seq1 = pF1KE2204.tfa, 2910 bp
seq2 = pF1KE2204/gi568815586r_9318476.tfa (gi568815586r:9318476_9543678), 225203 bp

>pF1KE2204 2910
>gi568815586r:9318476_9543678 (Chr12)

(complement)

1-144  (100001-100144)   100% ->
145-393  (105420-105668)   98% ->
394-480  (106190-106276)   100% ->
481-638  (106575-106732)   98% ->
639-684  (109539-109584)   100% ->
685-792  (110264-110371)   98% ->
793-880  (110623-110710)   96% ->
881-1089  (111105-111313)   100% ->
1090-1242  (112939-113091)   98% ->
1243-1289  (114073-114119)   97% ->
1290-1369  (114468-114547)   100% ->
1370-1414  (115814-115858)   100% ->
1415-1482  (115979-116046)   97% ->
1483-1521  (117559-117597)   100% ->
1522-1630  (117855-117963)   99% ->
1631-1762  (118077-118208)   95% ->
1763-1875  (119039-119151)   97% ->
1876-1948  (121789-121861)   98% ->
1949-2052  (122188-122291)   95% ->
2053-2202  (123015-123164)   98% ->
2203-2271  (123424-123490)   91% ->
2272-2372  (123598-123698)   98% ->
2373-2457  (124106-124190)   100% ->
2458-2531  (124494-124567)   98% ->
2532-2686  (124750-124904)   98% ->
2687-2910  (124980-125203)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTAATGAAACACAGAAGGTTGGTGCCATCCATTTTCCTTTTCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTAATGAAACACAGAAGGTTGGTGCCATCCATTTTCCTTTTCCCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CACACCCTATTCCATCCAGGAAGACTTCATGGCAGAGCTGTACCGGGTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CACACCCTATTCCATCCAGGAAGACTTCATGGCAGAGCTGTACCGGGTTT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TGGAGGCTGGCAAGATTGGGATATTTGAGAGTCCAACTGGCACT      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100101 TGGAGGCTGGCAAGATTGGGATATTTGAGAGTCCAACTGGCACTGTG...

