seq1 = pF1KE2203.tfa, 2625 bp
seq2 = pF1KE2203/gi568815587f_108565154.tfa (gi568815587f:108565154_109040420), 475267 bp

>pF1KE2203 2625
>gi568815587f:108565154_109040420 (Chr11)

1-186  (100001-100186)   100% ->
187-247  (108314-108374)   100% ->
248-378  (110443-110573)   100% ->
379-537  (111932-112090)   100% ->
538-658  (113162-113282)   100% ->
659-848  (114218-114407)   100% ->
849-975  (123783-123909)   100% ->
976-1138  (126723-126885)   100% ->
1139-1223  (128363-128447)   100% ->
1224-1322  (141586-141684)   100% ->
1323-1410  (150726-150813)   100% ->
1411-1499  (154644-154732)   100% ->
1500-1965  (157844-158309)   100% ->
1966-2085  (273293-273412)   100% ->
2086-2247  (276162-276323)   100% ->
2248-2304  (287000-287056)   100% ->
2305-2450  (352720-352865)   100% ->
2451-2625  (375093-375267)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCAAAACGGCCAACTCTCCGGGTTCGGGAGCCCGACCCGACCCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCAAAACGGCCAACTCTCCGGGTTCGGGAGCCCGACCCGACCCGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCGGAGCTTCAATCGCTGGAAGAAAAAACACAGCCATAGGCAGAACAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCGGAGCTTCAATCGCTGGAAGAAAAAACACAGCCATAGGCAGAACAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAAGCAGTTGAGGAAGCAACTGAAGAAACCCGAATGGCAGGTCGAGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGAAGCAGTTGAGGAAGCAACTGAAGAAACCCGAATGGCAGGTCGAGCGC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAGAGTATCAGCCGCCTCATGCAGAACTATGAAAAG         ATAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100151 GAGAGTATCAGCCGCCTCATGCAGAACTATGAAAAGGTG...CAGATAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGTAAATGAAATCACAAGATTTTCAGATTTTCCCTTGTCCAAAAAAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108319 TGTAAATGAAATCACAAGATTTTCAGATTTTCCCTTGTCCAAAAAAACAT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TGAAAG         GTTTGCAAGAAGCTCAGTACCGTTTGGTGACTGAG
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108369 TGAAAGGTA...CAGGTTTGCAAGAAGCTCAGTACCGTTTGGTGACTGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ATACAGAAGCAGACCATTGGATTGGCTTTGCAAGGTAAAGATGTACTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110478 ATACAGAAGCAGACCATTGGATTGGCTTTGCAAGGTAAAGATGTACTTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AGCGGCCAAAACTGGATCTGGCAAGACTCTGGCTTTTCTTGTTCCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 110528 AGCGGCCAAAACTGGATCTGGCAAGACTCTGGCTTTTCTTGTTCCAGTA.

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    379      GTGCTGGAAGCCTTATATCGTCTGCAATGGACTTCAACAGATGGG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110578 ..GAGGTGCTGGAAGCCTTATATCGTCTGCAATGGACTTCAACAGATGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTGGGGGTTCTCATAATATCACCTACGAGAGAACTGGCCTATCAGACCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111977 CTGGGGGTTCTCATAATATCACCTACGAGAGAACTGGCCTATCAGACCTT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 TGAGGTTCTCCGAAAAGTAGGAAAGAATCATGACTTCTCAGCTGGTCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112027 TGAGGTTCTCCGAAAAGTAGGAAAGAATCATGACTTCTCAGCTGGTCTCA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCATTGGTGGAAAG         GATCTAAAACACGAAGCTGAGAGGATC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 112077 TCATTGGTGGAAAGGTT...CAGGATCTAAAACACGAAGCTGAGAGGATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 AACAACATAAATATACTCGTGTGCACACCAGGTCGGCTTCTTCAACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113189 AACAACATAAATATACTCGTGTGCACACCAGGTCGGCTTCTTCAACACAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGATGAAACAGTATCTTTTCATGCTACCGACCTCCAAATGTTAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 113239 GGATGAAACAGTATCTTTTCATGCTACCGACCTCCAAATGTTAGGTG...

