seq1 = pF1KE2214.tfa, 1590 bp
seq2 = pF1KE2214/gi568815587f_94444134.tfa (gi568815587f:94444134_94645723), 201590 bp

>pF1KE2214 1590
>gi568815587f:94444134_94645723 (Chr11)

1-1590  (100001-101590)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAGGCGCTTGTGGGGCGCGGCCCGGAAGCCCTCGGGCGCGGGCTGGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAGGCGCTTGTGGGGCGCGGCCCGGAAGCCCTCGGGCGCGGGCTGGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GAAGGAGTGGGCGGAGGCGCCGCAGGAGGCTCCCGGGGCCTGGTCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGGAGTGGGCGGAGGCGCCGCAGGAGGCTCCCGGGGCCTGGTCGGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCTGGGCCCCGGGCGCAGTGGAAGAAAGGGACGGGCGGTGCCCGGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCTGGGCCCCGGGCGCAGTGGAAGAAAGGGACGGGCGGTGCCCGGTTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCGTCCTGGCCAGCTCACCTTGCCCTGGCGGCTCGCCCCGCCCGGCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCGTCCTGGCCAGCTCACCTTGCCCTGGCGGCTCGCCCCGCCCGGCACTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGAGGAGCAGGGCAAGGCCCGCGGCCTTTGCATTCTGGGACCGCCCCCT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGGAGGAGCAGGGCAGGGCCCGCGGCCTTTGCATTCTGGGACCGCCCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TCCATTCCCGGGCCAGCGGCGAGCGGCAGCGACGGCTGGAGCCGCAGCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TCCATTCCCGGGCCAGCGGCGAGCGGCAGCGACGGCTGGAGCCGCAGCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGCATGAGAGCCGGTGCCGCTCCTCCACGCCTGCGGACGCGTGGCGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CAGCATGAGAGCCGGTGCCGCTCCTCCACGCCTGCGGACGCGTGGCGAGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGAGGCAGCGCTGCCTGTTCGCGCCATGGGGGCACCGTGGGGCTCGCCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGAGGCAGCGCTGCCTGTTCGCGCCATGGGGGCACCGTGGGGCTCGCCGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGGCGGCGGCGGGCGGGCGGCGCGGGTGGCGCCGAGGCCGGGGGCTGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CGGCGGCGGCGGGCGGGCGGCGCGGGTGGCGCCGAGGCCGGGGGCTGCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 TGGACCGTCTGTGTGCTGGCGGCCGCCGGCTTGACGTGTACGGCGCTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 TGGACCGTCTGTGTGCTGGCGGCCGCCGGCTTGACGTGTACGGCGCTGAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACCTACGCTTGCTGGGGGCAGCTGCCGCCGCTGCCCTGGGCGTCGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CACCTACGCTTGCTGGGGGCAGCTGCCGCCGCTGCCCTGGGCGTCGCCAA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCCCGTCGCGACCGGTGGGCGTGCTGCTGTGGTGGGAGCCCTTCGGGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCCCGTCGCGACCGGTGGGCGTGCTGCTGTGGTGGGAGCCCTTCGGGGGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 CGCGATAGCGCCCCGAGGCCGCCCCCTGACTGCCGGCTGCGCTTCAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 CGCGATAGCGCCCCGAGGCCGCCCCCTGACTGCCGGCTGCGCTTCAACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CAGCGGCTGCCGCCTGCTCACCGACCGCGCGTCCTACGGAGAGGCTCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CAGCGGCTGCCGCCTGCTCACCGACCGCGCGTCCTACGGAGAGGCTCAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 CCGTGCTTTTCCACCACCGCGACCTCGTGAAGGGGCCCCCCGACTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 CCGTGCTTTTCCACCACCGCGACCTCGTGAAGGGGCCCCCCGACTGGCCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 CCGCCCTGGGGCGTCCAGGCGCACACTGCCGAGGAGGTGGATCTGCGCGT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 