seq1 = pF1KE2220.tfa, 522 bp
seq2 = pF1KE2220/gi568815596r_208028206.tfa (gi568815596r:208028206_208229685), 201480 bp

>pF1KE2220 522
>gi568815596r:208028206_208229685 (Chr2)

(complement)

8-252  (100001-100245)   100% ->
253-522  (101211-101480)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      8 AGATCACCTTCTATGAGGACAGGGCCTTCCAGGGCCGCAGCTACGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 AGATCACCTTCTATGAGGACAGGGCCTTCCAGGGCCGCAGCTACGAAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     58 ACCACTGACTGCCCCAACCTGCAGCCGTATTTCAGCCGCTGCAACTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCACTGACTGCCCCAACCTGCAGCCGTATTTCAGCCGCTGCAACTCCAT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    108 CCGGGTGGAGAGCGGCTGCTGGATGCTCTATGAGCGTCCCAACTACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCGGGTGGAGAGCGGCTGCTGGATGCTCTATGAGCGTCCCAACTACCAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    158 GTCAACAATACTTGCTGCGGCGAGGGGAGTACCCCGACTACCAGCAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GTCAACAATACTTGCTGCGGCGAGGGGAGTACCCCGACTACCAGCAATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    208 ATGGGCCTCAGCGACTCCATCCGCTCCTGTTGTCTCATCCCCCAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100201 ATGGGCCTCAGCGACTCCATCCGCTCCTGTTGTCTCATCCCCCAAGTG..

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    253     ACAGTCTCCCACAGGCTGCGGCTGTACGAGAGGGAAGACCACAAAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 .TAGACAGTCTCCCACAGGCTGCGGCTGTACGAGAGGGAAGACCACAAAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    299 GCCTCATGATGGAGCTGAGTGAAGACTGCCCCAGCATCCAGGACCGCTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101257 GCCTCATGATGGAGCTGAGTGAAGACTGCCCCAGCATCCAGGACCGCTTC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    349 CACCTCAGCGAGATCCGTTCCCTCCACGTGCTGGAGGGCTGCTGGGTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101307 CACCTCAGCGAGATCCGTTCCCTCCACGTGCTGGAGGGCTGCTGGGTCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    399 CTACGAGCTGCCCAACTACCGGGGGCGGCAATACCTGCTGAGGCCCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101357 CTACGAGCTGCCCAACTACCGGGGGCGGCAATACCTGCTGAGGCCCCAAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    449 AGTACAGGCGGTGCCAGGACTGGGGGGCCATGGATGCTAAGGCAGGCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101407 AGTACAGGCGGTGCCAGGACTGGGGGGCCATGGATGCTAAGGCAGGCTCT

    500     .    :    .    :
    499 TTGCGGAGAGTGGTGGATTTGTAT
        ||||||||||||||||||||||||
 101457 TTGCGGAGAGTGGTGGATTTGTAT