seq1 = pF1KE2253.tfa, 783 bp
seq2 = pF1KE2253/gi568815594r_100315896.tfa (gi568815594r:100315896_100617914), 302019 bp

>pF1KE2253 783
>gi568815594r:100315896_100617914 (Chr4)

(complement)

1-64  (100001-100064)   100% ->
65-187  (137876-137998)   100% ->
188-259  (142806-142877)   100% ->
260-376  (152376-152492)   100% ->
377-415  (170344-170382)   100% ->
416-508  (194511-194603)   100% ->
509-568  (194835-194894)   100% ->
569-664  (196538-196633)   100% ->
665-689  (200774-200798)   100% ->
690-751  (201956-202017)   100% ->
752-783  (207560-207591)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAACTGCTTCAAGTGACCATTCTTTTTCTTCTGCCCAGTATTTGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAACTGCTTCAAGTGACCATTCTTTTTCTTCTGCCCAGTATTTGCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAGTAACAGCACAG         GTGTTTTAGAGGCAGCTAATAATTCAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAGTAACAGCACAGGTA...CAGGTGTTTTAGAGGCAGCTAATAATTCAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TTGTTGTTACTACAACAAAACCATCTATAACAACACCAAACACAGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137903 TTGTTGTTACTACAACAAAACCATCTATAACAACACCAAACACAGAATCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TTACAGAAAAATGTTGTCACACCAACAACTGGAACAACTCCTAAAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 137953 TTACAGAAAAATGTTGTCACACCAACAACTGGAACAACTCCTAAAGGTA.

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    188      GAACAATCACCAATGAATTACTTAAAATGTCTCTGATGTCAACAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138003 ..TAGGAACAATCACCAATGAATTACTTAAAATGTCTCTGATGTCAACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CTACTTTTTTAACAAGTAAAGATGAAG         GATTGAAAGCCACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 142851 CTACTTTTTTAACAAGTAAAGATGAAGGTG...TAGGATTGAAAGCCACA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 ACCACTGATGTCAGGAAGAATGACTCCATCATTTCAAACGTAACAGTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152390 ACCACTGATGTCAGGAAGAATGACTCCATCATTTCAAACGTAACAGTAAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAGTGTTACACTTCCAAATGCTGTTTCAACATTACAAAGTTCCAAACCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152440 AAGTGTTACACTTCCAAATGCTGTTTCAACATTACAAAGTTCCAAACCCA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AGA         CTGAAACTCAGAGTTCAATTAAAACAACAGAAATACCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152490 AGAGTA...AAGCTGAAACTCAGAGTTCAATTAAAACAACAGAAATACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 G         GTAGTGTTCTACAACCAGATGCATCACCTTCTAAAACTGG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170382 GGTA...CAGGTAGTGTTCTACAACCAGATGCATCACCTTCTAAAACTGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TACATTAACCTCAATACCAGTTACAATTCCAGAAAACACCTCACAGTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194551 TACATTAACCTCAATACCAGTTACAATTCCAGAAAACACCTCACAGTCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAG         TAATAGGCACTGAGGGTGGAAAAAATGCAAGCACTTCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194601 AAGGTA...AAGTAATAGGCACTGAGGGTGGAAAAAATGCAAGCACTTCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCAACCAGCCGGTCTTATTCCA         GTATTATTTTGCCGGTGGT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 194873 GCAACCAGCCGGTCTTATTCCAGTG...TAGGTATTATTTTGCCGGTGGT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    588 TATTGCTTTGATTGTAATAACACTTTCAGTATTTGTTCTGGTGGGTTTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196557 TATTGCTTTGATTGTAATAACACTTTCAGTATTTGTTCTGGTGGGTTTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 ACCGAATGTGCTGGAAGGCAGATCCGG         GCACACCAGAAAAT
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 196607 ACCGAATGTGCTGGAAGGCAGATCCGGGTA...TAGGCACACCAGAAAAT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    679 GGAAATGATCA         ACCTCAGTCTGATAAAGAGAGCGTGAAGCT
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 200788 GGAAATGATCAGTA...TAGACCTCAGTCTGATAAAGAGAGCGTGAAGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    720 TCTTACCGTTAAGACAATTTCTCATGAGTCTG         GTGAGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 201986 TCTTACCGTTAAGACAATTTCTCATGAGTCTGGTA...CAGGTGAGCACT

    850     .    :    .    :
    761 CTGCACAAGGAAAAACCAAGAAC
        |||||||||||||||||||||||
 207569 CTGCACAAGGAAAAACCAAGAAC