seq1 = pF1KE2202.tfa, 2829 bp
seq2 = pF1KE2202/gi568815594r_67372608.tfa (gi568815594r:67372608_67644196), 271589 bp

>pF1KE2202 2829
>gi568815594r:67372608_67644196 (Chr4)

(complement)

1-18  (98842-98859)   100% ->
19-65  (100002-100048)   100% ->
66-136  (103147-103217)   100% ->
137-231  (104263-104357)   100% ->
232-331  (113283-113382)   100% ->
332-617  (124695-124980)   100% ->
618-830  (125829-126041)   100% ->
831-1444  (129510-130123)   100% ->
1445-1612  (131628-131795)   100% ->
1613-1904  (135092-135383)   100% ->
1905-2051  (137263-137409)   100% ->
2052-2131  (138913-138992)   100% ->
2132-2185  (148985-149038)   100% ->
2186-2290  (150209-150313)   100% ->
2291-2419  (151200-151328)   100% ->
2420-2515  (151922-152017)   100% ->
2516-2670  (154076-154230)   100% ->
2671-2761  (169219-169309)   100% ->
2762-2829  (171522-171589)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTGCGTCCGGTCTG         GATCATCTCAAAAATGGCTACAG
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
  98842 ATGGCTGCGTCCGGTCTGGTA...CAGGATCATCTCAAAAATGGCTACAG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 AAGAAGATTTTGTCGACCTTCCAG         GGCACGTGACATTAACA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 100025 AAGAAGATTTTGTCGACCTTCCAGGTG...TAGGGCACGTGACATTAACA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 CAGAGCAAGGCCAGAATGTTCTGGAAATCTTACAAGACTGTTTTGAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103164 CAGAGCAAGGCCAGAATGTTCTGGAAATCTTACAAGACTGTTTTGAAGAA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 AAAA         GTCTTGCCAATGATTTTAGTACAAATTCTACAAAATC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103214 AAAAGTA...TAGGTCTTGCCAATGATTTTAGTACAAATTCTACAAAATC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    174 AGTGCCTAATTCAACACGCAAAATAAAAGACACTTGTATTCAGTCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104300 AGTGCCTAATTCAACACGCAAAATAAAAGACACTTGTATTCAGTCACCAA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    224 GCAAAGAG         TGCCAGAAATCACATCCAAAGTCAGTTCCAGTT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 104350 GCAAAGAGGTA...CAGTGCCAGAAATCACATCCAAAGTCAGTTCCAGTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    265 TCTTCAAAGAAGAAAGAAGCCTCTCTACAGTTTGTTGTAGAACCAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113316 TCTTCAAAGAAGAAAGAAGCCTCTCTACAGTTTGTTGTAGAACCAAGTGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    315 AGCCACAAACAGATCAG         TTCAGGCCCATGAAGTTCATCAGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 113366 AGCCACAAACAGATCAGGTT...TAGTTCAGGCCCATGAAGTTCATCAGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    356 AAATTCTGGCAACTGATGTTAGTTCCAAAAATACACCTGACTCGAAAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124719 AAATTCTGGCAACTGATGTTAGTTCCAAAAATACACCTGACTCGAAAAAA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    406 ATATCAAGTAGAAACATAAATGATCATCACAGTGAAGCTGATGAAGAATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124769 ATATCAAGTAGAAACATAAATGATCATCACAGTGAAGCTGATGAAGAATT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 TTACTTATCCGTTGGCTCACCTTCTGTTCTTTTGGATGCAAAAACATCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124819 TTACTTATCCGTTGGCTCACCTTCTGTTCTTTTGGATGCAAAAACATCTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TATCACAAAATGTTATTCCATCTAGTGCCCAAAAGAGAGAGACTTACACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124869 TATCACAAAATGTTATTCCATCTAGTGCCCAAAAGAGAGAGACTTACACT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 TTTGAAAATTCAGTAAATATGCTGCCTTCAAGTACAGAGGTTTCAGTTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124919 TTTGAAAATTCAGTAAATATGCTGCCTTCAAGTACAGAGGTTTCAGTTAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 AACCAAAAAAAG         GTTAAACTTTGATGATAAAGTTATGTTAA
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 124969 AACCAAAAAAAGGTA...TAGGTTAAACTTTGATGATAAAGTTATGTTAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGAAAATAGAAATAGATAATAAAGTATCAGATGAAGAGGATAAAACATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125858 AGAAAATAGAAATAGATAATAAAGTATCAGATGAAGAGGATAAAACATCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 GAAGGACAAGAAAGAAAACCATCAGGATCATCTCAGAATAGAATACGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125908 GAAGGACAAGAAAGAAAACCATCAGGATCATCTCAGAATAGAATACGAGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 TTCAGAATATGAAATTCAACGACAAGCTAAAAAAAGTTTTTCAACATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125958 TTCAGAATATGAAATTCAACGACAAGCTAAAAAAAGTTTTTCAACATTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTTTAGAAACAGTAAAACGAAAAAGTGAATCCAG         TCCCATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 126008 TTTTAGAAACAGTAAAACGAAAAAGTGAATCCAGGTG...CAGTCCCATT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    838 GTTAGGCATGCGGCAACTGCTCCACCTCATTCGTGTCCTCCCGATGATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129517 GTTAGGCATGCGGCAACTGCTCCACCTCATTCGTGTCCTCCCGATGATAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GAAGTTGATAGAGGATGAATTTATAATTGATGAGTCGGATCAAAGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129567 GAAGTTGATAGAGGATGAATTTATAATTGATGAGTCGGATCAAAGTTTTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 CCAGTAGATCTTGGATTACAATACCAAGAAAGGCAGGGTCTCTGAAACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129617 