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145    GGGAAGTCCTTAAGTCTTATTTGTGGGGCCCTCTCTTGGCTCCGTGA
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 105417 CAGGGGAAGTCCTTAAGTCTTATTTGTGGGGCCCTCTCCTGGCTCCGTGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTTTGAACAGAAGAAGCGTGAAGAAGAGGCACGACTCCTTGAAACTGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105467 CTTTGAACAGAAGAAGCGTGAAGAAGAGGCACGACTCCTTGAAACTGGAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CTGGCCCCTTACATGATGAGAAAGATGAATCCCTGTGTCTGTCTTCTTCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 105517 CTGGCCCCTTACATGATGAGAAAGATGAATCCCTGTGTCTGTCTTCCTCC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TGCGAAGGGGCTGCAGGCACCCCGAGGCCTGCTGGAGAACCGGCCTGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105567 TGCGAAGGGGCTGCAGGCACCCCGAGGCCTGCTGGAGAACCGGCCTGGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TACTCAGTTTGTGCAGAAGAAAGAAGAGAGGGACCTGGTGGACCGACTAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |
 105617 TACTCAGTTTGTGCAGAAGAAAGAAGAGAGGGACCTGGTGAACCGACTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 AG         GCGGAGCAGGCCAGGAGGAAGCAGCGAGAAGAACGCCTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105667 AGGTG...TAGGCGGAGCAGGCCAGGAGGAAGCAGCGAGAAGAACGCCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 CAGCAGCTGCAGCACAGGGTGCAGCTCAAGTATGCAGCCAAGCGCCTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 106229 CAGCAGCTGCAGCACAGGGTGCAGCTCAAGTATGCAGCCAAGCGCCTGGT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    481        AGGCAGGAAGAAGAAGAAAGAGAGAATCTCCTCCGCCTCAGCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106279 G...CAGAGGCAGGAAGAAGAAGAAAGAGAGAATCTCCTCCGCCTCAGCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GGGAGATGCTAGAGACAGGCCCGGAGGCTGAGCGGCTGGAGCAGCTGGAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 106618 GGGAGATGCTAGAGACAGGCCCGGAGGCTGAGCGGCCGGAGCAGCTGGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 TCTGGGGAGGAGGAGCTGGTCCTCGCCGAATACGAGAGTGATGAGGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106668 TCTGGGGAGGAGGAGCTGGTCCTCGCCGAATACGAGAGTGATGAGGAGAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 AAAGGTGGCGAGCAG         AGTGGATGAGGATGAGGATGACCTGG
        ||||||||||||| |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 106718 AAAGGTGGCGAGCGGGTG...CAGAGTGGATGAGGATGAGGATGACCTGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 AGGAAGAACACATAACTAAG         ATTTATTACTGTAGTCGGACA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||| ||||||||||||||
 109565 AGGAAGAACACATAACTAAGGTA...TAGATTTATCACTGTAGTCGGACA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CACTCCCAGCTGGCCCAGTTTGTGCATGAGGTGAAGAAGAGCCCCTTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110285 CACTCCCAGCTGGCCCAGTTTGTGCATGAGGTGAAGAAGAGCCCCTTTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CAAGGATGTTCGGCTGGTCTCCCTTGGCTCCCGGCAG         AACC
        |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||>>>...>>>||||
 110335 CAAGGATGTTCGGCTGGTCTCCCTCGGCTCCCGGCAGGTA...CAGAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTTGTGTAAATGAAGACGTGAAAAGCCTAGGTTCTGTGCAGCTTATCAAC
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 110627 TTTGTGTAAATGAAGACGTGAGAAGCCTAGGTTCTGTGCAGCTTATCAAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GACCGCTGTGTGGACATGCAGAGAAGCAGGCACG         AGAAGAA
         ||||||| |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 110677 AACCGCTGCGTGGACATGCAGAGAAGCAGGCACGGTA...CAGAGAAGAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAAAGGAGCTGAGGAGGAGAAGCCAAAGAGGAGGAGGCAGGAGAAGCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111112 GAAAGGAGCTGAGGAGGAGAAGCCAAAGAGGAGGAGGCAGGAGAAGCAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CAGCCTGCCCCTTCTACAACCACGAGCAGATGGGCCTTCTCCGGGATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111162 CAGCCTGCCCCTTCTACAACCACGAGCAGATGGGCCTTCTCCGGGATGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GCCCTGGCAGAGGTGAAGGACATGGAGCAGCTGCTGGCCCTTGGGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111212 GCCCTGGCAGAGGTGAAGGACATGGAGCAGCTGCTGGCCCTTGGGAAGGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 GGCCCGGGCCTGTCCCTATTACGGGAGCCGCCTTGCCATCCCTGCAGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111262 GGCCCGGGCCTGTCCCTATTACGGGAGCCGCCTTGCCATCCCTGCAGCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 AG         CTGGTGGTGCTGCCCTATCAGATGCTGCTGCATGCGGCC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111312 AGGTG...CAGCTGGTGGTGCTGCCCTATCAGATGCTGCTGCATGCGGCC

