seq1 = pF1KE2188.tfa, 1269 bp
seq2 = pF1KE2188/gi568815591f_30864069.tfa (gi568815591f:30864069_31079241), 215173 bp

>pF1KE2188 1269
>gi568815591f:30864069_31079241 (Chr7)

1-57  (100001-100057)   100% ->
58-160  (104766-104868)   100% ->
161-268  (104995-105102)   100% ->
269-366  (105799-105896)   100% ->
367-464  (107051-107148)   100% ->
465-597  (107895-108027)   100% ->
598-751  (109917-110070)   100% ->
752-812  (110361-110421)   100% ->
813-882  (110903-110972)   100% ->
883-974  (111709-111800)   100% ->
975-1104  (112361-112490)   100% ->
1105-1146  (113213-113254)   100% ->
1147-1269  (115051-115173)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGACCGCCGGATGTGGGGGGCCCACGTCTTCTGCGTGTTGAGCCCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGACCGCCGGATGTGGGGGGCCCACGTCTTCTGCGTGTTGAGCCCGTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ACCGACC         GTATTGGGCCACATGCACCCAGAATGTGACTTCA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 ACCGACCGTG...CAGGTATTGGGCCACATGCACCCAGAATGTGACTTCA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TCACCCAGCTGAGAGAGGATGAGAGTGCCTGTCTACAAGCAGCAGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104800 TCACCCAGCTGAGAGAGGATGAGAGTGCCTGTCTACAAGCAGCAGAGGAG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 ATGCCCAACACCACCCTGG         GCTGCCCTGCGACCTGGGATGG
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 104850 ATGCCCAACACCACCCTGGGTA...CAGGCTGCCCTGCGACCTGGGATGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 GCTGCTGTGCTGGCCAACGGCAGGCTCTGGCGAGTGGGTCACCCTCCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105017 GCTGCTGTGCTGGCCAACGGCAGGCTCTGGCGAGTGGGTCACCCTCCCCT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCCCGGATTTCTTCTCTCACTTCAGCTCAGAGTCAG         GGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 105067 GCCCGGATTTCTTCTCTCACTTCAGCTCAGAGTCAGGTG...CAGGGGCT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 GTGAAACGGGATTGTACTATCACTGGCTGGTCTGAGCCCTTTCCACCTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105804 GTGAAACGGGATTGTACTATCACTGGCTGGTCTGAGCCCTTTCCACCTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCCTGTGGCCTGCCCTGTGCCTCTGGAGCTGCTGGCTGAGGAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 105854 CCCTGTGGCCTGCCCTGTGCCTCTGGAGCTGCTGGCTGAGGAGGTA...C

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    367   GAATCTTACTTCTCCACAGTGAAGATTATCTACACCGTGGGCCATAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107049 AGGAATCTTACTTCTCCACAGTGAAGATTATCTACACCGTGGGCCATAGC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 ATCTCTATTGTAGCCCTCTTCGTGGCCATCACCATCCTGGTTGCTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107099 ATCTCTATTGTAGCCCTCTTCGTGGCCATCACCATCCTGGTTGCTCTCAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465          GAGGCTCCACTGCCCCCGGAACTACGTCCACACCCAGCTGT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107149 GTT...CAGGAGGCTCCACTGCCCCCGGAACTACGTCCACACCCAGCTGT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 TCACCACTTTTATCCTCAAGGCGGGAGCTGTGTTCCTGAAGGATGCTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107936 TCACCACTTTTATCCTCAAGGCGGGAGCTGTGTTCCTGAAGGATGCTGCC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTTTTCCACAGCGACGACACTGACCACTGCAGCTTCTCCACT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 107986 CTTTTCCACAGCGACGACACTGACCACTGCAGCTTCTCCACTGTA...CA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    598  GTTCTATGCAAGGTCTCTGTGGCCGCCTCCCATTTCGCCACCATGACCA
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109916 GGTTCTATGCAAGGTCTCTGTGGCCGCCTCCCATTTCGCCACCATGACCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 ACTTCAGCTGGCTGTTGGCAGAAGCCGTCTACCTGAACTGCCTCCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109966 ACTTCAGCTGGCTGTTGGCAGAAGCCGTCTACCTGAACTGCCTCCTGGCC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TCCACCTCCCCCAGCTCAAGGAGAGCCTTCTGGTGGCTGGTTCTCGCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110016 TCCACCTCCCCCAGCTCAAGGAGAGCCTTCTGGTGGCTGGTTCTCGCTGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 CTGGG         GGCTGCCCGTGCTCTTCACTGGCACGTGGGTGAGCT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110066 CTGGGGTG...TAGGGCTGCCCGTGCTCTTCACTGGCACGTGGGTGAGCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 GCAAACTGGCCTTCGAGGACATCGC         GTGCTGGGACCTGGAC
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 110397 GCAAACTGGCCTTCGAGGACATCGCGTG...CAGGTGCTGGGACCTGGAC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GACACCTCCCCCTACTGGTGGATCATCAAAGGGCCCATTGTCCTCTCGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110919 GACACCTCCCCCTACTGGTGGATCATCAAAGGGCCCATTGTCCTCTCGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 CGGG         GTGAACTTTGGGCTTTTTCTCAATATTATCCGCATCC
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110969 CGGGGTC...CAGGTGAACTTTGGGCTTTTTCTCAATATTATCCGCATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 TGGTGAGGAAACTGGAGCCAGCTCAGGGCAGCCTCCATACCCAGTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111746 TGGTGAGGAAACTGGAGCCAGCTCAGGGCAGCCTCCATACCCAGTCTCAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 TATTG         GCGTCTCTCCAAGTCGACACTTTTCCTGATCCCACT
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111796 TATTGGTA...CAGGCGTCTCTCCAAGTCGACACTTTTCCTGATCCCACT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1011 CTTTGGAATTCACTACATCATCTTCAACTTCCTGCCAGACAATGCTGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112397 CTTTGGAATTCACTACATCATCTTCAACTTCCTGCCAGACAATGCTGGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1061 TGGGCATCCGCCTCCCCCTGGAGCTGGGACTGGGTTCCTTCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 112447 TGGGCATCCGCCTCCCCCTGGAGCTGGGACTGGGTTCCTTCCAGGTG...

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1105    GGCTTCATTGTTGCCATCCTCTACTGCTTCCTCAACCAAGAG     
        >>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 113210 CAGGGCTTCATTGTTGCCATCCTCTACTGCTTCCTCAACCAAGAGGTG..

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1147     GTGAGGACTGAGATCTCACGGAAGTGGCATGGCCATGACCCTGAGC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113260 .GAGGTGAGGACTGAGATCTCACGGAAGTGGCATGGCCATGACCCTGAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1193 TTCTGCCAGCCTGGAGGACCCGTGCTAAGTGGACCACGCCTTCCCGCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115097 TTCTGCCAGCCTGGAGGACCCGTGCTAAGTGGACCACGCCTTCCCGCTCG

   1350     .    :    .    :    .
   1243 GCGGCAAAGGTGCTGACATCTATGTGC
        |||||||||||||||||||||||||||
 115147 GCGGCAAAGGTGCTGACATCTATGTGC