seq1 = pF1KE2216.tfa, 657 bp
seq2 = pF1KE2216/gi568815584r_24205636.tfa (gi568815584r:24205636_24407858), 202223 bp

>pF1KE2216 657
>gi568815584r:24205636_24407858 (Chr14)

(complement)

1-41  (100001-100041)   100% ->
42-186  (100344-100488)   100% ->
187-336  (101336-101485)   100% ->
337-527  (101722-101912)   99% ->
528-657  (102094-102223)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGTACCTCTCAGCTCTGAACCCCAGTGACTTACTCAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 100001 ATGGAGTACCTCTCAGCTCTGAACCCCAGTGACTTACTCAGGTG...CAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 GTCAGTATCTAATATAAGCTCGGAGTTTGGACGGAGGGTCTGGACCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100344 GTCAGTATCTAATATAAGCTCGGAGTTTGGACGGAGGGTCTGGACCTCAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CTCCACCACCCCAGCGACCTTTCCGTGTCTGTGATCACAAGCGGACCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100394 CTCCACCACCCCAGCGACCTTTCCGTGTCTGTGATCACAAGCGGACCATC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CGGAAAGGCCTGACAGCTGCCACCCGCCAGGAGCTGCTAGCCAAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100444 CGGAAAGGCCTGACAGCTGCCACCCGCCAGGAGCTGCTAGCCAAAGTA..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GCATTGGAGACCCTACTGCTGAATGGAGTGCTAACCCTGGTGCTAG
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100494 .CAGGCATTGGAGACCCTACTGCTGAATGGAGTGCTAACCCTGGTGCTAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AGGAGGATGGAACTGCAGTGGACAGTGAGGACTTCTTCCAGCTGCTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101382 AGGAGGATGGAACTGCAGTGGACAGTGAGGACTTCTTCCAGCTGCTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GATGACACGTGCCTGATGGTGTTGCAGTCTGGTCAGAGCTGGAGCCCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101432 GATGACACGTGCCTGATGGTGTTGCAGTCTGGTCAGAGCTGGAGCCCTAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AAGG         AGTGGAGTGCTGTCATATGGCCTGGGACGGGAGAGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101482 AAGGGTA...CAGAGTGGAGTGCTGTCATATGGCCTGGGACGGGAGAGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CCAAGCACAGCAAGGACATTGCCCGATTCACCTTTGACGTGTACAAGCAA
        ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
 101759 CCAAGCACAGCAAGGACATCGCCCGATTCACCTTTGACGTGTACAAGCAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AACCCTCGAGACCTCTTTGGCAGCCTGAATGTCAAAGCCACATTCTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101809 AACCCTCGAGACCTCTTTGGCAGCCTGAATGTCAAAGCCACATTCTACGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GCTCTACTCTATGAGTTGTGACTTTCAAGGACTTGGCCCAAAGAAAGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101859 GCTCTACTCTATGAGTTGTGACTTTCAAGGACTTGGCCCAAAGAAAGTAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCAG         GGAGCTCCTTCGTTGGACCTCCACACTGCTGCAAGGC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101909 TCAGGTC...CAGGGAGCTCCTTCGTTGGACCTCCACACTGCTGCAAGGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CTGGGCCATATGTTGCTGGGAATTTCCTCCACCCTTCGTCATGCAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102131 CTGGGCCATATGTTGCTGGGAATTTCCTCCACCCTTCGTCATGCAGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGGGCTGAGCAGTGGCAGCAGAAGGGCCGCCTCCATTCCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102181 GGGGGCTGAGCAGTGGCAGCAGAAGGGCCGCCTCCATTCCTAC