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 ACTCGGCAGGCCGCGGGCATCCGGCTGCAGGACCAGGTGGTGATCATCGA
        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112978 ACTCGGCAGGCTGCGGGCATCCGGCTGCAGGACCAGGTGGTGATCATCGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 CGAGGCGCACAACCTGATCGACACCATCACGGGCATGCACAGCGTGGAGG
        |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
 113028 CGAGGCGCACAACCTGATCGACACCACCACGAGCATGCACAGCGTGGAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TCAGCGGCTCCCAG         CTCTGCCAGGCCCATTCCCAGCTGCTG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 113078 TCAGCGGCTCCCAGGTG...CAGCTCTGCCAGGCCCATTCCCAGCTGCTG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 CAGTACGTGGAGCGATACGG         GAAGCGTTTGAAGGCCAAGAA
        |||||| |||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 114100 CAGTACATGGAGCGATACGGGTG...CAGGAAGCGTTTGAAGGCCAAGAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 CCTGATGTACCTGAAGCAGATCCTGTATTTGCTGGAGAAATTCGTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114489 CCTGATGTACCTGAAGCAGATCCTGTATTTGCTGGAGAAATTCGTGGCTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGCTAGGGG         GGAACATTAAGCAAAATCCCAATACACAGAGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 114539 TGCTAGGGGGTG...TAGGGAACATTAAGCAAAATCCCAATACACAGAGT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTGTCACAGACAG         GGACGGAGCTGAAGACCATCAACGACTT
        |||||||||||||>>>...>>>||| |||||||||||| |||||||||||
 115846 CTGTCACAGACAGGTA...CAGGGATGGAGCTGAAGACTATCAACGACTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TCTCTTCCAGAGCCAGATCGACAACATCAACCTGTTCAAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 116007 TCTCTTCCAGAGCCAGATCGACAACATCAACCTGTTCAAGGTA...CAGG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TGCAGCGATACTGTGAGAAGAGCATGATCAGCAGAAAG         CTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 117560 TGCAGCGATACTGTGAGAAGAGCATGATCAGCAGAAAGGTA...CAGCTC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 TTTGGATTCACTGAACGGTACGGAGCAGTGTTCTCATCCCGGGAGCAGCC
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117858 TTTGGCTTCACTGAACGGTACGGAGCAGTGTTCTCATCCCGGGAGCAGCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 CAAACTGGCTGGGTTTCAGCAATTCCTGCAGAGCCTGCAGCCCAGGACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117908 CAAACTGGCTGGGTTTCAGCAATTCCTGCAGAGCCTGCAGCCCAGGACGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 CTGAAG         CTCTTGCAGCCCCTGCAGACGAGAGTCAGGCCAGC
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117958 CTGAAGGTG...CAGCTCTTGCAGCCCCTGCAGACGAGAGTCAGGCCAGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666  ACCCTGCGACCAGCTTCTCCACTGATGCACATCCAAGGCTTCCTGGCAG
        - |||-|| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
 118112 GTCCC GCAACCAGCTTCCCCACTGATGCACATCGAAGGCTTCCTGGCAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1715 CTCTCACTACGGCCAACCAGGACGGCAGGGTCATCCTGAGCCGCCAAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 118161 CTCTCACTACGGCCAACCAGGACGGCAGGGTCATCCTGAGCCGCCAAGGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1763        GCAGCCTCAGTCAGAGCACCCTGAAGTTTTTGCTCCTGAATCC
        >...>>>|||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118211 A...CAGGCAGTCTCAGTCAGAGCACCCTGAAGTTTTTGCTCCTGAATCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1806 AGCTGTGCACTTTGCCCAAGTGGTGAAGGAATGCCGGGCAGTGGTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119082 AGCTGTGCACTTTGCCCAAGTGGTGAAGGAATGCCGGGCAGTGGTCATTG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1856 C GGGGGGTACCATGCAGCCG         GTGTCTGACTTCCGGCAGCA
        |-||||||-||||||||||||>>>...>>>|||||| |||||||||||||
 119132 CCGGGGGG ACCATGCAGCCGGTA...CAGGTGTCTAACTTCCGGCAGCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1896 GCTGCTGGCCTGTGCCGGGGTGGAAGCTGAGCGCGTGGTGGAGTTTTCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121809 GCTGCTGGCCTGTGCCGGGGTGGAAGCTGAGCGCGTGGTGGAGTTTTCCT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1946 GTG         GTCACGTGATCCCTCCAGACAACATCCTGCCCCTCGTC
        |||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
 121859 GTGGTG...CAGGTCACGTGATCCCTCCAGACAACATCCTGCCCCTTGTC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1987 ATCTGCAGCGGGATCTCCAACCAGCCGCTGGAATTCACGTTCCAGAAAAG
        |||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||
 122226 ATCTGCAGCGGGGTCTCCAACCAGCCGCTAGAATTCACGTTCCAGAAGAG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2037 AGAGCTGCCTCAGATG         ATGGACGAGGTGGGTCGCATTCTCT
        ||| ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||| ||||
 122276 AGACCTGCCTCAGATGGTC...TAGATGGACGAGGTGGGTCGCATCCTCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2078 GTAACCTGTGCGGTGTGGTTCCTGGAGGGGTGGTCTGTTTCTTCCCCTCC
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 123040 GTAACCTGTGCGGTGTGGTTTCTGGAGGGGTGGTCTGTTTCTTCCCCTCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2128 TACGAGTACCTGCGCCAGGTCCATGCCCACTGGGAGAAGGGTGGCCTGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123090 TACGAGTACCTGCGCCAGGTCCATGCCCACTGGGAGAAGGGTGGCCTGCT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2178 GGGCCGTCTGGCTGCCAGGAAGAAG         ATATTCCAGGAACCTA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 123140 GGGCCGTCTGGCTGCCAGGAAGAAGGTG...CAGATATTCCAGGAACCTA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2219 AGAGCGCACACCAGGTGGAGCAGGTGCTGCTGGCATATTCCAGGTGCATC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   
 123440 AGAGCGCACACCAGGTGGAGCAGGTGCTGCTGGCGTATTCCAGGTGCGGG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2269 CAG         GCCTGTGGCCAGGAGAGAGGCCAGGTGACAGGGGCCCT
        |-->>>...>>>||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
 123490 C  GTC...CAGGCCTGTGGCCAGGAGAGAGGCCCCGTGACAGGGGCCCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2310 GCTCCTCTCTGTGGTTGGAGGAAAGATGAGTGAAGGGATCAACTTCTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123636 GCTCCTCTCTGTGGTTGGAGGAAAGATGAGTGAAGGGATCAACTTCTCTG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2360 ACAACCTAGGCCG         GTGTGTGGTGATGGTGGGCATGCCCTTC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 123686 ACAACCTAGGCCGGTA...CAGGTGTGTGGTGATGGTGGGCATGCCCTTC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2401 CCCAACATCAGGTCTGCAGAGCTGCAGGAGAAGATGGCCTACTTGGATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124134 CCCAACATCAGGTCTGCAGAGCTGCAGGAGAAGATGGCCTACTTGGATCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2451 AACCCTC         AGCCCCCGGCCAGGCACCCCCAGGGAAGGCTCTG
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||| ||||||||||||||||
 124184 AACCCTCGTG...CAGAGCCCCCGGCCAGGCACACCCAGGGAAGGCTCTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2492 GTGGAGAACCTGTGCATGAAGGCCGTCAACCAGTCCATAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 124528 GTGGAGAACCTGTGCATGAAGGCCGTCAACCAGTCCATAGGTG...CAGG