CCGCCCTGGGGCATCCAGGCGCACACTGCCGAGGAGGTGGATCTGCGCGT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 GTTGGACTACGAGGAGGCAGCGGCGGCGGCAGAAGCCCTGGCGACCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 GTTGGACTACGAGGAGGCAGCGGCGGCGGCAGAAGCCCTGGCGACCTCCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GCCCCAGGCCCCCGGGCCAGCGCTGGGTTTGGATGAACTTCGAGTCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GCCCCAGGCCCCCGGGCCAGCGCTGGGTTTGGATGAACTTCGAGTCGCCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 TCGCACTCCCCGGGGCTGCGAAGCCTGGCAAGTAACCTCTTCAACTGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 TCGCACTCCCCGGGGCTGCGAAGCCTGGCAAGTAACCTCTTCAACTGGAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    951 GCTCTCCTACCGGGCGGACTCGGACGTCTTTGTGCCTTATGGCTACCTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100951 GCTCTCCTACCGGGCGGACTCGGACGTCTTTGTGCCTTATGGCTACCTCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1001 ACCCCAGAAGCCACCCCGGCGACCCGCCCTCAGGCCTGGCCCCGCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101001 ACCCCAGAAGCCACCCCGGCGACCCGCCCTCAGGCCTGGCCCCGCCACTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1051 TCCAGGAAACAGGGGCTGGTGGCATGGGTGGTGAGCCACTGGGACGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101051 TCCAGGAAACAGGGGCTGGTGGCATGGGTGGTGAGCCACTGGGACGAGCG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1101 CCAGGCCCGGGTCCGCTACTACCACCAACTGAGCCAACATGTGACCGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101101 CCAGGCCCGGGTCCGCTACTACCACCAACTGAGCCAACATGTGACCGTGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1151 ACGTGTTCGGCCGGGGCGGGCCGGGGCAGCCGGTGCCCGAAATTGGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101151 ACGTGTTCGGCCGGGGCGGGCCGGGGCAGCCGGTGCCCGAAATTGGGCTC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1201 CTGCACACAGTGGCCCGCTACAAGTTCTACCTGGCTTTCGAGAACTCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101201 CTGCACACAGTGGCCCGCTACAAGTTCTACCTGGCTTTCGAGAACTCGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1251 GCACCTGGATTATATCACCGAGAAGCTCTGGCGCAACGCGTTGCTCGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101251 GCACCTGGATTATATCACCGAGAAGCTCTGGCGCAACGCGTTGCTCGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1301 GGGCGGTGCCGGTGGTGCTGGGCCCAGACCGTGCCAACTACGAGCGCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101301 GGGCGGTGCCGGTGGTGCTGGGCCCAGACCGTGCCAACTACGAGCGCTTT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1351 GTGCCCCGCGGCGCCTTCATCCACGTGGACGACTTCCCAAGTGCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101351 GTGCCCCGCGGCGCCTTCATCCACGTGGACGACTTCCCAAGTGCCTCCTC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1401 CCTGGCCTCGTACCTGCTTTTCCTCGACCGCAACCCCGCGGTCTATCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101401 CCTGGCCTCGTACCTGCTTTTCCTCGACCGCAACCCCGCGGTCTATCGCC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1451 GCTACTTCCACTGGCGCCGGAGCTACGCTGTCCACATCACCTCCTTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101451 GCTACTTCCACTGGCGCCGGAGCTACGCTGTCCACATCACCTCCTTCTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1501 GACGAGCCTTGGTGCCGGGTGTGCCAGGCTGTACAGAGGGCTGGGGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101501 GACGAGCCTTGGTGCCGGGTGTGCCAGGCTGTACAGAGGGCTGGGGACCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :
   1551 GCCCAAGAGCATACGGAACTTGGCCAGCTGGTTCGAGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101551 GCCCAAGAGCATACGGAACTTGGCCAGCTGGTTCGAGCGG