seq1 = pF1KE2182.tfa, 543 bp
seq2 = pF1KE2182/gi568815586f_119094850.tfa (gi568815586f:119094850_119295391), 200542 bp

>pF1KE2182 543
>gi568815586f:119094850_119295391 (Chr12)

1-543  (100001-100542)   97%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTAAAGGAGGAAGAAAGGGAGGCCACAAAGGCCGGGCGAGGCAGTA
        |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||
 100001 ATGCCTAAAGGAGGGAGAAAGGGAGGCCACAAAGGCTGGGCGAGGCAGTA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TACAAGCCCTGAGGAGATCGACGCGCAGCTGCAGGCTGAGAAGCAGAAGG
        ||  |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
 100051 TAGGAGCCCTGAGGAGATCGACGTACAGCTGCAGGCTGAGAAGCAGAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAGGGAAGAAGAGGAGCAAAAAGAAGGTGGAGATGGGGCTGCAGGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CCAGGGAAGAAGAGGAGCAAAAAGAAGGTGGAGATGGGGCTGCAGGTGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 CCCAAAAAGGAGAAGAAATCTCTAGACTCAGATGAGAGTGAGGATGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 CCCAAAAAGGAGAAGAAATCTCTAGACTCAGATGAGAGTGAGGATGAAGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 AGATGACTACCAGCAAAAGCGCAAAGGCGTTGAAGGGCTCATCGACATCG
        |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||
 100201 AGATGACTACCAGCAAAACCGCAAAGGCGTTGAAGGGCTCTTCAACATCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 AGAACCCCAACCGGGTGGCACAGACAACCAAAAAGGTCACACAACTGGAT
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 100251 AGAACCCCAACCAGGTGGCACAGACAACCAAAAAGGTCACACAACTGTAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 CTGGACGGGCCAAAGGAGCTTTCGAGGAGAGAACGAGAAGAGATTGAGAA
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 CTGGATGGGCCAAAGGAGCTTTCGAGGAGAGAACGAGAAGAGATTGAGAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GCAGAAGGCAAAAGAGCGTTACATGAAAATGCACTTGGCCGGGAAGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GCAGAAGGCAAAAGAGCGTTACATGAAAATGCACTTGGCCGGGAAGACAG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 AGCAAGCCAAGGCTGACCTGGCCCGGCTGGCCATCATCCGGAAACAGCGG
        |||||||||||||||||||||||||-||||||||||||||||||||||||
 100401 AGCAAGCCAAGGCTGACCTGGCCCG CTGGCCATCATCCGGAAACAGCGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 GAGGAGGCTGCCCGGAAGAAGGAAGAGGAAAGGAAAGCAAAAGACGATGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
 100450 GAGGAGGCTGCCCGGAAGAAGGAAGAGGAAAGGAAAGCAAAAGATGATGC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :
    501 CACATTGTCAGGAAAACGAATGCAGTCACTCTCCCTGAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
 100500 CACATTGTCAGGAAAACGAATGCAGTCGCTCTCCCTGTATAAG