seq1 = pF1KE2181.tfa, 720 bp
seq2 = pF1KE2181/gi568815597r_151774891.tfa (gi568815597r:151774891_152009458), 234568 bp

>pF1KE2181 720
>gi568815597r:151774891_152009458 (Chr1)

(complement)

1-99  (100001-100099)   98% ->
100-286  (114265-114451)   99% ->
287-446  (120086-120245)   100% ->
447-557  (121076-121186)   100% ->
558-682  (132334-132458)   100% ->
683-720  (134531-134568)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCTGAGGAGCTGCGCCGCGCGCCTCCGCACGCTGGGGGCTCTGTGCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
 100001 ATGCTGAGGAGCTGCGCCGCGCGCCTCCGCACGCTGGGGGCTCTGTGCCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCCGCCAGTAGGCCGGCGCCTGCCGGGAAGCGAGCCGCGACCCGAGCTG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 100051 GCCGCCAGTAGGCCGGCGCCTGCCGGGAAGCGAGCCGCGACCCGAGCTGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    100         AGGTCATTTTCTTCTGAGGAAGTCATTCTTAAGGACTGTTCT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 TG...TAGAGGTCATTTTCTTCTGAGGAAGTCATTCTTAAGGACTGTTCT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GTCCCCAACCCCAGCTGGAACAAGGACCTAAGACTGCTCTTTGACCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114307 GTCCCCAACCCCAGCTGGAACAAGGACCTAAGACTGCTCTTTGACCAGTT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TATGAAGAAATGTGAAGATGGCTCCTGGAAACGTTTGCCTTCATATAAAC
        |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
 114357 TATGAAGAAATGTGAAGACGGCTCCTGGAAACGTTTGCCTTCATATAAAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 GTACACCTACTGAATGGATTCAAGACTTCAAAACCCATTTTCTTG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114407 GTACACCTACTGAATGGATTCAAGACTTCAAAACCCATTTTCTTGGTA..

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    287     ACCCAAAGCTTATGAAAGAAGAACAAATGTCACAGGCCCAGCTCTT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114457 .TAGACCCAAAGCTTATGAAAGAAGAACAAATGTCACAGGCCCAGCTCTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 CACCAGAAGCTTTGATGATGGCCTGGGCTTTGAATACGTGATGTTCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120132 CACCAGAAGCTTTGATGATGGCCTGGGCTTTGAATACGTGATGTTCTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 ATGACATTGAGAAAAGGATGGTTTGCTTATTTCAAGGAGGCCCTTACCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120182 ATGACATTGAGAAAAGGATGGTTTGCTTATTTCAAGGAGGCCCTTACCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAAGGACCACCTGG         ATTCATTCATGGAGGTGCCATTGCAAC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 120232 GAAGGACCACCTGGGTA...TAGATTCATTCATGGAGGTGCCATTGCAAC

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CATGATTGATGCTACTGTTGGTATGTGTGCAATGATGGCTGGGGGAATCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121103 CATGATTGATGCTACTGTTGGTATGTGTGCAATGATGGCTGGGGGAATCG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 TCATGACTGCCAATCTCAACATCAATTATAAAAG         ACCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 121153 TCATGACTGCCAATCTCAACATCAATTATAAAAGGTA...CAGACCTATC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CCTCTTTGTTCTGTTGTTATGATAAATAGCCAACTTGATAAAGTTGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132341 CCTCTTTGTTCTGTTGTTATGATAAATAGCCAACTTGATAAAGTTGAAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AAGGAAATTTTTTGTTTCCTGTAATGTTCAGAGTGTTGATGAGAAGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132391 AAGGAAATTTTTTGTTTCCTGTAATGTTCAGAGTGTTGATGAGAAGACCC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TATACTCAGAGGCGACAA         GCTTATTTATAAAGCTGAATCCT
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 132441 TATACTCAGAGGCGACAAGTA...TAGGCTTATTTATAAAGCTGAATCCT

    750     .    :    .
    706 GCTAAAAGTCTGACA
        |||||||||||||||
 134554 GCTAAAAGTCTGACA