seq1 = pF1KE2179.tfa, 843 bp
seq2 = pF1KE2179/gi568815595r_172406495.tfa (gi568815595r:172406495_172623384), 216890 bp

>pF1KE2179 843
>gi568815595r:172406495_172623384 (Chr3)

(complement)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-270  (108387-108524)   100% ->
271-313  (111726-111768)   100% ->
314-418  (114064-114168)   100% ->
419-843  (116466-116890)   99%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCTATGATGGAGGTCCAGGGGGGACCCAGCCTGGGACAGACCTGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCTATGATGGAGGTCCAGGGGGGACCCAGCCTGGGACAGACCTGCGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GCTGATCGTGATCTTCACAGTGCTCCTGCAGTCTCTCTGTGTGGCTGTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GCTGATCGTGATCTTCACAGTGCTCCTGCAGTCTCTCTGTGTGGCTGTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CTTACGTGTACTTTACCAACGAGCTGAAGCAG         ATGCAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 CTTACGTGTACTTTACCAACGAGCTGAAGCAGGTC...CAGATGCAGGAC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGTACTCCAAAAGTGGCATTGCTTGTTTCTTAAAAGAAGATGACAGTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108396 AAGTACTCCAAAAGTGGCATTGCTTGTTTCTTAAAAGAAGATGACAGTTA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TTGGGACCCCAATGACGAAGAGAGTATGAACAGCCCCTGCTGGCAAGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108446 TTGGGACCCCAATGACGAAGAGAGTATGAACAGCCCCTGCTGGCAAGTCA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AGTGGCAACTCCGTCAGCTCGTTAGAAAG         ATGATTTTGAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 108496 AGTGGCAACTCCGTCAGCTCGTTAGAAAGGTA...CAGATGATTTTGAGA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 ACCTCTGAGGAAACCATTTCTACAGTTCAAG         AAAAGCAACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 111738 ACCTCTGAGGAAACCATTTCTACAGTTCAAGGTA...TAGAAAAGCAACA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 AAATATTTCTCCCCTAGTGAGAGAAAGAGGTCCTCAGAGAGTAGCAGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114074 AAATATTTCTCCCCTAGTGAGAGAAAGAGGTCCTCAGAGAGTAGCAGCTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACATAACTGGGACCAGAGGAAGAAGCAACACATTGTCTTCTCCAA     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 114124 ACATAACTGGGACCAGAGGAAGAAGCAACACATTGTCTTCTCCAAGTA..

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    419     ACTCCAAGAATGAAAAGGCTCTGGGCCGCAAAATAAACTCCTGGGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114174 .CAGACTCCAAGAATGAAAAGGCTCTGGGCCGCAAAATAAACTCCTGGGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 ATCATCAAGGAGTGGGCATTCATTCCTGAGCAACTTGCACTTGAGGAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116512 ATCATCAAGGAGTGGGCATTCATTCCTGAGCAACTTGCACTTGAGGAATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 GTGAACTGGTCATCCATGAAAAAGGGTTTTACTACATCTATTCCCAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116562 GTGAACTGGTCATCCATGAAAAAGGGTTTTACTACATCTATTCCCAAACA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 TACTTTCGATTTCAGGAGGAAATAAAAGAAAACACAAAGAACGACAAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116612 TACTTTCGATTTCAGGAGGAAATAAAAGAAAACACAAAGAACGACAAACA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AATGGTCCAATATATTTACAAATACACAAGTTATCCTGACCCTATATTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116662 AATGGTCCAATATATTTACAAATACACAAGTTATCCTGACCCTATATTGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGATGAAAAGTGCTAGAAATAGTTGTTGGTCTAAAGATGCAGAATATGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116712 TGATGAAAAGTGCTAGAAATAGTTGTTGGTCTAAAGATGCAGAATATGGA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 CTCTATTCCATCTATCAAGGGGGAATATTTGAGCTTAAGGAAAATGACAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116762 CTCTATTCCATCTATCAAGGGGGAATATTTGAGCTTAAGGAAAATGACAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 AATTTTTGTTTCTGTAACAAATGAGCACTTGATAGACATGGACCATGAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116812 AATTTTTGTTTCTGTAACAAATGAGCACTTGATAGACATGGACCATGAAG

    850     .    :    .    :    .
    815 CCAGTTTTTTCGGGGCCTTTTTAGTTGGC
        |||||||||| ||||||||||||||||||
 116862 CCAGTTTTTTTGGGGCCTTTTTAGTTGGC