seq1 = pF1KE2240.tfa, 240 bp
seq2 = pF1KE2240/gi568815592r_106871664.tfa (gi568815592r:106871664_107074646), 202983 bp

>pF1KE2240 240
>gi568815592r:106871664_107074646 (Chr6)

(complement)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-240  (102813-102983)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAGAGCAATGGTGGCCAGGCTCGGGCTGGGGCTGCTGCTGCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAGAGCAATGGTGGCCAGGCTCGGGCTGGGGCTGCTGCTGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGCTCCTACCCACGCAG         ATTTATTCCAGTGAAACAACAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGCTCCTACCCACGCAGGTG...TAGATTTATTCCAGTGAAACAACAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTGGAACTTCAAGTAACTCCTCCCAGAGTACTTCCAACTCTGGGTTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102835 CTGGAACTTCAAGTAACTCCTCCCAGAGTACTTCCAACTCTGGGTTGGCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CCAAATCCAACTAATGCCACCACCAAGGTGGCTGGTGGTGCCCTGCAGTC
        |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
 102885 CCAAATCCAACTAATGCCACCACCAAGGCGGCTGGTGGTGCCCTGCAGTC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    192 AACAGCCAGTCTCTTCGTGGTCTCACTCTCTCTTCTGCATCTCTACTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102935 AACAGCCAGTCTCTTCGTGGTCTCACTCTCTCTTCTGCATCTCTACTCT