seq1 = pF1KE2201.tfa, 2133 bp
seq2 = pF1KE2201/gi568815579r_6315139.tfa (gi568815579r:6315139_6524498), 209360 bp

>pF1KE2201 2133
>gi568815579r:6315139_6524498 (Chr19)

(complement)

1-249  (99798-100046)   100% ->
250-346  (102063-102159)   100% ->
347-385  (102811-102849)   100% ->
386-425  (103182-103221)   100% ->
426-475  (104028-104077)   100% ->
476-547  (104355-104426)   100% ->
548-605  (105239-105296)   100% ->
606-780  (105623-105797)   100% ->
781-879  (105918-106016)   100% ->
880-978  (106420-106518)   100% ->
979-1081  (106658-106760)   100% ->
1082-1182  (107412-107512)   100% ->
1183-1327  (107617-107761)   100% ->
1328-1488  (107849-108009)   100% ->
1489-1598  (108092-108201)   100% ->
1599-1687  (108603-108691)   100% ->
1688-1888  (108765-108965)   100% ->
1889-1966  (109042-109119)   98% ->
1967-2133  (109198-109362)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGGACTACAGCACGGGAGGACCCCCGCCCGGGCCGCCGCCGCCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99798 ATGTCGGACTACAGCACGGGAGGACCCCCGCCCGGGCCGCCGCCGCCCGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGCGGGGGCGGGGGAGCCGGAGGCGCCGGGGGAGGCCCTCCGCCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99848 CGGCGGGGGCGGGGGAGCCGGAGGCGCCGGGGGAGGCCCTCCGCCGGGCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGCCAGGCGCGGGGGACCGGGGCGGCGGCGGTCCCGGCGGCGGCGGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99898 CGCCAGGCGCGGGGGACCGGGGCGGCGGCGGTCCCGGCGGCGGCGGCCCG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GGCGGGGGGTCGGCCGGGGGCCCCTCTCAGCCACCCGGCGGAGGCGGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99948 GGCGGGGGGTCGGCCGGGGGCCCCTCTCAGCCACCCGGCGGAGGCGGCCC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGGAATCCGCAAGGACGCTTTCGCCGACGCCGTGCAGCGGGCCCGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
  99998 GGGAATCCGCAAGGACGCTTTCGCCGACGCCGTGCAGCGGGCCCGCCAGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    250         ATTGCAGCCAAAATTGGAGGCGATGCTGCCACGACAGTGAAT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100048 TG...TAGATTGCAGCCAAAATTGGAGGCGATGCTGCCACGACAGTGAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 AACAGCACTCCTGATTTTGGTTTTGGGGGCCAAAAGAGACAGTTGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102105 AACAGCACTCCTGATTTTGGTTTTGGGGGCCAAAAGAGACAGTTGGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGAG         ATCAACCGGAGAGCAAGAAGCTGGCTTCCCAGGGAG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102155 TGGAGGTA...CAGATCAACCGGAGAGCAAGAAGCTGGCTTCCCAGGGAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ACT         CAATCAGTTCTCAACTTGGACCCATCCATCCTCCCCCA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102847 ACTGTA...CAGCAATCAGTTCTCAACTTGGACCCATCCATCCTCCCCCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AG         GACTTCAATGACAGAAGAGTACAGGGTCCCAGACGGCAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103220 AGGTA...CAGGACTTCAATGACAGAAGAGTACAGGGTCCCAGACGGCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 GGTGGGCCTGA         TCATTGGCAGAGGAGGTGAACAAATTAACA
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 104067 GGTGGGCCTGAGTG...CAGTCATTGGCAGAGGAGGTGAACAAATTAACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AAATCCAACAGGATTCAGGCTGCAAAGTACAGATTTCTCCAG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 104385 AAATCCAACAGGATTCAGGCTGCAAAGTACAGATTTCTCCAGGTA...CA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    548  ACAGCGGTGGCCTACCCGAGCGCAGTGTGTCCTTGACAGGAGCCCCAGA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105238 GACAGCGGTGGCCTACCCGAGCGCAGTGTGTCCTTGACAGGAGCCCCAGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 ATCTGTCCA         GAAAGCCAAGATGATGCTGGATGACATTGTGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 105288 ATCTGTCCAGTA...CAGGAAAGCCAAGATGATGCTGGATGACATTGTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    638 CTCGGGGTCGTGGGGGCCCCCCAGGACAGTTCCACGACAACGCCAACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105655 CTCGGGGTCGTGGGGGCCCCCCAGGACAGTTCCACGACAACGCCAACGGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    688 GGCCAGAACGGCACCGTGCAGGAGATCATGATCCCCGCGGGCAAGGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105705 GGCCAGAACGGCACCGTGCAGGAGATCATGATCCCCGCGGGCAAGGCCGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CCTGGTCATTGGCAAGGGCGGGGAGACCATTAAGCAGCTGCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105755 CCTGGTCATTGGCAAGGGCGGGGAGACCATTAAGCAGCTGCAGGTG...A

