seq1 = pF1KE2228.tfa, 777 bp
seq2 = pF1KE2228/gi568815597f_74633245.tfa (gi568815597f:74633245_74864110), 230866 bp

>pF1KE2228 777
>gi568815597f:74633245_74864110 (Chr1)

1-174  (100001-100174)   100% ->
175-255  (103298-103378)   100% ->
256-354  (105446-105544)   100% ->
355-426  (115507-115578)   100% ->
427-560  (119048-119181)   100% ->
561-777  (130650-130866)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCGCAGCGCGGAGTTCAGGAAATGGAAGGCGCAATGTTTGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCGCAGCGCGGAGTTCAGGAAATGGAAGGCGCAATGTTTGAGCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 AGCGGACCTCAGCCGGAAGGGCAGTGTTGACGAGGATGTGGTAGAGCTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 AGCGGACCTCAGCCGGAAGGGCAGTGTTGACGAGGATGTGGTAGAGCTTG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGCAGTTTCTGAACATGCGAGATCAGTTTTTCACCACCAGCTCCTGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TGCAGTTTCTGAACATGCGAGATCAGTTTTTCACCACCAGCTCCTGCGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCCGCATCCTACTCCTTGACCGG         GGTATAAATGGTTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100151 GGCCGCATCCTACTCCTTGACCGGGTG...TAGGGTATAAATGGTTTTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTTCAGAAACAAAACTGTTGCTGGCTACTGGTTACACACAAACTTTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103315 GGTTCAGAAACAAAACTGTTGCTGGCTACTGGTTACACACAAACTTTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TAAAAGATGATGTG         ATTGTAGCTCTGAAGAAAGCAAATGGT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 103365 TAAAAGATGATGTGGTA...TAGATTGTAGCTCTGAAGAAAGCAAATGGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGCCACTTTGAAATTTGAACCATTTGTTCTTCATGTGCAGTGTCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105473 GATGCCACTTTGAAATTTGAACCATTTGTTCTTCATGTGCAGTGTCGACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 ATTGCAGGATGCACAGATTCTG         CATTCCATGGCAATAGATT
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105523 ATTGCAGGATGCACAGATTCTGGTA...CAGCATTCCATGGCAATAGATT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTGGTTTCAGGAACTCTGGCATAACGGTGGGAAAGAGAGGAAAAACTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115526 CTGGTTTCAGGAACTCTGGCATAACGGTGGGAAAGAGAGGAAAAACTATG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 TTG         GCTGTCCGGAGTACACATGGCTTAGAAGTTCCATTAAG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115576 TTGGTA...TAGGCTGTCCGGAGTACACATGGCTTAGAAGTTCCATTAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCATAAGGGAAAACTGATGGTGACAGAGGAATATATTGACTTCCTGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119086 CCATAAGGGAAAACTGATGGTGACAGAGGAATATATTGACTTCCTGTTAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ATGTGGCAAATCAAAAAATGGAGGAAAACAAGAAAAGAATTGAGAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 119136 ATGTGGCAAATCAAAAAATGGAGGAAAACAAGAAAAGAATTGAGAGGTA.

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    561      GTTTTACAACTGCCTACAGCATGCTTTGGAAAGGGAAACGATGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119186 ..CAGGTTTTACAACTGCCTACAGCATGCTTTGGAAAGGGAAACGATGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 TAACTTACATCCCAAGATCAAAGAGAAAAATAACTCATCATATATTCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130695 TAACTTACATCCCAAGATCAAAGAGAAAAATAACTCATCATATATTCATA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 AGAAAAAAAGAAACCCAGAAAAAACACGTGCCCAGTGTATTACTAAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130745 AGAAAAAAAGAAACCCAGAAAAAACACGTGCCCAGTGTATTACTAAAGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 AGTGATGAAGAACTTGAAAATGATGATGATGATGATCTAGGAATCAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130795 AGTGATGAAGAACTTGAAAATGATGATGATGATGATCTAGGAATCAATGT

    800     .    :    .    :
    756 TACCATCTTCCCTGAAGATTAC
        ||||||||||||||||||||||
 130845 TACCATCTTCCCTGAAGATTAC