seq1 = pF1KE2190.tfa, 1593 bp
seq2 = pF1KE2190/gi568815597f_193022201.tfa (gi568815597f:193022201_193349874), 327674 bp

>pF1KE2190 1593
>gi568815597f:193022201_193349874 (Chr1)

1-131  (100001-100131)   100% ->
132-237  (102912-103017)   100% ->
238-307  (107974-108043)   100% ->
308-370  (113191-113253)   100% ->
371-423  (113337-113389)   100% ->
424-512  (115885-115973)   100% ->
513-729  (119650-119866)   100% ->
730-828  (125667-125765)   100% ->
829-907  (128104-128182)   98% ->
908-972  (130180-130244)   100% ->
973-1030  (181595-181652)   100% ->
1031-1066  (189865-189900)   100% ->
1067-1154  (190190-190277)   100% ->
1155-1316  (210793-210954)   100% ->
1317-1417  (214056-214156)   100% ->
1418-1559  (227530-227671)   100% ->
1560-1593  (228476-228509)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGACGTGCTTAGCGTCCTGCGACAGTACAACATCCAGAAGAAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGACGTGCTTAGCGTCCTGCGACAGTACAACATCCAGAAGAAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GATTGTGGTGAAGGGAGACGAAGTGATCTTCGGGGAGTTCTCCTGGCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GATTGTGGTGAAGGGAGACGAAGTGATCTTCGGGGAGTTCTCCTGGCCCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGAATGTGAAGACCAACTATGTTGTTTGGGG         GACTGGAAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 100101 AGAATGTGAAGACCAACTATGTTGTTTGGGGGTA...CAGGACTGGAAAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GAAGGCCAACCCAGAGAGTACTACACATTGGATTCCATTTTATTTCTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102922 GAAGGCCAACCCAGAGAGTACTACACATTGGATTCCATTTTATTTCTACT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TAATAACGTGCACCTTTCTCATCCTGTTTATGTCCGACGTGCAGCT    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 102972 TAATAACGTGCACCTTTCTCATCCTGTTTATGTCCGACGTGCAGCTGTA.

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    238      ACTGAAAATATTCCTGTGGTTAGAAGACCTGATCGAAAAGATCTA
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103022 ..TAGACTGAAAATATTCCTGTGGTTAGAAGACCTGATCGAAAAGATCTA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CTTGGATATCTCAATGGTGAAGCGT         CAACATCGGCAAGTAT
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 108019 CTTGGATATCTCAATGGTGAAGCGTGTG...CAGCAACATCGGCAAGTAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AGACAGAAGCGCTCCCTTAGAAATAGGTCTTCAGCGATCTACTCAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113207 AGACAGAAGCGCTCCCTTAGAAATAGGTCTTCAGCGATCTACTCAAGGTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    371       TCAAACGAGCTGCAGATGAAGTTTTAGCAGAAGCAAAGAAACCA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113257 ...TAGTCAAACGAGCTGCAGATGAAGTTTTAGCAGAAGCAAAGAAACCA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 CGAATTGAG         GATGAAGAGTGTGTGCGCCTTGATAAAGAGAG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 113381 CGAATTGAGGTA...CAGGATGAAGAGTGTGTGCGCCTTGATAAAGAGAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    456 ATTGGCTGCCCGTTTGGAGGGTCACAAAGAAGGGATTGTACAGACTGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115917 ATTGGCTGCCCGTTTGGAGGGTCACAAAGAAGGGATTGTACAGACTGAAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 AGATTAG         GTCTTTGTCTGAAGCTATGTCAGTGGAAAAAATT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115967 AGATTAGGTA...TAGGTCTTTGTCTGAAGCTATGTCAGTGGAAAAAATT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    547 GCTGCAATCAAAGCCAAAATTATGGCTAAGAAAAGATCTACTATCAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119684 GCTGCAATCAAAGCCAAAATTATGGCTAAGAAAAGATCTACTATCAAGAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 TGATCTAGATGATGACATAACTGCCCTTAAACAGAGGAGTTTTGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119734 TGATCTAGATGATGACATAACTGCCCTTAAACAGAGGAGTTTTGTGGATG

