seq1 = pF1KE2195.tfa, 1254 bp
seq2 = pF1KE2195/gi568815597r_70852910.tfa (gi568815597r:70852910_71147577), 294668 bp

>pF1KE2195 1254
>gi568815597r:70852910_71147577 (Chr1)

(complement)

1-897  (100001-100897)   100% ->
898-1077  (135094-135273)   100% ->
1078-1104  (193789-193815)   100% ->
1105-1254  (194519-194668)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGGAGACCCGGGGCTACGGAGGGGATGCCCCCTTCTGCACCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAAGGAGACCCGGGGCTACGGAGGGGATGCCCCCTTCTGCACCCGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CAACCACTCCTACACAGGCATGTGGGCGCCCGAGCGTTCCGCCGAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CAACCACTCCTACACAGGCATGTGGGCGCCCGAGCGTTCCGCCGAGGCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGGGCAACCTCACGCGCCCTCCAGGGTCTGGCGAGGATTGCGGATCGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGGGCAACCTCACGCGCCCTCCAGGGTCTGGCGAGGATTGCGGATCGGTG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 TCCGTGGCCTTCCCGATCACCATGCTGCTCACTGGTTTCGTGGGCAACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 TCCGTGGCCTTCCCGATCACCATGCTGCTCACTGGTTTCGTGGGCAACGC

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 ACTGGCCATGCTGCTCGTGTCGCGCAGCTACCGGCGCCGGGAGAGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 ACTGGCCATGCTGCTCGTGTCGCGCAGCTACCGGCGCCGGGAGAGCAAGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 GCAAGAAGTCCTTCCTGCTGTGCATCGGCTGGCTGGCGCTCACCGACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 GCAAGAAGTCCTTCCTGCTGTGCATCGGCTGGCTGGCGCTCACCGACCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTCGGGCAGCTTCTCACCACCCCGGTCGTCATCGTCGTGTACCTGTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTCGGGCAGCTTCTCACCACCCCGGTCGTCATCGTCGTGTACCTGTCCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGCGTTGGGAGCACATCGACCCGTCGGGGCGGCTCTGCACCTTTTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAGCGTTGGGAGCACATCGACCCGTCGGGGCGGCTCTGCACCTTTTTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 GGCTGACCATGACTGTTTTCGGGCTCTCCTCGTTGTTCATCGCCAGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 GGCTGACCATGACTGTTTTCGGGCTCTCCTCGTTGTTCATCGCCAGCGCC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 ATGGCCGTCGAGCGGGCGCTGGCCATCAGGGCGCCGCACTGGTATGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 ATGGCCGTCGAGCGGGCGCTGGCCATCAGGGCGCCGCACTGGTATGCGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CCACATGAAGACGCGTGCCACCCGCGCTGTGCTGCTCGGCGTGTGGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100501 CCACATGAAGACGCGTGCCACCCGCGCTGTGCTGCTCGGCGTGTGGCTGG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    551 CCGTGCTCGCCTTCGCCCTGCTGCCGGTGCTGGGCGTGGGCCAGTACACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100551 CCGTGCTCGCCTTCGCCCTGCTGCCGGTGCTGGGCGTGGGCCAGTACACC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    601 GTCCAGTGGCCCGGGACGTGGTGCTTCATCAGCACCGGGCGAGGGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100601 GTCCAGTGGCCCGGGACGTGGTGCTTCATCAGCACCGGGCGAGGGGGCAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    651 CGGGACTAGCTCTTCGCATAACTGGGGCAACCTTTTCTTCGCCTCTGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100651 CGGGACTAGCTCTTCGCATAACTGGGGCAACCTTTTCTTCGCCTCTGCCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    701 TTGCCTTCCTGGGGCTCTTGGCGCTGACAGTCACCTTTTCCTGCAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100701 TTGCCTTCCTGGGGCTCTTGGCGCTGACAGTCACCTTTTCCTGCAACCTG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    751 GCCACCATTAAGGCCCTGGTGTCCCGCTGCCGGGCCAAGGCCACGGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100751 GCCACCATTAAGGCCCTGGTGTCCCGCTGCCGGGCCAAGGCCACGGCATC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    801 TCAGTCCAGTGCCCAGTGGGGCCGCATCACGACCGAGACGGCCATTCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100801 TCAGTCCAGTGCCCAGTGGGGCCGCATCACGACCGAGACGGCCATTCAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    851 TTATGGGGATCATGTGCGTGCTGTCGGTCTGCTGGTCTCCGCTCCTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 100851 TTATGGGGATCATGTGCGTGCTGTCGGTCTGCTGGTCTCCGCTCCTGGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    898       ATAATGATGTTGAAAATGATCTTCAATCAGACATCAGTTGAGCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100901 ...TAGATAATGATGTTGAAAATGATCTTCAATCAGACATCAGTTGAGCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CTGCAAGACACACACGGAGAAGCAGAAAGAATGCAACTTCTTCTTAATAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135138 CTGCAAGACACACACGGAGAAGCAGAAAGAATGCAACTTCTTCTTAATAG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 CTGTTCGCCTGGCTTCACTGAACCAGATCTTGGATCCTTGGGTTTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 135188 CTGTTCGCCTGGCTTCACTGAACCAGATCTTGGATCCTTGGGTTTACCTG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1042 CTGTTAAGAAAGATCCTTCTTCGAAAGTTTTGCCAG         ATGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 135238 CTGTTAAGAAAGATCCTTCTTCGAAAGTTTTGCCAGGTA...CAGATGAG

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AAAAAGAAGACTCAGAGAGCAA         TTAATCTGCAGTTTGCAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 193794 AAAAAGAAGACTCAGAGAGCAAGTA...TAGTTAATCTGCAGTTTGCAGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ACTCTCAGATACAGAGGGCAACTGCACATTGTGGGCAAGTACAAACCTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194538 ACTCTCAGATACAGAGGGCAACTGCACATTGTGGGCAAGTACAAACCTAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 CGTGTGCTGAACAGAGAAGAAATGGAGGTACTCGTGAGCAGCATTAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 194588 CGTGTGCTGAACAGAGAAGAAATGGAGGTACTCGTGAGCAGCATTAATGT

   1250     .    :    .    :    .    :
   1224 GTACACCAGAATCTCAACAGTAAAGACAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||
 194638 GTACACCAGAATCTCAACAGTAAAGACAGAA