seq1 = pF1KE2234.tfa, 789 bp
seq2 = pF1KE2234/gi568815592r_32835534.tfa (gi568815592r:32835534_33040807), 205274 bp

>pF1KE2234 789
>gi568815592r:32835534_33040807 (Chr6)

(complement)

1-55  (100001-100055)   100% ->
56-337  (101843-102124)   100% ->
338-622  (103352-103636)   99% ->
623-739  (105156-105272)   100% ->
740-785  (105431-105473)   91%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGATCACATTCCTGCCGCTGCTGCTGGGGCTCAGCCTGGGCTGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGATCACATTCCTGCCGCTGCTGCTGGGGCTCAGCCTGGGCTGCACAGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCAG         GTGGCTTCGTGGCCCATGTGGAAAGCACCTGTCTGT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCAGGTA...TAGGTGGCTTCGTGGCCCATGTGGAAAGCACCTGTCTGT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGATGATGCTGGGACTCCAAAGGATTTCACATACTGCATCTCCTTCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101879 TGGATGATGCTGGGACTCCAAAGGATTTCACATACTGCATCTCCTTCAAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGGATCTGCTGACCTGCTGGGATCCAGAGGAGAATAAGATGGCCCCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101929 AAGGATCTGCTGACCTGCTGGGATCCAGAGGAGAATAAGATGGCCCCTTG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CGAATTTGGGGTGCTGAATAGCTTGGCGAATGTCCTCTCACAGCACCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101979 CGAATTTGGGGTGCTGAATAGCTTGGCGAATGTCCTCTCACAGCACCTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 ACCAAAAAGACACCCTGATGCAGCGCTTGCGCAATGGGCTTCAGAATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102029 ACCAAAAAGACACCCTGATGCAGCGCTTGCGCAATGGGCTTCAGAATTGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GCCACACACACCCAGCCCTTCTGGGGATCACTGACCAACAGGACAC    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102079 GCCACACACACCCAGCCCTTCTGGGGATCACTGACCAACAGGACACGTG.

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    338      GGCCACCATCTGTGCAAGTAGCCAAAACCACTCCTTTTAACACGA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102129 ..CAGGGCCACCATCTGTGCAAGTAGCCAAAACCACTCCTTTTAACACGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GGGAGCCTGTGATGCTGGCCTGCTATGTGTGGGGCTTCTATCCAGCAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103397 GGGAGCCTGTGATGCTGGCCTGCTATGTGTGGGGCTTCTATCCAGCAGAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTGACTATCACGTGGAGGAAGAACGGGAAGCTTGTCATGCCTCACAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103447 GTGACTATCACGTGGAGGAAGAACGGGAAGCTTGTCATGCCTCACAGCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGCGCACAAGACTGCCCAGCCCAATGGAGACTGGACATACCAGACCCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103497 TGCGCACAAGACTGCCCAGCCCAATGGAGACTGGACATACCAGACCCTCT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CCCATTTAGCCTTAACCCCCTCTTACGGGGACACTTACACCTGTGTGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103547 CCCATTTAGCCTTAACCCCCTCTTACGGGGACACTTACACCTGTGTGGTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GAGCACATTGGGGCTCCTGAGCCCATCCTTCGGGACTGGA         C
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 103597 GAGCACACTGGGGCTCCTGAGCCCATCCTTCGGGACTGGAGTA...CAGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 ACCTGGGCTGTCCCCCATGCAGACCCTGAAGGTTTCTGTGTCTGCAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105157 ACCTGGGCTGTCCCCCATGCAGACCCTGAAGGTTTCTGTGTCTGCAGTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 CTCTGGGCCTGGGCCTCATCATCTTCTCTCTTGGTGTGATCAGCTGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105207 CTCTGGGCCTGGGCCTCATCATCTTCTCTCTTGGTGTGATCAGCTGGCGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 AGAGCTGGCCACTCTA         GTTACACTCCTCTTCCTGGGTCCAA
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 105257 AGAGCTGGCCACTCTAGTG...TAGGTTACACTCCTCTTCCTGGGTCCAA

    800     .    :    .    :
    765 TTATTCAGAAGGATGGCACAT
        ||||||||||||-| --||||
 105456 TTATTCAGAAGG TA  ACAT