seq1 = pF1KE2200.tfa, 1551 bp
seq2 = pF1KE2200/gi568815587r_32289061.tfa (gi568815587r:32289061_32535344), 246284 bp

>pF1KE2200 1551
>gi568815587r:32289061_32535344 (Chr11)

(complement)

1-646  (100000-100645)   99% ->
647-769  (106726-106848)   100% ->
770-872  (107287-107389)   100% ->
873-950  (117691-117768)   100% ->
951-1001  (118805-118855)   100% ->
1002-1098  (135301-135397)   100% ->
1099-1249  (138938-139088)   100% ->
1250-1339  (142590-142679)   100% ->
1340-1432  (143281-143373)   100% ->
1433-1551  (146166-146284)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCAGGACCCGGCTTCCACGTGTGTCCCGGAGCCGGCGTCTCAGCACAC
         |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100000 CTGCAGGACCCGGCTTCCACGTGTGTCCCGGAGCCGGCGTCTCAGCACAC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTCCGCTCCGGGCCTGGGTGCCTACAGCAGCCAGAGCAGCAGGGAGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100050 GCTCCGCTCCGGGCCTGGGTGCCTACAGCAGCCAGAGCAGCAGGGAGTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGACCCGGGCGGCATCTGGGCCAAGTTAGGCGCCGCCGAGGCCAGCGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100100 GGGACCCGGGCGGCATCTGGGCCAAGTTAGGCGCCGCCGAGGCCAGCGCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GAACGTCTCCAGGGCCGGAGGAGCCGCGGGGCGTCCGGGTCTGAGCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100150 GAACGTCTCCAGGGCCGGAGGAGCCGCGGGGCGTCCGGGTCTGAGCCGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCAAATGGGCTCCGACGTGCGGGACCTGAACGCGCTGCTGCCCGCCGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100200 GCAAATGGGCTCCGACGTGCGGGACCTGAACGCGCTGCTGCCCGCCGTCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 CCTCCCTGGGTGGCGGCGGCGGCTGTGCCCTGCCTGTGAGCGGCGCGGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100250 CCTCCCTGGGTGGCGGCGGCGGCTGTGCCCTGCCTGTGAGCGGCGCGGCG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CAGTGGGCGCCGGTGCTGGACTTTGCGCCCCCGGGCGCTTCGGCTTACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100300 CAGTGGGCGCCGGTGCTGGACTTTGCGCCCCCGGGCGCTTCGGCTTACGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GTCGTTGGGCGGCCCCGCGCCGCCACCGGCTCCGCCGCCACCCCCGCCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100350 GTCGTTGGGCGGCCCCGCGCCGCCACCGGCTCCGCCGCCACCCCCGCCGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CGCCGCCTCACTCCTTCATCAAACAGGAGCCGAGCTGGGGCGGCGCGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100400 CGCCGCCTCACTCCTTCATCAAACAGGAGCCGAGCTGGGGCGGCGCGGAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 CCGCACGAGGAGCAGTGCCTGAGCGCCTTCACTGTCCACTTTTCCGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100450 CCGCACGAGGAGCAGTGCCTGAGCGCCTTCACTGTCCACTTTTCCGGCCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 GTTCACTGGCACAGCCGGAGCCTGTCGCTACGGGCCCTTCGGTCCTCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100500 GTTCACTGGCACAGCCGGAGCCTGTCGCTACGGGCCCTTCGGTCCTCCTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CGCCCAGCCAGGCGTCATCCGGCCAGGCCAGGATGTTTCCTAACGCGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100550 CGCCCAGCCAGGCGTCATCCGGCCAGGCCAGGATGTTTCCTAACGCGCCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 TACCTGCCCAGCTGCCTCGAGAGCCAGCCCGCTATTCGCAATCAGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 100600 TACCTGCCCAGCTGCCTCGAGAGCCAGCCCGCTATTCGCAATCAGGGTA.

