seq1 = pF1KE2259.tfa, 1506 bp
seq2 = pF1KE2259/gi568815583f_31930595.tfa (gi568815583f:31930595_32268455), 337861 bp

>pF1KE2259 1506
>gi568815583f:31930595_32268455 (Chr15)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-195  (100304-100443)   100% ->
196-240  (170709-170753)   100% ->
241-350  (181196-181305)   100% ->
351-430  (223313-223392)   100% ->
431-598  (227014-227181)   100% ->
599-793  (227818-228012)   100% ->
794-880  (228975-229061)   100% ->
881-990  (232632-232741)   100% ->
991-1506  (237346-237861)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCGCTGCTCGCCGGGAGGCGTCTGGCTGGCGCTGGCCGCGTCGCTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCGCTGCTCGCCGGGAGGCGTCTGGCTGGCGCTGGCCGCGTCGCTCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCACG         TGTCCCTGCAAGGCGAGTTCCAGAGGAAGCTTTACA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCACGGTA...AAGTGTCCCTGCAAGGCGAGTTCCAGAGGAAGCTTTACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AGGAGCTGGTCAAGAACTACAATCCCTTGGAGAGGCCCGTGGCCAATGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100340 AGGAGCTGGTCAAGAACTACAATCCCTTGGAGAGGCCCGTGGCCAATGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCGCAACCACTCACCGTCTACTTCTCCCTGAGCCTCCTGCAGATCATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100390 TCGCAACCACTCACCGTCTACTTCTCCCTGAGCCTCCTGCAGATCATGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGTG         GATGAGAAGAACCAAGTTTTAACCACCAACATTTGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100440 CGTGGTG...AAGGATGAGAAGAACCAAGTTTTAACCACCAACATTTGGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGCAAATG         TCTTGGACAGATCACTATTTACAGTGGAATGTG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 170746 TGCAAATGGTA...CAGTCTTGGACAGATCACTATTTACAGTGGAATGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 TCAGAATATCCAGGGGTGAAGACTGTTCGTTTCCCAGATGGCCAGATTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181229 TCAGAATATCCAGGGGTGAAGACTGTTCGTTTCCCAGATGGCCAGATTTG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 GAAACCAGACATTCTTCTCTATAACAG         TGCTGATGAGCGCT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 181279 GAAACCAGACATTCTTCTCTATAACAGGTA...TAGTGCTGATGAGCGCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TTGACGCCACATTCCACACTAACGTGTTGGTGAATTCTTCTGGGCATTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 223327 TTGACGCCACATTCCACACTAACGTGTTGGTGAATTCTTCTGGGCATTGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CAGTACCTGCCTCCAG         GCATATTCAAGAGTTCCTGCTACAT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 223377 CAGTACCTGCCTCCAGGTA...CAGGCATATTCAAGAGTTCCTGCTACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 CGATGTACGCTGGTTTCCCTTTGATGTGCAGCACTGCAAACTGAAGTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227039 CGATGTACGCTGGTTTCCCTTTGATGTGCAGCACTGCAAACTGAAGTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 GGTCCTGGTCTTACGGAGGCTGGTCCTTGGATCTGCAGATGCAGGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227089 GGTCCTGGTCTTACGGAGGCTGGTCCTTGGATCTGCAGATGCAGGAGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GATATCAGTGGCTATATCCCCAATGGAGAATGGGACCTAGTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 227139 GATATCAGTGGCTATATCCCCAATGGAGAATGGGACCTAGTGGGTA...G

