seq1 = pF1KE2192.tfa, 1722 bp
seq2 = pF1KE2192/gi568815595r_129331504.tfa (gi568815595r:129331504_129539833), 208330 bp

>pF1KE2192 1722
>gi568815595r:129331504_129539833 (Chr3)

(complement)

1-104  (100001-100104)   100% ->
105-335  (101884-102114)   100% ->
336-1183  (102526-103373)   100% ->
1184-1258  (105698-105772)   100% ->
1259-1393  (105850-105984)   100% ->
1394-1543  (106587-106736)   100% ->
1544-1647  (107228-107331)   100% ->
1648-1722  (108256-108330)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCACGACTGGGCTGGAGAGTCTGAGTCTGGGGGACCGCGGAGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCACGACTGGGCTGGAGAGTCTGAGTCTGGGGGACCGCGGAGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CCCCACCGTCACCTCTAGTGAGCGCCTAGTCCCAGACCCGCCGAATGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CCCCACCGTCACCTCTAGTGAGCGCCTAGTCCCAGACCCGCCGAATGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 TCCG         CAAAGAAGATGTTGCTATGGAATTGGAAAGAGTGGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TCCGGTA...CAGCAAAGAAGATGTTGCTATGGAATTGGAAAGAGTGGGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGATGAGGAACAAATGATGATAAAAAGAAGCAGTGAATGTAATCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101921 GAAGATGAGGAACAAATGATGATAAAAAGAAGCAGTGAATGTAATCCCTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GCTACAAGAACCCATCGCTTCTGCTCAGTTTGGTGCTACTGCAGGAACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101971 GCTACAAGAACCCATCGCTTCTGCTCAGTTTGGTGCTACTGCAGGAACAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AATGCCGTAAGTCTGTCCCATGTGGATGGGAAAGAGTTGTGAAGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102021 AATGCCGTAAGTCTGTCCCATGTGGATGGGAAAGAGTTGTGAAGCAAAGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 TTATTTGGGAAGACAGCAGGAAGATTTGATGTGTACTTTATCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 102071 TTATTTGGGAAGACAGCAGGAAGATTTGATGTGTACTTTATCAGGTA...

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336    CCCACAAGGACTGAAGTTCAGATCCAAAAGTTCACTTGCTAATTATC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102523 TAGCCCACAAGGACTGAAGTTCAGATCCAAAAGTTCACTTGCTAATTATC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TTCACAAAAATGGAGAGACTTCTCTTAAGCCAGAAGATTTTGATTTTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102573 TTCACAAAAATGGAGAGACTTCTCTTAAGCCAGAAGATTTTGATTTTACT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GTACTTTCTAAAAGGGGTATCAAGTCAAGATATAAAGACTGCAGCATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102623 GTACTTTCTAAAAGGGGTATCAAGTCAAGATATAAAGACTGCAGCATGGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 AGCCCTGACATCCCATCTACAAAACCAAAGTAACAATTCAAACTGGAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102673 AGCCCTGACATCCCATCTACAAAACCAAAGTAACAATTCAAACTGGAACC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCAGGACCCGAAGCAAGTGCAAAAAGGATGTGTTTATGCCGCCAAGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102723 TCAGGACCCGAAGCAAGTGCAAAAAGGATGTGTTTATGCCGCCAAGTAGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 AGTTCAGAGTTGCAGGAGAGCAGAGGACTCTCTAACTTTACTTCCACTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102773 AGTTCAGAGTTGCAGGAGAGCAGAGGACTCTCTAACTTTACTTCCACTCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 TTTGCTTTTGAAAGAAGATGAGGGTGTTGATGATGTTAACTTCAGAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102823 TTTGCTTTTGAAAGAAGATGAGGGTGTTGATGATGTTAACTTCAGAAAGG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 TTAGAAAGCCCAAAGGAAAGGTGACTATTTTGAAAGGAATCCCAATTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102873 TTAGAAAGCCCAAAGGAAAGGTGACTATTTTGAAAGGAATCCCAATTAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 AAAACTAAAAAAGGATGTAGGAAGAGCTGTTCAGGTTTTGTTCAAAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102923 AAAACTAAAAAAGGATGTAGGAAGAGCTGTTCAGGTTTTGTTCAAAGTGA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 TAGCAAAAGAGAATCTGTGTGTAATAAAGCAGATGCTGAAAGTGAACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102973 TAGCAAAAGAGAATCTGTGTGTAATAAAGCAGATGCTGAAAGTGAACCTG