CCAGTAGATCTTGGATTACAATACCAAGAAAGGCAGGGTCTCTGAAACAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 CGCACAATATCCCCGGCTGAGAGCACTGCACTCCTTCAAGGTAGAAAGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129667 CGCACAATATCCCCGGCTGAGAGCACTGCACTCCTTCAAGGTAGAAAGTC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 AAGAGAAAAGCATCATAATATATTACCTAAGACTTTGGCAAATGACAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129717 AAGAGAAAAGCATCATAATATATTACCTAAGACTTTGGCAAATGACAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATTCCCATAAACCTCACCCAGTAGAGACATCTCAGCCCTCTGATAAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129767 ATTCCCATAAACCTCACCCAGTAGAGACATCTCAGCCCTCTGATAAAACA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 GTACTGGATACAAGTTATGCTTTGATAGGTGAAACAGTAAATAATTATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129817 GTACTGGATACAAGTTATGCTTTGATAGGTGAAACAGTAAATAATTATAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 ATCTACAAAATATGAAATGTATTCCAAGAATGCAGAAAAACCATCTAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129867 ATCTACAAAATATGAAATGTATTCCAAGAATGCAGAAAAACCATCTAGAA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1238 GCAAAAGGACTATAAAACAAAAACAGAGAAGAAAATTCATGGCTAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129917 GCAAAAGGACTATAAAACAAAAACAGAGAAGAAAATTCATGGCTAAACCA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 GCTGAAGAACAGCTTGATGTGGGACAGTCTAAAGATGAAAACATACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129967 GCTGAAGAACAGCTTGATGTGGGACAGTCTAAAGATGAAAACATACATAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 ATCACATATTACCCAAGACGAATTTCAAAGAAATTCAGACAGAAATATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130017 ATCACATATTACCCAAGACGAATTTCAAAGAAATTCAGACAGAAATATGG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1388 AAGAGCATGAAGAGATGGGAAATGATTGTGTTTCCAAAAAACAGATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130067 AAGAGCATGAAGAGATGGGAAATGATTGTGTTTCCAAAAAACAGATGCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1438 CCTGTGG         GAAGCAAGAAAAGTAGCACTAGAAAAGATAAGGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130117 CCTGTGGGTA...TAGGAAGCAAGAAAAGTAGCACTAGAAAAGATAAGGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1479 AGAATCTAAAAAGAAGCGCTTTTCCAGTGAGTCCAAGAACAAACTTGTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131662 AGAATCTAAAAAGAAGCGCTTTTCCAGTGAGTCCAAGAACAAACTTGTAC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1529 CTGAAGAAGTGACTTCAACTGTCACGAAAAGTCGAAGAATTTCCAGGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131712 CTGAAGAAGTGACTTCAACTGTCACGAAAAGTCGAAGAATTTCCAGGCGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1579 CCATCTGATTGGTGGGTGGTAAAATCAGAGGAGA         GTCCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 131762 CCATCTGATTGGTGGGTGGTAAAATCAGAGGAGAGTA...CAGGTCCTGT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1620 TTATAGCAATTCTTCAGTAAGAAATGAATTACCAATGCATCACAATAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135099 TTATAGCAATTCTTCAGTAAGAAATGAATTACCAATGCATCACAATAGTA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1670 GCCGAAAATCTACTAAGAAAACAAATCAGTCATCTAAGAATATTAGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135149 GCCGAAAATCTACTAAGAAAACAAATCAGTCATCTAAGAATATTAGGAAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1720 AAAACTATTCCACTTAAAAGGCAGAAGACAGCAACTAAAGGCAACCAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135199 AAAACTATTCCACTTAAAAGGCAGAAGACAGCAACTAAAGGCAACCAAAG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1770 AGTACAGAAGTTTTTAAATGCTGAAGGTTCTGGAGGTATCGTTGGTCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135249 AGTACAGAAGTTTTTAAATGCTGAAGGTTCTGGAGGTATCGTTGGTCATG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1820 ATGAAATTTCCAGATGTTCGCTGAGTGAGCCATTGGAAAGTGATGAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135299 ATGAAATTTCCAGATGTTCGCTGAGTGAGCCATTGGAAAGTGATGAGGCA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1870 GACTTGGCTAAGAAGAAAAATCTTGATTGTTCTAG         ATCTAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 135349 GACTTGGCTAAGAAGAAAAATCTTGATTGTTCTAGGTA...TAGATCTAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 AAGAAGCTCAAAGAATGAAGATAACATTATGACTGCACAGAATGTTCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137269 AAGAAGCTCAAAGAATGAAGATAACATTATGACTGCACAGAATGTTCCCC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1961 TAAAGCCTCAGACCAGTGGATATACATGTAATATACCAACAGAGTCAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 137319 TAAAGCCTCAGACCAGTGGATATACATGTAATATACCAACAGAGTCAAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2011 TTGGATTCTGGAGAGCATAAGACTTCAGTTTTAGAGGAAAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 137369 TTGGATTCTGGAGAGCATAAGACTTCAGTTTTAGAGGAAAGGTA...AAG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2052 TGGACCTTCCAGGCTCAATAATAATTATTTAATGTCTGGAAAGAATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138913 TGGACCTTCCAGGCTCAATAATAATTATTTAATGTCTGGAAAGAATGATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2102 TGGATGATGAGGAAGTTCATGGAAGTTCAG         ATGACTCAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 138963 TGGATGATGAGGAAGTTCATGGAAGTTCAGGTA...TAGATGACTCAAAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 CAATCTAAAGTGATACCAAAGAACAGAATCCATCACAAACTAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 148996 CAATCTAAAGTGATACCAAAGAACAGAATCCATCACAAACTAGGTA...T

