seq1 = pF1KE2231.tfa, 1548 bp
seq2 = pF1KE2231/gi568815592r_29572503.tfa (gi568815592r:29572503_29776061), 203559 bp

>pF1KE2231 1548
>gi568815592r:29572503_29776061 (Chr6)

(complement)

1-30  (99059-99088)   100% ->
31-63  (99149-99181)   100% ->
64-190  (100003-100129)   100% ->
191-292  (100575-100676)   100% ->
293-1548  (102304-103559)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTTTGAACAGCTGAAGCCAATCGAACCT         AGAGATTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
  99059 ATGTTTGAACAGCTGAAGCCAATCGAACCTGTA...AAGAGAGATTGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GAGGGAGGCACGGGTGAAGAAG         AAGCCAGTCACCTTTGAGG
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
  99160 GAGGGAGGCACGGGTGAAGAAGGTG...CAGAAGCCAGTCACCTTTGAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 ATGTGGCAGTGAATTTCACCCAGGAAGAGTGGGACTGTCTAGATGCCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100022 ATGTGGCAGTGAATTTCACCCAGGAAGAGTGGGACTGTCTAGATGCCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 CAGAGGGTCCTTTACCAGGATGTTATGTCGGAAACCTTTAAGAATCTAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100072 CAGAGGGTCCTTTACCAGGATGTTATGTCGGAAACCTTTAAGAATCTAAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 ATCTGTGG         CCAGAATCTTTCTGCATAAGCCAGAGCTAATCA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100122 ATCTGTGGGTA...CAGCCAGAATCTTTCTGCATAAGCCAGAGCTAATCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 CCAAGCTTGAGCAAGAAGAGGAACAGTGGAGAGAGTTTGTCCATCTCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100608 CCAAGCTTGAGCAAGAAGAGGAACAGTGGAGAGAGTTTGTCCATCTCCCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AACACAGAAGGCCTTTCAG         AAGGCAAGAAGAAAGAGCTTCG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100658 AACACAGAAGGCCTTTCAGGTA...TAGAAGGCAAGAAGAAAGAGCTTCG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGAACAACATCCCAGTCTGAGAGATGAGGGGACTAGTGATGACAAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102326 AGAACAACATCCCAGTCTGAGAGATGAGGGGACTAGTGATGACAAGGTCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 TCCTTGCATGCAGAGGGGCCGGCCAGTGCCCCCTATCTGCCCCAGCTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102376 TCCTTGCATGCAGAGGGGCCGGCCAGTGCCCCCTATCTGCCCCAGCTGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ACTATGGACAGGACCCGGGTGCTTCAAGCATCCCAGGCTGGGCCACCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102426 ACTATGGACAGGACCCGGGTGCTTCAAGCATCCCAGGCTGGGCCACCCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TTTTTGCTACACCTGTGGCAAATGTTTCAGCAGGCGCTCCTACCTCTATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102476 TTTTTGCTACACCTGTGGCAAATGTTTCAGCAGGCGCTCCTACCTCTATA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GCCACCAGTTTGTTCACAATCCCAAGCTGACTAACAGCTGCAGTCAGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102526 GCCACCAGTTTGTTCACAATCCCAAGCTGACTAACAGCTGCAGTCAGTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GGGAAGTTGTTTCGGAGCCCCAAGTCCCTCAGCTATCACAGACGCATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102576 GGGAAGTTGTTTCGGAGCCCCAAGTCCCTCAGCTATCACAGACGCATGCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 TCTTGGGGAGAGGCCCTTCTGTTGCACGCTCTGTGACAAGACCTACTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102626 TCTTGGGGAGAGGCCCTTCTGTTGCACGCTCTGTGACAAGACCTACTGTG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 ATGCTTCTGGACTAAGTCGTCACCGCCGCGTCCATCTGGGTTACCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102676 