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647      GTTACAGCACGGTCACCTTCGACGGGACGCCCAGCTACGGTCACA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100650 ..CAGGTTACAGCACGGTCACCTTCGACGGGACGCCCAGCTACGGTCACA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 CGCCCTCGCACCATGCGGCGCAGTTCCCCAACCACTCATTCAAGCATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106771 CGCCCTCGCACCATGCGGCGCAGTTCCCCAACCACTCATTCAAGCATGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 GATCCCATGGGCCAGCAGGGCTCGCTGG         GTGAGCAGCAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 106821 GATCCCATGGGCCAGCAGGGCTCGCTGGGTA...CAGGTGAGCAGCAGTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 CTCGGTGCCGCCCCCGGTCTATGGCTGCCACACCCCCACCGACAGCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107300 CTCGGTGCCGCCCCCGGTCTATGGCTGCCACACCCCCACCGACAGCTGCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 CCGGCAGCCAGGCTTTGCTGCTGAGGACGCCCTACAGCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 107350 CCGGCAGCCAGGCTTTGCTGCTGAGGACGCCCTACAGCAGGTA...CAGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    874 GACAATTTATACCAAATGACATCCCAGCTTGAATGCATGACCTGGAATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117692 GACAATTTATACCAAATGACATCCCAGCTTGAATGCATGACCTGGAATCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 GATGAACTTAGGAGCCACCTTAAAGGG         AGTTGCTGCTGGGA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 117742 GATGAACTTAGGAGCCACCTTAAAGGGGTA...TAGAGTTGCTGCTGGGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    965 GCTCCAGCTCAGTGAAATGGACAGAAGGGCAGAGCAA         CCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 118819 GCTCCAGCTCAGTGAAATGGACAGAAGGGCAGAGCAAGTG...CAGCCAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 AGCACAGGGTACGAGAGCGATAACCACACAACGCCCATCCTCTGCGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135305 AGCACAGGGTACGAGAGCGATAACCACACAACGCCCATCCTCTGCGGAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1056 CCAATACAGAATACACACGCACGGTGTCTTCAGAGGCATTCAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 135355 CCAATACAGAATACACACGCACGGTGTCTTCAGAGGCATTCAGGTG...C

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1099   GATGTGCGACGTGTGCCTGGAGTAGCCCCGACTCTTGTACGGTCGGCA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138936 AGGATGTGCGACGTGTGCCTGGAGTAGCCCCGACTCTTGTACGGTCGGCA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147 TCTGAGACCAGTGAGAAACGCCCCTTCATGTGTGCTTACCCAGGCTGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138986 TCTGAGACCAGTGAGAAACGCCCCTTCATGTGTGCTTACCCAGGCTGCAA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1197 TAAGAGATATTTTAAGCTGTCCCACTTACAGATGCACAGCAGGAAGCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139036 TAAGAGATATTTTAAGCTGTCCCACTTACAGATGCACAGCAGGAAGCACA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1247 CTG         GTGAGAAACCATACCAGTGTGACTTCAAGGACTGTGAA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139086 CTGGTA...AAGGTGAGAAACCATACCAGTGTGACTTCAAGGACTGTGAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1288 CGAAGGTTTTCTCGTTCAGACCAGCTCAAAAGACACCAAAGGAGACATAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142628 CGAAGGTTTTCTCGTTCAGACCAGCTCAAAAGACACCAAAGGAGACATAC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1338 AG         GTGTGAAACCATTCCAGTGTAAAACTTGTCAGCGAAAGT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 142678 AGGTT...TAGGTGTGAAACCATTCCAGTGTAAAACTTGTCAGCGAAAGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 TCTCCCGGTCCGACCACCTGAAGACCCACACCAGGACTCATACAGGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143320 TCTCCCGGTCCGACCACCTGAAGACCCACACCAGGACTCATACAGGTAAA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 ACAA         GTGAAAAGCCCTTCAGCTGTCGGTGGCCAAGTTGTCA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 143370 ACAAGTG...CAGGTGAAAAGCCCTTCAGCTGTCGGTGGCCAAGTTGTCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 GAAAAAGTTTGCCCGGTCAGATGAATTAGTCCGCCATCACAACATGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146203 GAAAAAGTTTGCCCGGTCAGATGAATTAGTCCGCCATCACAACATGCATC

   1600     .    :    .    :    .    :
   1520 AGAGAAACATGACCAAACTCCAGCTGGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 146253 AGAGAAACATGACCAAACTCCAGCTGGCGCTT