seq1 = pF1KE2244.tfa, 756 bp
seq2 = pF1KE2244/gi568815585r_101622834.tfa (gi568815585r:101622834_102501678), 878845 bp

>pF1KE2244 756
>gi568815585r:101622834_102501678 (Chr13)

(complement)

1-208  (100001-100208)   100% ->
209-319  (626383-626493)   100% ->
320-423  (632851-632954)   100% ->
424-622  (774869-775067)   100% ->
623-756  (778712-778845)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGTAAAACCGGTGCCCCTCTTCAGGAGAACTGATTTCAAATTATTATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGTAAAACCGGTGCCCCTCTTCAGGAGAACTGATTTCAAATTATTATT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATGCAACCACAAGGATCTCTTCTTTCTCAGGGTGTCTAAGCTGCTGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ATGCAACCACAAGGATCTCTTCTTTCTCAGGGTGTCTAAGCTGCTGGATT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTTTCGCCCAAATCAATGTGGTTTCTTTGGAACATTTTCAGCAAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTTTCGCCCAAATCAATGTGGTTTCTTTGGAACATTTTCAGCAAAGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACGCATATGCTGCAGTGTCTTTGTGGCAAGAGTCTTAAGAAAAACAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACGCATATGCTGCAGTGTCTTTGTGGCAAGAGTCTTAAGAAAAACAAGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCAACTG         ATCCCCAGCTCAAGGGTATAGTGACCAGGTTAT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCAACTGGTA...CAGATCCCCAGCTCAAGGGTATAGTGACCAGGTTAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ATTGCAGGCAAGGCTACTACTTGCAAATGCACCCCGATGGAGCTCTCGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 626416 ATTGCAGGCAAGGCTACTACTTGCAAATGCACCCCGATGGAGCTCTCGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GGAACCAAGGATGACAGCACTAATTCTA         CACTCTTCAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 626466 GGAACCAAGGATGACAGCACTAATTCTAGTA...CAGCACTCTTCAACCT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CATACCAGTGGGACTACGTGTTGTTGCCATCCAGGGAGTGAAAACAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 632864 CATACCAGTGGGACTACGTGTTGTTGCCATCCAGGGAGTGAAAACAGGGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TGTATATAGCCATGAATGGAGAAGGTTACCTCTACCCATCA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 632914 TGTATATAGCCATGAATGGAGAAGGTTACCTCTACCCATCAGTA...CAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GAACTTTTTACCCCTGAATGCAAGTTTAAAGAATCTGTTTTTGAAAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774869 GAACTTTTTACCCCTGAATGCAAGTTTAAAGAATCTGTTTTTGAAAATTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TTATGTAATCTACTCATCCATGTTGTACAGACAACAGGAATCTGGTAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774919 TTATGTAATCTACTCATCCATGTTGTACAGACAACAGGAATCTGGTAGAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CCTGGTTTTTGGGATTAAATAAGGAAGGGCAAGCTATGAAAGGGAACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 774969 CCTGGTTTTTGGGATTAAATAAGGAAGGGCAAGCTATGAAAGGGAACAGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GTAAAGAAAACCAAACCAGCAGCTCATTTTCTACCCAAGCCATTGGAAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 775019 GTAAAGAAAACCAAACCAGCAGCTCATTTTCTACCCAAGCCATTGGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    623         TTGCCATGTACCGAGAACCATCTTTGCATGATGTTGGGGAAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 775069 TG...TAGTTGCCATGTACCGAGAACCATCTTTGCATGATGTTGGGGAAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CGGTCCCGAAGCCTGGGGTGACGCCAAGTAAAAGCACAAGTGCGTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 778754 CGGTCCCGAAGCCTGGGGTGACGCCAAGTAAAAGCACAAGTGCGTCTGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :
    715 ATAATGAATGGAGGCAAACCAGTCAACAAGAGTAAGACAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 778804 ATAATGAATGGAGGCAAACCAGTCAACAAGAGTAAGACAACA