seq1 = pF1KE2211.tfa, 336 bp
seq2 = pF1KE2211/gi568815595r_48462789.tfa (gi568815595r:48462789_48663124), 200336 bp

>pF1KE2211 336
>gi568815595r:48462789_48663124 (Chr3)

(complement)

1-336  (100001-100336)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGACCAGGTGTGCTCTGCTGTTGCTGATGGTCCTGATGTTGGGCAGAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGACCAGGTGTGCTCTGCTGTTGCTGATGGTCCTGATGTTGGGCAGAGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCTGGTTGTCCCAGTGACCCCTATCCCAACCTTCCAGCTCCGCCCTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCTGGTTGTCCCAGTGACCCCTATCCCAACCTTCCAGCTCCGCCCTCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ATTCTCCCCAGACCACTCCCCGACCTGCGGCCTCAGAGAGCCCCTCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ATTCTCCCCAGACCACTCCCCGACCTGCGGCCTCAGAGAGCCCCTCAGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCTCCCACATGGCCGTGGGCTGCCCAGAGCCACTGCAGCCCCACCCGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCTCCCACATGGCCGTGGGCTGCCCAGAGCCACTGCAGCCCCACCCGCCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 CCCTGGCTCGCGCATTGTCCTATCGCTGGATGTCCCCATCGGCCTCTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 CCCTGGCTCGCGCATTGTCCTATCGCTGGATGTCCCCATCGGCCTCTTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGATCTTACTGGAGCAAGCCCGGGCCAGGGCTGCCAGGGAGCAGGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 AGATCTTACTGGAGCAAGCCCGGGCCAGGGCTGCCAGGGAGCAGGCCACC

    300     .    :    .    :    .    :    .
    301 ACCAACGCCCGCATCCTGGCCCGTGTCGGCCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 ACCAACGCCCGCATCCTGGCCCGTGTCGGCCACTGC