGACCCTGATTGCACTGGTCACCTCGGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122274 CACCAGAGCTATTCCCAAAAGACCCTGATTGCACTGGTCACCTCGGGAGC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCTGCTGGCTGTCTTGGGCATCACTGGCTATTTCCTGATGAATCGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122324 CCTGCTGGCTGTCTTGGGCATCACTGGCTATTTCCTGATGAATCGCCGCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCTGGAGCCCCACAGGAGAAAGGCTG         GGCGAAGACCCTTAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 122374 GCTGGAGCCCCACAGGAGAAAGGCTGGTC...TAGGGCGAAGACCCTTAT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TACACGGAAAACGGTGGAGGCCAGGGCTATAGCTCAGGACCTGGGACCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123173 TACACGGAAAACGGTGGAGGCCAGGGCTATAGCTCAGGACCTGGGACCTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CCCTGAGGCTCAGGGAAAGGCCAGTGTGAACCGAGGGGCTCAGGAAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123223 CCCTGAGGCTCAGGGAAAGGCCAGTGTGAACCGAGGGGCTCAGGAAAACG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GGACCGGCCAGGCCACCTCCAGAAACGGCCATTCAGCAAGACAACACGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123273 GGACCGGCCAGGCCACCTCCAGAAACGGCCATTCAGCAAGACAACACGTG

   1200     .    :    .
   1138 GTGGCTGATACCGAATTG
        ||||||||||||||||||
 123323 GTGGCTGATACCGAATTG