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    781   GAACGCGCTGGAGTGAAGATGATCTTAATTCAGGACGGATCTCAGAAT
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105916 AGGAACGCGCTGGAGTGAAGATGATCTTAATTCAGGACGGATCTCAGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 ACGAATGTGGACAAACCTCTCCGCATCATTGGGGATCCTTACAAAGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105966 ACGAATGTGGACAAACCTCTCCGCATCATTGGGGATCCTTACAAAGTGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 G         CAAGCCTGTGAGATGGTGATGGACATCCTCCGGGAACGTG
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106016 GGTG...CAGCAAGCCTGTGAGATGGTGATGGACATCCTCCGGGAACGTG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 ACCAAGGCGGCTTTGGGGACCGGAATGAGTACGGATCTCGGATTGGCGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106460 ACCAAGGCGGCTTTGGGGACCGGAATGAGTACGGATCTCGGATTGGCGGA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 GGCATCGAT         GTGCCAGTGCCCAGGCATTCTGTTGGCGTGGT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 106510 GGCATCGATGTG...CAGGTGCCAGTGCCCAGGCATTCTGTTGGCGTGGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CATTGGCCGGAGTGGAGAGATGATCAAGAAGATCCAGAATGATGCTGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106690 CATTGGCCGGAGTGGAGAGATGATCAAGAAGATCCAGAATGATGCTGGCG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGCGGATACAGTTCAAGCAAG         ATGACGGGACAGGGCCCGAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106740 TGCGGATACAGTTCAAGCAAGGTC...CAGATGACGGGACAGGGCCCGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1102 AAGATTGCTCATATAATGGGGCCCCCAGACAGGTGCGAGCACGCAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107432 AAGATTGCTCATATAATGGGGCCCCCAGACAGGTGCGAGCACGCAGCCCG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1152 GATCATCAACGACCTCCTCCAGAGCCTCAGG         AGTGGTCCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 107482 GATCATCAACGACCTCCTCCAGAGCCTCAGGGTA...CAGAGTGGTCCCC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 CAGGTCCTCCAGGGGGTCCAGGCATGCCCCCGGGGGGCCGAGGCCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107627 CAGGTCCTCCAGGGGGTCCAGGCATGCCCCCGGGGGGCCGAGGCCGAGGA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1243 AGAGGCCAAGGCAATTGGGGTCCCCCTGGCGGGGAGATGACCTTCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107677 AGAGGCCAAGGCAATTGGGGTCCCCCTGGCGGGGAGATGACCTTCTCCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1293 CCCCACTCACAAGTGTGGGCTGGTCATCGGCCGAG         GTGGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 107727 CCCCACTCACAAGTGTGGGCTGGTCATCGGCCGAGGTG...CAGGTGGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1334 AGAATGTGAAAGCCATAAACCAGCAGACGGGAGCCTTCGTAGAGATCTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107855 AGAATGTGAAAGCCATAAACCAGCAGACGGGAGCCTTCGTAGAGATCTCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 CGGCAGCTGCCACCCAACGGGGACCCCAACTTCAAGTTGTTCATCATCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107905 CGGCAGCTGCCACCCAACGGGGACCCCAACTTCAAGTTGTTCATCATCCG