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    659    TTCTTGATGAAGCAGATAGAATCTTGGATATGGGCTTTGCTGATACC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114215 CAGTTCTTGATGAAGCAGATAGAATCTTGGATATGGGCTTTGCTGATACC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 ATGAATGCTGTTATTGAAAATCTCCCCAAGAAACGTCAGACTTTACTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114265 ATGAATGCTGTTATTGAAAATCTCCCCAAGAAACGTCAGACTTTACTTTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 CTCAGCAACACAAACTAAATCTGTAAAGGACCTTGCACGCTTGAGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114315 CTCAGCAACACAAACTAAATCTGTAAAGGACCTTGCACGCTTGAGTTTGA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 AAAACCCTGAGTATGTCTGGGTTCATGAAAAAGCAAAATATAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 114365 AAAACCCTGAGTATGTCTGGGTTCATGAAAAAGCAAAATATAGGTA...A

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    849   CACCCCTGCCACTTTGGAACAGAACTACATAGTCTGTGAGCTGCAGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123781 AGCACCCCTGCCACTTTGGAACAGAACTACATAGTCTGTGAGCTGCAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 AAAAATAAGTGTGCTGTATTCCTTTTTGAGAAGCCATCTGAAGAAGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123831 AAAAATAAGTGTGCTGTATTCCTTTTTGAGAAGCCATCTGAAGAAGAAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 GCATTGTATTTTTTTCCAGTTGCAAAGAG         GTCCAGTATCTG
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 123881 GCATTGTATTTTTTTCCAGTTGCAAAGAGGTA...CAGGTCCAGTATCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 TACCGAGTGTTTTGCCGGCTACGTCCTGGTGTTTCTATCCTTGCACTCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126735 TACCGAGTGTTTTGCCGGCTACGTCCTGGTGTTTCTATCCTTGCACTCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 TGGTCGACAGCAGCAAATGAGAAGAATGGAAGTCTATAATGAGTTTGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126785 TGGTCGACAGCAGCAAATGAGAAGAATGGAAGTCTATAATGAGTTTGTCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 GTAAGAGAGCTGCAGTACTCTTTGCTACTGATATTGCAGCCAGGGGTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126835 GTAAGAGAGCTGCAGTACTCTTTGCTACTGATATTGCAGCCAGGGGTCTG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 G         ATTTCCCGGCCGTGAATTGGGTTCTTCAGTTTGATTGTCC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126885 GGTA...TAGATTTCCCGGCCGTGAATTGGGTTCTTCAGTTTGATTGTCC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 TGAGGATGCCAACACATATATTCACAGAGCAGGTAGAACTGCCAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 128403 TGAGGATGCCAACACATATATTCACAGAGCAGGTAGAACTGCCAGGTA..