ATGCTTCTGGACTAAGTCGTCACCGCCGCGTCCATCTGGGTTACCGGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CATTCATGCTCTGTGTGTGGGAAGAGCTTCCGGGACCAGTCTGAGCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102726 CATTCATGCTCTGTGTGTGGGAAGAGCTTCCGGGACCAGTCTGAGCTCAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ACGCCACCAGAAGATACACCAAAACCAGGAGCCAGTGGATGGAAACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102776 ACGCCACCAGAAGATACACCAAAACCAGGAGCCAGTGGATGGAAACCAGG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 AGTGTACTTTGAGGATTCCAGGCACCCAGGCTGAATTCCAGACACCCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102826 AGTGTACTTTGAGGATTCCAGGCACCCAGGCTGAATTCCAGACACCCATC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GCCAGAAGCCAGAGGTCCATCCAGGGGCTTTTGGATGTGAACCATGCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102876 GCCAGAAGCCAGAGGTCCATCCAGGGGCTTTTGGATGTGAACCATGCACC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    915 AGTGGCCAGGTCCCAGGAACCCATATTTAGAACTGAGGGTCCTATGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102926 AGTGGCCAGGTCCCAGGAACCCATATTTAGAACTGAGGGTCCTATGGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 AGAACCAGGCATCTGTACTTAAGAACCAAGCACCTGTGACCAGGACCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102976 AGAACCAGGCATCTGTACTTAAGAACCAAGCACCTGTGACCAGGACCCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1015 GCACCCATCACTGGAACCCTCTGTCAGGATGCCAGATCCAACTCTCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103026 GCACCCATCACTGGAACCCTCTGTCAGGATGCCAGATCCAACTCTCATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1065 AGTGAAGCCCTCAAGACTCAATGTCTTCTGTTGCCCCCATTGTTCTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103076 AGTGAAGCCCTCAAGACTCAATGTCTTCTGTTGCCCCCATTGTTCTTTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1115 CTTTTAGCAAGAAATCCTATCTCTCCAGACACCAGAAGGCCCACCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103126 CTTTTAGCAAGAAATCCTATCTCTCCAGACACCAGAAGGCCCACCTCACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1165 GAGCCGCCCAACTACTGCTTCCATTGCAGCAAGTCTTTCAGCTCATTTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103176 GAGCCGCCCAACTACTGCTTCCATTGCAGCAAGTCTTTCAGCTCATTTTC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1215 CAGGCTGGTCAGACACCAGCAGACCCACTGGAAGCAGAAGAGCTACCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103226 CAGGCTGGTCAGACACCAGCAGACCCACTGGAAGCAGAAGAGCTACCTTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GCCCTATCTGTGACCTCTCCTTTGGGGAGAAAGAGGGCCTTATGGATCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103276 GCCCTATCTGTGACCTCTCCTTTGGGGAGAAAGAGGGCCTTATGGATCAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TGGAGGGGCTATAAAGGCAAGGACCTGTGCCAGAGCAGCCACCATAAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103326 TGGAGGGGCTATAAAGGCAAGGACCTGTGCCAGAGCAGCCACCATAAATG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CCGGGTGATCCTGGGCCAGTGGCTTGGCTTCTCTCATGATGTCCCCACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103376 CCGGGTGATCCTGGGCCAGTGGCTTGGCTTCTCTCATGATGTCCCCACTA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 TGGCTGGGGAGGAATGGAAGCATGGAGGTGATCAATCTCCCCCCAGGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103426 TGGCTGGGGAGGAATGGAAGCATGGAGGTGATCAATCTCCCCCCAGGATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CATACCCCCAGGAGAAGAGGCCTAAGAGAGAAGGCCTGCAAAGGAGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103476 CATACCCCCAGGAGAAGAGGCCTAAGAGAGAAGGCCTGCAAAGGAGACAA

   1550     .    :    .    :    .    :
   1515 AACAAAGGAGGCAGTGAGCATCTTGAAACATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103526 AACAAAGGAGGCAGTGAGCATCTTGAAACATAAA