seq1 = pF1KE2213.tfa, 1119 bp
seq2 = pF1KE2213/gi568815574f_1515200.tfa (gi568815574f:1515200_1743011), 227812 bp

>pF1KE2213 1119
>gi568815574f:1515200_1743011 (ChrY)

1-69  (100001-100069)   100% ->
70-244  (107940-108114)   100% ->
245-374  (109070-109199)   100% ->
375-443  (112504-112572)   100% ->
444-562  (114622-114740)   100% ->
563-646  (117505-117588)   98% ->
647-787  (117951-118091)   100% ->
788-910  (121239-121361)   100% ->
911-1119  (127604-127812)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGATCCTCAGAGGACCAGGCCTATCGCCTCCTTAATGACTACGCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGATCCTCAGAGGACCAGGCCTATCGCCTCCTTAATGACTACGCCAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCTTCATGGTGTCCCAG         GTTCTCTTCGCCGCCTGCGAGC
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 100051 CGGCTTCATGGTGTCCCAGGTA...AAGGTTCTCTTCGCCGCCTGCGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGGCGTGTTTGACCTTCTCGCCGAGGCCCCAGGGCCCCTGGACGTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107962 TGGGCGTGTTTGACCTTCTCGCCGAGGCCCCAGGGCCCCTGGACGTGGCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GCAGTGGCTGCAGGTGTGAGGGCCAGCGCCCATGGGACAGAGCTCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108012 GCAGTGGCTGCAGGTGTGAGGGCCAGCGCCCATGGGACAGAGCTCCTGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGACATCTGTGTGTCCCTGAAGCTGCTGAAAGTGGAGACGAGGGGAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108062 GGACATCTGTGTGTCCCTGAAGCTGCTGAAAGTGGAGACGAGGGGAGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAG         CTTTCTATCGAAACACAGAGCTGTCCAGCGACTACCTG
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108112 AAGGTG...CAGCTTTCTATCGAAACACAGAGCTGTCCAGCGACTACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCACGGTCAGCCCGACGTCACAATGCAGCATGCTGAAGTACATGGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109108 ACCACGGTCAGCCCGACGTCACAATGCAGCATGCTGAAGTACATGGGCAG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GACCAGCTACCGGTGCTGGGGCCACCTGGCAGACGCCGTGAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 109158 GACCAGCTACCGGTGCTGGGGCCACCTGGCAGACGCCGTGAGGTG...TA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    375  AGAAGGAAGGAACCAGTACCTGGAGACGTTTGGCGTTCCCGCTGAAGAG
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112503 GAGAAGGAAGGAACCAGTACCTGGAGACGTTTGGCGTTCCCGCTGAAGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTTTTTACGGCCATCTACAG         GTCCGAGGGCGAGCGGCTACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 112553 CTTTTTACGGCCATCTACAGGTA...CAGGTCCGAGGGCGAGCGGCTACA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GTTCATGCAAGCTCTGCAGGAGGTCTGGAGCGTCAACGGGAGAAGCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114643 GTTCATGCAAGCTCTGCAGGAGGTCTGGAGCGTCAACGGGAGAAGCGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGACCGCCTTTGACCTGTCAGTGTTCCCACTTATGTGTGACCTTGGTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 114693 TGACCGCCTTTGACCTGTCAGTGTTCCCACTTATGTGTGACCTTGGTGGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    563        GGACACGGATAAAGCTGGAAACCATCATTCTCAGCAAACTATC
        >...>>>||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114743 A...CAGGGACATGGATAAAGCTGGAAACCATCATTCTCAGCAAACTATC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCAAGGACAGAAAACCAAACACCGCGTGTTCTCACTCATAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 117548 GCAAGGACAGAAAACCAAACACCGCGTGTTCTCACTCATAGGTG...CAG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 GTGGGGCTGGAGCTCTGGCTAAGGAATGCATGTCTCTGTACCCTGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117951 GTGGGGCTGGAGCTCTGGCTAAGGAATGCATGTCTCTGTACCCTGGATGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 AAGATCACCGTTTTTGACATCCCAGAAGTGGTGTGGACGGCAAAGCAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118001 AAGATCACCGTTTTTGACATCCCAGAAGTGGTGTGGACGGCAAAGCAGCA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTTCTCATTCCAGGAGGAAGAACAGATTGACTTCCAGGAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 118051 CTTCTCATTCCAGGAGGAAGAACAGATTGACTTCCAGGAAGGTG...CAG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GGGATTTCTTCAAAGACCCTCTTCCGGAAGCTGATCTGTACATCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121239 GGGATTTCTTCAAAGACCCTCTTCCGGAAGCTGATCTGTACATCCTGGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 AGGGTCCTCCATGACTGGGCAGACGGAAAGTGCTCACACCTGCTGGAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121289 AGGGTCCTCCATGACTGGGCAGACGGAAAGTGCTCACACCTGCTGGAGAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GATCTACCACACTTGCAAGCCAG         GTGGTGGCATTCTGGTAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 121339 GATCTACCACACTTGCAAGCCAGGTA...TAGGTGGTGGCATTCTGGTAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TTGAAAGCCTCCTGGATGAAGACAGGCGAGGTCCTCTGCTCACGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127622 TTGAAAGCCTCCTGGATGAAGACAGGCGAGGTCCTCTGCTCACGCAGCTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 TACTCTCTGAACATGCTTGTGCAGACGGAAGGGCAGGAGAGGACCCCCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127672 TACTCTCTGAACATGCTTGTGCAGACGGAAGGGCAGGAGAGGACCCCCAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 CCACTACCACATGCTCCTCTCTTCTGCTGGCTTCAGAGACTTCCAGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127722 CCACTACCACATGCTCCTCTCTTCTGCTGGCTTCAGAGACTTCCAGTTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGAAAACAGGAGCCATTTATGATGCCATTTTAGCCAGGAAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127772 AGAAAACAGGAGCCATTTATGATGCCATTTTAGCCAGGAAA