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 CTGAGGTAGATGTGACCCGAGATATTGTCAGCAGAGAGAGAGTATGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119784 CTGAGGTAGATGTGACCCGAGATATTGTCAGCAGAGAGAGAGTATGGAGG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 ACACGAACAACTATCTTACAAAGCACAGGAAAG         AATTTTTC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 119834 ACACGAACAACTATCTTACAAAGCACAGGAAAGGTA...TAGAATTTTTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CAAGAACATTTTTGCAATTCTTCAATCTGTAAAAGCCAGAGAAGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125675 CAAGAACATTTTTGCAATTCTTCAATCTGTAAAAGCCAGAGAAGAAGGGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GTGCACCTGAACAGCGACCTGCCCCAAATGCAGCACCTGTG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 125725 GTGCACCTGAACAGCGACCTGCCCCAAATGCAGCACCTGTGGTA...CAG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GATCCCACTTTGCGCACCAAACAACCTATCCCAGCTGCCTATAACAGATA
        ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
 128104 GATCCCACTTTGCGCACCAAACAGCCTATCCCAGCTGCCTATAACAGATA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CGATCAGGAAAGATTCAAAGGAAAAGAAG         AAACGGAAGGCT
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 128154 CGATCAGGAAAGATTCAAAGGAAAAGAAGGCA...TAGAAACGGAAGGCT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TCAAAATTGACACTATGGGAACCTACCATGGTATGACACTGAAATCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130192 TCAAAATTGACACTATGGGAACCTACCATGGTATGACACTGAAATCTGTA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 ACG         GAGGGTGCATCTGCCCGGAAGACTCAGACTCCTGCAGC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130242 ACGGTA...AAGGAGGGTGCATCTGCCCGGAAGACTCAGACTCCTGCAGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CCAGCCAGTACCAAGACCAG         TTTCTCAAGCAAGACCTCCCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 181633 CCAGCCAGTACCAAGACCAGGTA...CAGTTTCTCAAGCAAGACCTCCCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1052 CAAATCAGAAGAAAG         GATCTCGAACACCCATTATCATAATT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 189886 CAAATCAGAAGAAAGGTG...TAGGATCTCGAACACCCATTATCATAATT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1093 CCTGCAGCTACCACCTCTTTAATAACCATGCTTAATGCAAAAGACCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190216 CCTGCAGCTACCACCTCTTTAATAACCATGCTTAATGCAAAAGACCTTCT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1143 ACAGGACCTGAA         ATTTGTCCCATCAGATGAAAAGAAGAAAC
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 190266 ACAGGACCTGAAGTA...AAGATTTGTCCCATCAGATGAAAAGAAGAAAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1184 AAGGTTGTCAACGAGAAAATGAAACTCTAATACAAAGAAGAAAAGACCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210822 AAGGTTGTCAACGAGAAAATGAAACTCTAATACAAAGAAGAAAAGACCAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1234 ATGCAACCAGGGGGCACTGCAATTAGTGTTACAGTACCTTATAGAGTAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 210872 ATGCAACCAGGGGGCACTGCAATTAGTGTTACAGTACCTTATAGAGTAGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1284 AGACCAGCCCCTTAAACTTATGCCTCAAGACTG         GGACCGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 210922 AGACCAGCCCCTTAAACTTATGCCTCAAGACTGGTA...TAGGGACCGCG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1325 TTGTAGCCGTTTTTGTGCAGGGTCCTGCATGGCAGTTCAAAGGTTGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 214064 TTGTAGCCGTTTTTGTGCAGGGTCCTGCATGGCAGTTCAAAGGTTGGCCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1375 TGGCTTTTGCCTGATGGATCACCAGTTGATATATTTGCTAAAA       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 214114 TGGCTTTTGCCTGATGGATCACCAGTTGATATATTTGCTAAAAGTA...T

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1418   TTAAAGCCTTCCATCTGAAGTATGATGAAGTTCGTCTGGATCCAAATG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227528 AGTTAAAGCCTTCCATCTGAAGTATGATGAAGTTCGTCTGGATCCAAATG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1466 TTCAGAAATGGGATGTAACAGTATTAGAACTCAGCTATCACAAACGTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 227578 TTCAGAAATGGGATGTAACAGTATTAGAACTCAGCTATCACAAACGTCAT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1516 TTGGATAGACCAGTGTTCTTACGGTTTTGGGAAACATTGGACAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 227628 TTGGATAGACCAGTGTTCTTACGGTTTTGGGAAACATTGGACAGGTA...

   1700     .    :    .    :    .    :    .
   1560    GTACATGGTAAAGCATAAATCGCACTTGAGATTC
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 228473 CAGGTACATGGTAAAGCATAAATCGCACTTGAGATTC