seq1 = pF1KE2240.tfa, 240 bp
seq2 = pF1KE2240/gi568815574r_18892470.tfa (gi568815574r:18892470_19092709), 200240 bp

>pF1KE2240 240
>gi568815574r:18892470_19092709 (ChrY)

(complement)

1-240  (100001-100240)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAGAGCAATGGTGGCCAGGCTCGGGCTGGGGCTGCTGCTGCTGGC
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAGAGCAATGGTGGCCAGGCTTGGGCTGGGGCTGCTGCTGCTGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACTGCTCCTACCCACGCAGATTTATTCCAGTGAAACAACAACTGGAACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACTGCTCCTACCCACGCAGATTTATTCCAGTGAAACAACAACTGGAACTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAAGTAACTCCTCCCAGAGTACTTCCAACTCTGGGTTGGCCCCAAATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
 100101 CAAGTAACTCCTCCCAGAGTACTTCCAACACTGGGTTGGCCCCAAATCCA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 ACTAATGCCACCACCAAGGTGGCTGGTGGTGCCCTGCAGTCAACAGCCAG
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 ACTAATGCCACCACCAAGGCGGCTGGTGGTGCCCTGCAGTCAACAGCCAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :
    201 TCTCTTCGTGGTCTCACTCTCTCTTCTGCATCTCTACTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 TCTCTTCGTGGTCTCACTCTCTCTTCTGCATCTCTACTCT