seq1 = pF1KE2205.tfa, 1773 bp
seq2 = pF1KE2205/gi568815597r_89008178.tfa (gi568815597r:89008178_89221966), 213789 bp

>pF1KE2205 1773
>gi568815597r:89008178_89221966 (Chr1)

(complement)

1-190  (100001-100190)   100% ->
191-318  (100697-100824)   100% ->
319-428  (101679-101788)   100% ->
429-625  (104194-104390)   100% ->
626-868  (104733-104975)   100% ->
869-1149  (107671-107951)   100% ->
1150-1362  (109283-109495)   100% ->
1363-1465  (111701-111803)   100% ->
1466-1659  (112097-112290)   100% ->
1660-1773  (113676-113789)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTCCAGAGATCAACTTGCCGGGCCCAATGAGCCTCATTGATAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTCCAGAGATCAACTTGCCGGGCCCAATGAGCCTCATTGATAACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TAAAGGGCAGCTGGTGGTGAATCCAGAAGCTCTGAAGATCCTATCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TAAAGGGCAGCTGGTGGTGAATCCAGAAGCTCTGAAGATCCTATCTGCAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TTACGCAGCCTGTGGTGGTGGTGGCGATTGTGGGCCTCTATCGCACAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TTACGCAGCCTGTGGTGGTGGTGGCGATTGTGGGCCTCTATCGCACAGGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AAATCCTACCTGATGAACAAGCTGGCTGGGAAGAAAAACG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 100151 AAATCCTACCTGATGAACAAGCTGGCTGGGAAGAAAAACGGTG...CAGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTCTCTCTAGGCTCCACAGTGAAGTCTCACACCAAGGGAATCTGGATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100698 CTTCTCTCTAGGCTCCACAGTGAAGTCTCACACCAAGGGAATCTGGATGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GGTGTGTGCCTCATCCCAAGAAGCCAGAACACACCCTAGTTCTGCTCGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100748 GGTGTGTGCCTCATCCCAAGAAGCCAGAACACACCCTAGTTCTGCTCGAC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ACTGAGGGCCTGGGAGATATAGAGAAG         GGTGACAATGAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 100798 ACTGAGGGCCTGGGAGATATAGAGAAGGTA...CAGGGTGACAATGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TGACTCCTGGATCTTTGCCTTGGCCATCCTCCTGAGCAGCACCTTCGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101693 TGACTCCTGGATCTTTGCCTTGGCCATCCTCCTGAGCAGCACCTTCGTGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACAATAGCATGGGAACCATCAACCAGCAGGCCATGGACCAACTTCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 101743 ACAATAGCATGGGAACCATCAACCAGCAGGCCATGGACCAACTTCAGTA.