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GGGTTCACCCCAGCAGATTGACCACGCCAAGCAGCTTATCGAGGAAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107955 GGGTTCACCCCAGCAGATTGACCACGCCAAGCAGCTTATCGAGGAAAAGA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1484 TCGAG         GGTCCTCTCTGCCCAGTTGGACCAGGCCCAGGTGGC
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108005 TCGAGGTG...TAGGGTCCTCTCTGCCCAGTTGGACCAGGCCCAGGTGGC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 CCAGGCCCTGCTGGCCCAATGGGGCCCTTCAATCCTGGGCCCTTCAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108128 CCAGGCCCTGCTGGCCCAATGGGGCCCTTCAATCCTGGGCCCTTCAACCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GGGGCCACCCGGGGCTCCCCCACA         TGCCGGGGGGCCCCCTC
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 108178 GGGGCCACCCGGGGCTCCCCCACAGTG...CAGTGCCGGGGGGCCCCCTC

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 CTCACCAGTACCCACCCCAGGGCTGGGGCAATACCTACCCCCAGTGGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108620 CTCACCAGTACCCACCCCAGGGCTGGGGCAATACCTACCCCCAGTGGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 CCGCCTGCTCCTCATGACCCAA         GCAAAGCAGCTGCAGCGGC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 108670 CCGCCTGCTCCTCATGACCCAAGTA...CAGGCAAAGCAGCTGCAGCGGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 CGCGGACCCCAACGCCGCGTGGGCCGCCTACTACTCACACTACTACCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108784 CGCGGACCCCAACGCCGCGTGGGCCGCCTACTACTCACACTACTACCAGC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 AGCCCCCGGGCCCCGTCCCCGGCCCCGCACCGGCCCCTGCGGCCCCACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108834 AGCCCCCGGGCCCCGTCCCCGGCCCCGCACCGGCCCCTGCGGCCCCACCG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1807 GCTCAGGGTGAGCCCCCTCAGCCCCCACCCACCGGCCAGTCGGACTACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108884 GCTCAGGGTGAGCCCCCTCAGCCCCCACCCACCGGCCAGTCGGACTACAC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TAAGGCCTGGGAAGAGTATTACAAAAAGATCG         GCCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 108934 TAAGGCCTGGGAAGAGTATTACAAAAAGATCGGTG...CAGGCCAGCAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1898 CCCAGCAGCCCGGAGCGCCCCCACAGCAGGACTACACGAAGGCTTGGGAG
        |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
 109051 CCCAGCAGCCCGGAGCACCCCCACAGCAGGACTACACGAAGGCTTGGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1948 GAGTACTACAAGAAGCAAG         CGCAAGTGGCCACCGGAGGGGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 109101 GAGTACTACAAGAAGCAAGGTG...CAGCGCAAGTGGCCACCGGAGGGGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1989 TCCAGGAGCTCCCCCAGGCTCCCAGCCAGACTACAGTGCCGCCTGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109220 TCCAGGAGCTCCCCCAGGCTCCCAGCCAGACTACAGTGCCGCCTGGGCGG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2039 AATATTACAGACAGCAGGCCGCTTACTACGGACAGACCCCAGGTCCTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109270 AATATTACAGACAGCAGGCCGCTTACTACGGACAGACCCCAGGTCCTGGC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   2089 GGCCCCCAGCCGCCGCCCACGCAGCAGGGACAGCAGCAGGCTCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||--||
 109320 GGCCCCCAGCCGCCGCCCACGCAGCAGGGACAGCAGCAGGC  AA