seq1 = pF1KE2245.tfa, 651 bp
seq2 = pF1KE2245/gi568815596f_182978934.tfa (gi568815596f:182978934_183195655), 216722 bp

>pF1KE2245 651
>gi568815596f:182978934_183195655 (Chr2)

1-226  (100001-100226)   100% ->
227-273  (104575-104621)   100% ->
274-426  (108107-108259)   100% ->
427-651  (116498-116722)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTACTCCCTTAACCAGGAAATTAAAGCATTCTCCCGGAATAATCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTACTCCCTTAACCAGGAAATTAAAGCATTCTCCCGGAATAATCTCAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGCAATGCACCAGGGTGACAACGCTAACTGGAAAGAAAATTATAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGCAATGCACCAGGGTGACAACGCTAACTGGAAAGAAAATTATAGAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CATGGAAAGATGCCAGAATTCATGTTGTGGAAGAAGTAGAGCCGAGCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CATGGAAAGATGCCAGAATTCATGTTGTGGAAGAAGTAGAGCCGAGCAGT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGGGGTGGTTGTGGTTATGTGCAGGACCTTAGCTCGGACCTGCAAGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GGGGGTGGTTGTGGTTATGTGCAGGACCTTAGCTCGGACCTGCAAGTTGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CGTTATTAAGCCATGGTTGCTCCTAG         GGTCACAAGATGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100201 CGTTATTAAGCCATGGTTGCTCCTAGGTG...TAGGGTCACAAGATGCTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTCATGATTTGGATACACTGAAAAAGAATAAG         GTGACTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 104590 CTCATGATTTGGATACACTGAAAAAGAATAAGGTA...AAGGTGACTCAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATTCTTAATGTTGCATATGGAGTTGAAAATGCTTTCCTCAGTGACTTTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108116 ATTCTTAATGTTGCATATGGAGTTGAAAATGCTTTCCTCAGTGACTTTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATATAAGAGCATTTCTATATTGGATCTGCCTGAAACCAACATCCTGTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108166 ATATAAGAGCATTTCTATATTGGATCTGCCTGAAACCAACATCCTGTCTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATTTTCCAGAATGTTTTGAATTTATTGAAGAAGCAAAAAGAAAA      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 108216 ATTTTCCAGAATGTTTTGAATTTATTGAAGAAGCAAAAAGAAAAGTG...

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    427    GATGGAGTGGTTCTTGTTCATTGTAATGCAGGCGTTTCCAGGGCTGC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116495 TAGGATGGAGTGGTTCTTGTTCATTGTAATGCAGGCGTTTCCAGGGCTGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGCAATTGTAATAGGTTTCCTGATGAATTCTGAACAAACCTCATTTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116545 TGCAATTGTAATAGGTTTCCTGATGAATTCTGAACAAACCTCATTTACCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GTGCTTTTTCTTTGGTGAAAAATGCAAGACCTTCCATATGTCCAAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116595 GTGCTTTTTCTTTGGTGAAAAATGCAAGACCTTCCATATGTCCAAATTCT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GGCTTCATGGAGCAGCTTCGTACATATCAAGAGGGCAAAGAAAGCAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116645 GGCTTCATGGAGCAGCTTCGTACATATCAAGAGGGCAAAGAAAGCAATAA

    650     .    :    .    :    .
    624 GTGTGACAGAATACAGGAGAACAGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||
 116695 GTGTGACAGAATACAGGAGAACAGTTCA