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    429      CTATGTGACAGAGCTGACAGATCGAATCAAGGCAAACTCCTCACC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101793 ..CAGCTATGTGACAGAGCTGACAGATCGAATCAAGGCAAACTCCTCACC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGGTAACAATTCTGTAGACGACTCAGCTGACTTTGTGAGCTTTTTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104239 TGGTAACAATTCTGTAGACGACTCAGCTGACTTTGTGAGCTTTTTTCCAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 CATTTGTGTGGACTCTCAGAGATTTCACCCTGGAACTGGAAGTAGATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104289 CATTTGTGTGGACTCTCAGAGATTTCACCCTGGAACTGGAAGTAGATGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 GAACCCATCACTGCTGATGACTACTTGGAGCTTTCGCTAAAGCTAAGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104339 GAACCCATCACTGCTGATGACTACTTGGAGCTTTCGCTAAAGCTAAGAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AG         GTACTGATAAGAAAAGTAAAAGCTTTAATGATCCTCGGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104389 AGGTT...TAGGTACTGATAAGAAAAGTAAAAGCTTTAATGATCCTCGGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGTGCATCCGAAAGTTCTTCCCCAAGAGGAAGTGCTTCGTCTTCGATTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104772 TGTGCATCCGAAAGTTCTTCCCCAAGAGGAAGTGCTTCGTCTTCGATTGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CCCGCTCCTAAGAAGTACCTTGCTCACCTAGAGCAGCTAAAGGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104822 CCCGCTCCTAAGAAGTACCTTGCTCACCTAGAGCAGCTAAAGGAGGAAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GCTGAACCCTGATTTCATAGAACAAGTTGCAGAATTTTGTTCCTACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104872 GCTGAACCCTGATTTCATAGAACAAGTTGCAGAATTTTGTTCCTACATCC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TCAGCCATTCCAATGTCAAGACTCTTTCAGGTGGCATTCCAGTCAATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104922 TCAGCCATTCCAATGTCAAGACTCTTTCAGGTGGCATTCCAGTCAATGGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 CCTC         GTCTAGAGAGCCTGGTGCTGACCTACGTCAATGCCAT
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104972 CCTCGTG...CAGGTCTAGAGAGCCTGGTGCTGACCTACGTCAATGCCAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CAGCAGTGGGGATCTACCCTGCATGGAGAACGCAGTCCTGGCCTTGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107708 CAGCAGTGGGGATCTACCCTGCATGGAGAACGCAGTCCTGGCCTTGGCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 AGATAGAGAACTCAGCCGCAGTGGAAAAGGCTATTGCCCACTATGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107758 AGATAGAGAACTCAGCCGCAGTGGAAAAGGCTATTGCCCACTATGAACAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 CAGATGGGCCAGAAGGTGCAGCTGCCCACGGAAACCCTCCAGGAGCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107808 CAGATGGGCCAGAAGGTGCAGCTGCCCACGGAAACCCTCCAGGAGCTGCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 GGACCTGCACAGGGACAGTGAGAGAGAGGCCATTGAAGTCTTCATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107858 GGACCTGCACAGGGACAGTGAGAGAGAGGCCATTGAAGTCTTCATGAAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1106 ACTCTTTCAAGGATGTGGACCAAATGTTCCAGAGGAAATTAGGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 107908 ACTCTTTCAAGGATGTGGACCAAATGTTCCAGAGGAAATTAGGGGTA...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1150    GCCCAGTTGGAAGCAAGGCGAGATGACTTTTGTAAGCAGAATTCCAA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109280 CAGGCCCAGTTGGAAGCAAGGCGAGATGACTTTTGTAAGCAGAATTCCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 AGCATCATCAGATTGTTGCATGGCTTTACTTCAGGATATATTTGGCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109330 AGCATCATCAGATTGTTGCATGGCTTTACTTCAGGATATATTTGGCCCTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 TAGAAGAAGATGTCAAGCAGGGAACATTTTCTAAACCAGGAGGTTACCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109380 TAGAAGAAGATGTCAAGCAGGGAACATTTTCTAAACCAGGAGGTTACCGT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1297 CTCTTTACTCAGAAGCTGCAGGAGCTGAAGAATAAGTACTACCAGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109430 CTCTTTACTCAGAAGCTGCAGGAGCTGAAGAATAAGTACTACCAGGTGCC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1347 AAGGAAGGGGATACAG         GCCAAAGAGGTGCTGAAAAAATATT
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 109480 AAGGAAGGGGATACAGGTA...CAGGCCAAAGAGGTGCTGAAAAAATATT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 TGGAGTCCAAGGAGGATGTGGCTGATGCACTTCTACAGACTGATCAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111726 TGGAGTCCAAGGAGGATGTGGCTGATGCACTTCTACAGACTGATCAGTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CTCTCAGAAAAGGAAAAAGCGATTGAAG         TGGAACGTATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 111776 CTCTCAGAAAAGGAAAAAGCGATTGAAGGTG...CAGTGGAACGTATAAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 GGCTGAATCTGCAGAAGCTGCAAAGAAAATGTTGGAGGAAATACAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112110 GGCTGAATCTGCAGAAGCTGCAAAGAAAATGTTGGAGGAAATACAAAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 AGAATGAGGAGATGATGGAACAGAAAGAGAAGAGTTATCAGGAACATGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112160 AGAATGAGGAGATGATGGAACAGAAAGAGAAGAGTTATCAGGAACATGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 AAACAATTGACTGAGAAGATGGAGAGGGACAGGGCCCAGTTAATGGCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112210 AAACAATTGACTGAGAAGATGGAGAGGGACAGGGCCCAGTTAATGGCAGA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1629 GCAAGAGAAGACCCTCGCTCTTAAACTTCAG         GAACAGGAAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 112260 GCAAGAGAAGACCCTCGCTCTTAAACTTCAGGTA...TAGGAACAGGAAC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GCCTTCTCAAGGAGGGATTCGAGAATGAGAGCAAGAGACTTCAAAAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113686 GCCTTCTCAAGGAGGGATTCGAGAATGAGAGCAAGAGACTTCAAAAAGAC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 ATATGGGATATCCAGATGAGAAGCAAATCATTGGAGCCAATATGTAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113736 ATATGGGATATCCAGATGAGAAGCAAATCATTGGAGCCAATATGTAACAT

   1850 
   1770 ACTC
        ||||
 113786 ACTC