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TTGCACAAAAAAGTCAGCTTGATAGAACTGTCTGCATTTCTGATGCTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103023 TTGCACAAAAAAGTCAGCTTGATAGAACTGTCTGCATTTCTGATGCTGGA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GCATGTGGTGAGACCCTCAGTGTGACCAGTGAAGAAAACAGCCTTGTAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103073 GCATGTGGTGAGACCCTCAGTGTGACCAGTGAAGAAAACAGCCTTGTAAA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    933 AAAAAAAGAAAGATCATTGAGTTCAGGATCAAATTTTTGTTCTGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103123 AAAAAAAGAAAGATCATTGAGTTCAGGATCAAATTTTTGTTCTGAACAAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    983 AAACTTCTGGCATCATAAACAAATTTTGTTCAGCCAAAGACTCAGAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103173 AAACTTCTGGCATCATAAACAAATTTTGTTCAGCCAAAGACTCAGAACAC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 AACGAGAAGTATGAGGATACCTTTTTAGAATCTGAAGAAATCGGAACAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103223 AACGAGAAGTATGAGGATACCTTTTTAGAATCTGAAGAAATCGGAACAAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 AGTAGAAGTTGTGGAAAGGAAAGAACATTTGCATACTGACATTTTAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103273 AGTAGAAGTTGTGGAAAGGAAAGAACATTTGCATACTGACATTTTAAAAC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1133 GTGGCTCTGAAATGGACAACAACTGCTCACCAACCAGGAAAGACTTCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103323 GTGGCTCTGAAATGGACAACAACTGCTCACCAACCAGGAAAGACTTCACT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1183 G         AAGATACCATCCCACGAACACAGATAGAAAGAAGGAAAAC
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103373 GGTG...CAGAAGATACCATCCCACGAACACAGATAGAAAGAAGGAAAAC

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 AAGCCTGTATTTTTCCAGCAAATATAACAAAGAAG         CTCTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 105738 AAGCCTGTATTTTTCCAGCAAATATAACAAAGAAGGTA...TAGCTCTTA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 GCCCCCCACGACGTAAAGCCTTTAAGAAATGGACACCTCCTCGGTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105856 GCCCCCCACGACGTAAAGCCTTTAAGAAATGGACACCTCCTCGGTCACCT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 TTTAATCTCGTTCAAGAAACACTTTTTCATGATCCATGGAAGCTTCTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105906 TTTAATCTCGTTCAAGAAACACTTTTTCATGATCCATGGAAGCTTCTCAT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 CGCTACTATATTTCTCAATCGGACCTCAG         GCAAAATGGCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 105956 CGCTACTATATTTCTCAATCGGACCTCAGGTT...CAGGCAAAATGGCAA

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1406 TACCTGTGCTTTGGAAGTTTCTGGAGAAGTATCCTTCAGCTGAGGTAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106599 TACCTGTGCTTTGGAAGTTTCTGGAGAAGTATCCTTCAGCTGAGGTAGCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 AGAACCGCAGACTGGAGAGATGTGTCAGAACTTCTTAAACCTCTTGGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106649 AGAACCGCAGACTGGAGAGATGTGTCAGAACTTCTTAAACCTCTTGGTCT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CTACGATCTTCGGGCAAAAACCATTGTCAAGTTCTCAG         ATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 106699 CTACGATCTTCGGGCAAAAACCATTGTCAAGTTCTCAGGTA...CAGATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1547 AATACCTGACAAAGCAGTGGAAGTATCCAATTGAGCTTCATGGGATTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107231 AATACCTGACAAAGCAGTGGAAGTATCCAATTGAGCTTCATGGGATTGGT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 AAATATGGCAACGACTCTTACCGAATTTTTTGTGTCAATGAGTGGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107281 AAATATGGCAACGACTCTTACCGAATTTTTTGTGTCAATGAGTGGAAGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 G         GTGCACCCTGAAGACCACAAATTAAATAAATATCATGACT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107331 GGTG...CAGGTGCACCCTGAAGACCACAAATTAAATAAATATCATGACT

   1750     .    :    .    :    .    :    .
   1688 GGCTTTGGGAAAATCATGAAAAATTAAGTCTATCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108296 GGCTTTGGGAAAATCATGAAAAATTAAGTCTATCT