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2533 CAGGGCCATCAGGCACCAGAAGGATTTTGCCAGCGTAGTGCTCCTGGACC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 124751 CAGGGCCATCAGGCACCAGAAGGATTTTGCCAGCATAGTGCTCCTGGACC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2583 AGCGATATGCCCGGCCCCCTGTCCTGGCCAAGCTGCCGGCCTGGATCCGA
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124801 AGCGATACGCCCGGCCCCCTGTCCTGGCCAAGCTGCCGGCCTGGATCCGA

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2633 GCCCGTGTGGAGGTCAAAGCTACCTTTGGCCCCGCCATTGCTGCTGTGCA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124851 GCCCGCGTGGAGGTCAAAGCTACCTTTGGCCCCGCCATTGCTGCTGTGCA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2683 GAAG         TTTCACCGGGAGAAGTCGGCCTCTTCCTGATGGGCAA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124901 GAAGGTC...CAGTTTCACCGGGAGAAGTCGGCCTCTTCCTGATGGGCAA

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2724 CCACACCACTGCCTGGCGCCGTGCCCTTCCTTTGTCCTGCCCGCTGGAGA
        ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||
 125017 CCACACCACCGCCCGGCGCCGTGCCCTTCCTTTGTCCTGCCCTCTGGAGA

   3000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2774 CAGTGTTTGTCGTGGGCGTGGTCTGCGGGGATCCTGTTACAAAGGTGAAA
        |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
 125067 CAGTGTTTGTCGTGGGCGTGGTCTGCAGGGATCCTGTTACAAAGGTGAAA

   3050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2824 CCCAGGAGGAGAGTGTGGAGTCCAGAGTGCTGCCAGGACCCAGGCACAGG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 125117 CCCAGGAGGAGAGTGTGGAGTCCAGAGCGCTGCCAGGACCCAGGCACAGG

   3100     .    :    .    :    .    :    .
   2874 CGTTAGCTCCCGTAGGAGAAAATGGGGGAATCCTGAA
        |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
 125167 CGTTAGCTCCCGTAGGAGAAAATGCGGGAATCCTGAA