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    599   GAATCCCCGGCAAGAGGAGTGAAAGGTTCTATGAGTGCTGCAAAGAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227816 AGGAATCCCCGGCAAGAGGAGTGAAAGGTTCTATGAGTGCTGCAAAGAGC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CCTACCCCGATGTCACCTTCACAGTGACCATGCGCCGCAGGACGCTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227866 CCTACCCCGATGTCACCTTCACAGTGACCATGCGCCGCAGGACGCTCTAC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TATGGCCTCAACCTGCTGATCCCCTGTGTGCTCATCTCCGCCCTCGCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227916 TATGGCCTCAACCTGCTGATCCCCTGTGTGCTCATCTCCGCCCTCGCCCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GCTGGTGTTCCTGCTTCCTGCAGATTCCGGGGAGAAGATTTCCCTGG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 227966 GCTGGTGTTCCTGCTTCCTGCAGATTCCGGGGAGAAGATTTCCCTGGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    794       GGATAACAGTCTTACTCTCTCTTACCGTCTTCATGCTGCTCGTG
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228016 ...TAGGGATAACAGTCTTACTCTCTCTTACCGTCTTCATGCTGCTCGTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GCTGAGATCATGCCCGCAACATCCGATTCGGTACCATTGATAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 229019 GCTGAGATCATGCCCGCAACATCCGATTCGGTACCATTGATAGGTA...C

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    881   CCCAGTACTTCGCCAGCACCATGATCATCGTGGGCCTCTCGGTGGTGG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232630 AGCCCAGTACTTCGCCAGCACCATGATCATCGTGGGCCTCTCGGTGGTGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGACAGTGATCGTGCTGCAGTACCACCACCACGACCCCGACGGGGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 232680 TGACAGTGATCGTGCTGCAGTACCACCACCACGACCCCGACGGGGGCAAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 ATGCCCAAGTGG         ACCAGAGTCATCCTTCTGAACTGGTGCGC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 232730 ATGCCCAAGTGGGTA...CAGACCAGAGTCATCCTTCTGAACTGGTGCGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GTGGTTCCTGCGAATGAAGAGGCCCGGGGAGGACAAGGTGCGCCCGGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237375 GTGGTTCCTGCGAATGAAGAGGCCCGGGGAGGACAAGGTGCGCCCGGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GCCAGCACAAGCAGCGGCGCTGCAGCCTGGCCAGTGTGGAGATGAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237425 GCCAGCACAAGCAGCGGCGCTGCAGCCTGGCCAGTGTGGAGATGAGCGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GTGGCGCCGCCGCCCGCCAGCAACGGGAACCTGCTGTACATCGGCTTCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237475 GTGGCGCCGCCGCCCGCCAGCAACGGGAACCTGCTGTACATCGGCTTCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 CGGCCTGGACGGCGTGCACTGTGTCCCGACCCCCGACTCTGGGGTAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237525 CGGCCTGGACGGCGTGCACTGTGTCCCGACCCCCGACTCTGGGGTAGTGT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 GTGGCCGCATGGCCTGCTCCCCCACGCACGATGAGCACCTCCTGCACGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237575 GTGGCCGCATGGCCTGCTCCCCCACGCACGATGAGCACCTCCTGCACGGC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 GGGCAACCCCCCGAGGGGGACCCGGACTTGGCCAAGATCCTGGAGGAGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237625 GGGCAACCCCCCGAGGGGGACCCGGACTTGGCCAAGATCCTGGAGGAGGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CCGCTACATTGCCAACCGCTTCCGCTGCCAGGACGAAAGCGAGGCGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237675 CCGCTACATTGCCAACCGCTTCCGCTGCCAGGACGAAAGCGAGGCGGTCT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 GCAGCGAGTGGAAGTTCGCCGCCTGTGTGGTGGACCGCCTGTGCCTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237725 GCAGCGAGTGGAAGTTCGCCGCCTGTGTGGTGGACCGCCTGTGCCTCATG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 GCCTTCTCGGTCTTCACCATCATCTGCACCATCGGCATCCTGATGTCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237775 GCCTTCTCGGTCTTCACCATCATCTGCACCATCGGCATCCTGATGTCGGC

   1550     .    :    .    :    .    :    .
   1470 TCCCAACTTCGTGGAGGCCGTGTCCAAAGACTTTGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 237825 TCCCAACTTCGTGGAGGCCGTGTCCAAAGACTTTGCG