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2186   TATTGCCCTCCAACACACCAAATGTTCGCAGGACCAAGAGAACACGTT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150207 AGTATTGCCCTCCAACACACCAAATGTTCGCAGGACCAAGAGAACACGTT

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 TGAAACCTTTGGAGTACTGGCGAGGAGAGCGAATAGATTATCAAGGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150257 TGAAACCTTTGGAGTACTGGCGAGGAGAGCGAATAGATTATCAAGGAAGG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2284 CCATCAG         GAGGATTCGTGATTAGTGGAGTACTATCTCCAGA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150307 CCATCAGGTA...CAGGAGGATTCGTGATTAGTGGAGTACTATCTCCAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 CACAATATCGTCTAAAAGGAAGGCAAAAGAAAATATTGGAAAAGTCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151234 CACAATATCGTCTAAAAGGAAGGCAAAAGAAAATATTGGAAAAGTCAACA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 AAAAATCTAATAAGAAAAGGATCTGTCTTGATAACGATGAAAGAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 151284 AAAAATCTAATAAGAAAAGGATCTGTCTTGATAACGATGAAAGAAGTA..

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2420     AGACTAACTTAATGGTAAATCTAGGTATACCTCTTGGAGATCCTTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151334 .CAGAGACTAACTTAATGGTAAATCTAGGTATACCTCTTGGAGATCCTTT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 GCAGCCAACGAGGGTAAAGGACCCAGAAACAAGAGAGATTATTCTCATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151968 GCAGCCAACGAGGGTAAAGGACCCAGAAACAAGAGAGATTATTCTCATGG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516          ATCTTGTAAGGCCACAAGATACATATCAATTTTTTGTTAAG
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152018 GTA...TAGATCTTGTAAGGCCACAAGATACATATCAATTTTTTGTTAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2557 CATGGTGAGTTGAAGGTATACAAGACATTGGATACACCCTTTTTTTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154117 CATGGTGAGTTGAAGGTATACAAGACATTGGATACACCCTTTTTTTCTAC

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2607 TGGGAAATTGATATTAGGACCACAAGAAGAAAAGGGAAAGCAGCATGTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 154167 TGGGAAATTGATATTAGGACCACAAGAAGAAAAGGGAAAGCAGCATGTTG

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2657 GCCAGGATATATTG         GTTTTTTATGTTAACTTTGGTGACCTT
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 154217 GCCAGGATATATTGGTG...CAGGTTTTTTATGTTAACTTTGGTGACCTT

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2698 TTGTGTACTTTACATGAAACACCTTATATATTAAGTACTGGGGATTCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169246 TTGTGTACTTTACATGAAACACCTTATATATTAAGTACTGGGGATTCGTT

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2748 CTATGTTCCTTCAG         GTAACTATTATAACATCAAAAATCTCC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 169296 CTATGTTCCTTCAGGTA...TAGGTAACTATTATAACATCAAAAATCTCC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :
   2789 GGAATGAGGAAAGTGTTCTTCTTTTTACTCAGATAAAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171549 GGAATGAGGAAAGTGTTCTTCTTTTTACTCAGATAAAAAGA