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224     GTACAAAGAGGATGGTGAAGCTTTGCTAATTTTGCTACCCTCAGAA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128453 .TAGGTACAAAGAGGATGGTGAAGCTTTGCTAATTTTGCTACCCTCAGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1270 AAAGCTATGGTGCAGCAGCTTCTTCAGAAGAAAGTACCTGTGAAGGAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141632 AAAGCTATGGTGCAGCAGCTTCTTCAGAAGAAAGTACCTGTGAAGGAAAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAA         AATCAATCCAGAAAAACTTATAGATGTCCAGAAAAAAT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141682 CAAGTA...AAGAATCAATCCAGAAAAACTTATAGATGTCCAGAAAAAAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1361 TGGAATCTATTTTAGCTCAAGATCAAGATTTAAAAGAAAGAGCTCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150764 TGGAATCTATTTTAGCTCAAGATCAAGATTTAAAAGAAAGAGCTCAAAGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1411          TGTTTCGTCTCCTATGTACGATCTGTATATCTGATGAAGGA
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150814 GTA...CAGTGTTTCGTCTCCTATGTACGATCTGTATATCTGATGAAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 TAAAGAAGTATTTGATGTGAGCAAGTTACCTATACCTGAATATGCCCT  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 154685 TAAAGAAGTATTTGATGTGAGCAAGTTACCTATACCTGAATATGCCCTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1500        GTCTCTTGGTCTTGCTGTGGCACCACGCGTAAGATTTCTTCAG
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154735 A...AAGGTCTCTTGGTCTTGCTGTGGCACCACGCGTAAGATTTCTTCAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 AAAATGCAGAAACAACCCACCAAAGAATTGGTAAGGAGCCAAGCCGATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157887 AAAATGCAGAAACAACCCACCAAAGAATTGGTAAGGAGCCAAGCCGATAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1593 AGTAATTGAGCCAAGGGCTCCCTCCCTCACCAATGACGAAGTGGAAGAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157937 AGTAATTGAGCCAAGGGCTCCCTCCCTCACCAATGACGAAGTGGAAGAAT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1643 TTAGAGCCTACTTCAATGAGAAAATGTCCATCCTTCAAAAAGGTGGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157987 TTAGAGCCTACTTCAATGAGAAAATGTCCATCCTTCAAAAAGGTGGAAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 AGACTCGAAGGGACAGAGCACAGACAGGATAATGATACTGGTAATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158037 AGACTCGAAGGGACAGAGCACAGACAGGATAATGATACTGGTAATGAAGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 ACAGGAAGAAGAAGAAGACGATGAAGAAGAAATGGAAGAGAAACTGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158087 ACAGGAAGAAGAAGAAGACGATGAAGAAGAAATGGAAGAGAAACTGGCAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AAGCAAAAGGATCTCAAGCCCCATCTCTTCCTAACACCAGTGAGGCACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158137 AAGCAAAAGGATCTCAAGCCCCATCTCTTCCTAACACCAGTGAGGCACAG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 AAGATCAAGGAAGTTCCTACACAGTTCTTGGACAGAGATGAGGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158187 AAGATCAAGGAAGTTCCTACACAGTTCTTGGACAGAGATGAGGAGGAAGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 AGATGCTGATTTCTTGAAGGTGAAGCGGCATAATGTGTTTGGATTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158237 AGATGCTGATTTCTTGAAGGTGAAGCGGCATAATGTGTTTGGATTGGACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TTAAAGACGAGAAAACATTACAG         AAGAAAGAACCTTCTAAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 158287 TTAAAGACGAGAAAACATTACAGGTA...CAGAAGAAAGAACCTTCTAAA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 TCCAGCATCAAGAAAAAAATGACCAAAGTTGCAGAAGCAAAAAAAGTAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273311 TCCAGCATCAAGAAAAAAATGACCAAAGTTGCAGAAGCAAAAAAAGTAAT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 GAAGAGAAATTTTAAAGTGAATAAGAAGATAACATTTACTGATGAAGGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273361 GAAGAGAAATTTTAAAGTGAATAAGAAGATAACATTTACTGATGAAGGGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 AG         TTGGTTCAGCAGTGGCCACAAATGCAGAAATCTGCCATC
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 273411 AGGTA...TAGTTGGTTCAGCAGTGGCCACAAATGCAGAAATCTGCCATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 AAGGATGCTGAGGAAGATGATGACACAGGTGGTATCAACTTACATAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276201 AAGGATGCTGAGGAAGATGATGACACAGGTGGTATCAACTTACATAAAGC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 AAAGGAAAGACTTCAGGAAGAGGACAAATTTGACAAAGAAGAATATAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 276251 AAAGGAAAGACTTCAGGAAGAGGACAAATTTGACAAAGAAGAATATAGGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 AAAAAATTAAGGCAAAGCATCGG         GAGAAAAGACTGAAAGAA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 276301 AAAAAATTAAGGCAAAGCATCGGGTA...CAGGAGAAAAGACTGAAAGAA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 AGGGAAGCCAGAAGAGAAGCCAACAAGAGACAAGCAAAG         GC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 287018 AGGGAAGCCAGAAGAGAAGCCAACAAGAGACAAGCAAAGGTA...TAGGC

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 CAAAGATGAAGAGGAAGCCTTTCTGGATTGGAGTGATGATGATGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352722 CAAAGATGAAGAGGAAGCCTTTCTGGATTGGAGTGATGATGATGATGATG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 ATGATGATGGATTTGATCCAAGCACACTCCCAGATCCAGATAAATACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 352772 ATGATGATGGATTTGATCCAAGCACACTCCCAGATCCAGATAAATACAGA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 AGCTCTGAAGATTCAGATAGTGAAGATATGGAAAATAAAATAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 352822 AGCTCTGAAGATTCAGATAGTGAAGATATGGAAAATAAAATAAGGTA...

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2451    TGATACCAAGAAGAAGCAGGGGATGAAGAAGAGGAGCAACAGTGAAG
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 375090 CAGTGATACCAAGAAGAAGCAGGGGATGAAGAAGAGGAGCAACAGTGAAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2498 TGGAAGACGTGGGACCAACAAGTCATAACAGAAAGAAGGCCAGGTGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 375140 TGGAAGACGTGGGACCAACAAGTCATAACAGAAAGAAGGCCAGGTGGGAC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2548 ACTTTAGAGCCTTTGGATACCGGCCTGTCTTTAGCAGAGGATGAAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 375190 ACTTTAGAGCCTTTGGATACCGGCCTGTCTTTAGCAGAGGATGAAGAGCT

   2750     .    :    .    :    .
   2598 GGTGTTACATCTGCTAAGAAGTCAAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||
 375240 GGTGTTACATCTGCTAAGAAGTCAAAGC