seq1 = pF1KE2207.tfa, 957 bp
seq2 = pF1KE2207/gi568815594f_123301592.tfa (gi568815594f:123301592_123502548), 200957 bp

>pF1KE2207 957
>gi568815594f:123301592_123502548 (Chr4)

1-957  (100001-100957)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGATCCCCAAAATCAACATGGCAGTGGCAGTTCGTTAGTTGTGATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGATCCCCAAAATCAACATGGCAGTGGCAGTTCGTTAGTTGTGATCCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCAGCCTTCTTTGGATAGCCGTCAGAGATTAGACTATGAGAGAGAGATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCAGCCTTCTTTGGATAGCCGTCAGAGATTAGACTATGAGAGAGAGATTC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCTACTGCTATTTTGTCCTTAGACCAGATCAAGGCCATAAGAGGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCTACTGCTATTTTGTCCTTAGACCAGATCAAGGCCATAAGAGGCAGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AATGAATACACAGAAGGGCCTTCGGTGGTGAAAAGACCTGCTCCTCGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AATGAATACACAGAAGGGCCTTCGGTGGTGAAAAGACCTGCTCCTCGGAC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGCACCAAGACAAGAAAAGCATGAAAGGACTCATGAAATCATACCAATTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 AGCACCAAGACAAGAAAAGCATGAAAGGACTCATGAAATCATACCAATTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 ATGTGAATAATAACTACGAGCACAGACACACAAGCCACCTGGGACATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 ATGTGAATAATAACTACGAGCACAGACACACAAGCCACCTGGGACATGCA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTACTCCCAAGTAATGCCAGGGGCCCCATTTTGAGCAGATCAACCAGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTACTCCCAAGTAATGCCAGGGGCCCCATTTTGAGCAGATCAACCAGCAC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 TGGAAGTGCAGCCAGCTCTGGGAGCAACAGCAGTGCCTCTTCTGAACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 TGGAAGTGCAGCCAGCTCTGGGAGCAACAGCAGTGCCTCTTCTGAACAGG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GACTGTTAGGAAGGTCACCACCAACCAGACCAGTCCCTGGTCATAGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GACTGTTAGGAAGGTCACCACCAACCAGACCAGTCCCTGGTCATAGGTCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAAAGGGCAATCCGGACCCAGCCCAAGCAACTGATTGTGGATGACTTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 GAAAGGGCAATCCGGACCCAGCCCAAGCAACTGATTGTGGATGACTTGAA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GGGTTCCTTGAAAGAGGACCTGACACAGCACAAGTTCATTTGTGAACAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 GGGTTCCTTGAAAGAGGACCTGACACAGCACAAGTTCATTTGTGAACAGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 GTGGGAAGTGCAAGTGTGGAGAATGCACTGCTCCCAGGACCCTACCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 GTGGGAAGTGCAAGTGTGGAGAATGCACTGCTCCCAGGACCCTACCATCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TGTTTGGCCTGTAACCGGCAGTGCCTTTGCTCTGCTGAGAGCATGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 TGTTTGGCCTGTAACCGGCAGTGCCTTTGCTCTGCTGAGAGCATGGTGGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 ATATGGAACCTGCATGTGCTTAGTCAAGGGCATCTTCTACCACTGCTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 ATATGGAACCTGCATGTGCTTAGTCAAGGGCATCTTCTACCACTGCTCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 ATGACGACGAAGGGGATTCCTATTCAGATAATCCTTGCTCCTGTTCACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 ATGACGACGAAGGGGATTCCTATTCAGATAATCCTTGCTCCTGTTCACAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 TCACACTGCTGCTCTAGATACCTGTGTATGGGAGCCATGTCTTTATTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 TCACACTGCTGCTCTAGATACCTGTGTATGGGAGCCATGTCTTTATTTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 ACCTTGCTTACTCTGTTATCCTCCTGCTAAAGGATGCCTGAAGCTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 ACCTTGCTTACTCTGTTATCCTCCTGCTAAAGGATGCCTGAAGCTGTGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 GGAGGTGTTATGACTGGATCCATCGCCCAGGGTGCAGATGTAAGAACTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100851 GGAGGTGTTATGACTGGATCCATCGCCCAGGGTGCAGATGTAAGAACTCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    901 AACACTGTCTATTGTAAGCTGGAGAGCTGCCCCTCCCGGGGTCAGGGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 AACACTGTCTATTGTAAGCTGGAGAGCTGCCCCTCCCGGGGTCAGGGTAA

    950     .
    951 ACCATCA
        |||||||
 100951 ACCATCA