seq1 = pF1KE2163.tfa, 2646 bp
seq2 = pF1KE2163/gi568815593f_150421255.tfa (gi568815593f:150421255_150653329), 232075 bp

>pF1KE2163 2646
>gi568815593f:150421255_150653329 (Chr5)

1-513  (100001-100513)   100% ->
514-1008  (106550-107044)   100% ->
1009-1096  (111691-111778)   100% ->
1097-1251  (113613-113767)   100% ->
1252-1437  (114446-114631)   100% ->
1438-1566  (117974-118102)   100% ->
1567-1749  (118828-119010)   99% ->
1750-1846  (120316-120412)   100% ->
1847-1970  (121594-121717)   100% ->
1971-2145  (124058-124232)   100% ->
2146-2316  (126964-127134)   100% ->
2317-2426  (128424-128533)   100% ->
2427-2529  (130499-130601)   100% ->
2530-2646  (131959-132075)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGCCTGCCCTGGCATGCCTCCGGAGGCTGTGTCGGCACGTGTCCCCGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGCCTGCCCTGGCATGCCTCCGGAGGCTGTGTCGGCACGTGTCCCCGCA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCTGTCCTTTTCCTGCTGTTCATCTTCTGCCTGTTCAGCGTTTTCATCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCTGTCCTTTTCCTGCTGTTCATCTTCTGCCTGTTCAGCGTTTTCATCT

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGGCCTACTACCTATATGGCTGGAAGCGAGGCCTGGAGCCCTCGGCGGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 CGGCCTACTACCTATATGGCTGGAAGCGAGGCCTGGAGCCCTCGGCGGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GCCCCCGAGCCTGACTGCGGGGACCCGCCGCCTGTGGCCCCCAGTCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 GCCCCCGAGCCTGACTGCGGGGACCCGCCGCCTGTGGCCCCCAGTCGCCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GCTGCCACTCAAGCCTGTGCAGGCAGCCACCCCTTCCCGCACAGACCCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GCTGCCACTCAAGCCTGTGCAGGCAGCCACCCCTTCCCGCACAGACCCGT

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    251 TGGTGCTGGTCTTTGTGGAGAGCCTCTACTCGCAACTGGGCCAGGAGGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100251 TGGTGCTGGTCTTTGTGGAGAGCCTCTACTCGCAACTGGGCCAGGAGGTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    301 GTGGCCATCCTGGAGTCCAGCCGCTTCAAATACCGCACAGAGATTGCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100301 GTGGCCATCCTGGAGTCCAGCCGCTTCAAATACCGCACAGAGATTGCGCC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    351 GGGCAAGGGTGACATGCCCACGCTCACTGACAAGGGCCGTGGCCGCTTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100351 GGGCAAGGGTGACATGCCCACGCTCACTGACAAGGGCCGTGGCCGCTTCG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    401 CCCTCATCATCTATGAGAACATCCTCAAGTATGTCAACCTGGACGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100401 CCCTCATCATCTATGAGAACATCCTCAAGTATGTCAACCTGGACGCCTGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    451 AACCGGGAGCTGCTGGACAAGTACTGTGTGGCCTACGGCGTGGGCATCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100451 AACCGGGAGCTGCTGGACAAGTACTGTGTGGCCTACGGCGTGGGCATCAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    501 TGGCTTCTTCAAG         GCCAATGAGAACAGCCTGCTGAGTGCGC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 100501 TGGCTTCTTCAAGGTA...CAGGCCAATGAGAACAGCCTGCTGAGTGCGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    542 AGCTCAAGGGCTTCCCCCTGTTCCTGCACTCAAACCTGGGCCTGAAGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106578 AGCTCAAGGGCTTCCCCCTGTTCCTGCACTCAAACCTGGGCCTGAAGGAC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    592 TGCAGCATCAACCCCAAGTCCCCGCTGCTCTACGTGACGCGACCTAGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106628 TGCAGCATCAACCCCAAGTCCCCGCTGCTCTACGTGACGCGACCTAGCGA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    642 GGTGGAGAAAGGTGTGCTCCCCGGCGAGGACTGGACGGTTTTCCAGTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106678 GGTGGAGAAAGGTGTGCTCCCCGGCGAGGACTGGACGGTTTTCCAGTCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    692 ATCACTCCACCTATGAGCCAGTGCTGCTGGCCAAGACGCGCTCGTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106728 ATCACTCCACCTATGAGCCAGTGCTGCTGGCCAAGACGCGCTCGTCTGAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    742 TCCATCCCACACCTGGGCGCAGACGCCGGCCTGCATGCTGCACTGCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106778 TCCATCCCACACCTGGGCGCAGACGCCGGCCTGCATGCTGCACTGCACGC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    792 CACTGTGGTCCAGGACCTGGGCCTGCACGACGGCATCCAGCGCGTGCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106828 CACTGTGGTCCAGGACCTGGGCCTGCACGACGGCATCCAGCGCGTGCTGT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    842 TTGGCAACAACCTGAACTTCTGGCTGCACAAGCTTGTCTTCGTGGATGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106878 TTGGCAACAACCTGAACTTCTGGCTGCACAAGCTTGTCTTCGTGGATGCC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    892 GTGGCCTTCCTCACGGGGAAGCGCCTCTCCCTGCCATTGGACCGCTACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106928 GTGGCCTTCCTCACGGGGAAGCGCCTCTCCCTGCCATTGGACCGCTACAT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    942 CCTGGTGGACATTGATGACATCTTCGTGGGCAAGGAGGGCACACGCATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106978 CCTGGTGGACATTGATGACATCTTCGTGGGCAAGGAGGGCACACGCATGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    992 AGGTGGAGGACGTGAAG         GCCCTGTTTGACACACAGAACGAA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 107028 AGGTGGAGGACGTGAAGGTA...TAGGCCCTGTTTGACACACAGAACGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1033 CTACGCGCACACATCCCAAACTTCACCTTCAACCTGGGCTACTCAGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111715 CTACGCGCACACATCCCAAACTTCACCTTCAACCTGGGCTACTCAGGGAA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1083 ATTCTTCCACACAG         GTACCAATGCTGAGGACGCTGGGGATG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 111765 ATTCTTCCACACAGGTA...CAGGTACCAATGCTGAGGACGCTGGGGATG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 ATCTGCTGCTGTCGTATGTGAAGGAGTTCTGGTGGTTCCCCCACATGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113640 ATCTGCTGCTGTCGTATGTGAAGGAGTTCTGGTGGTTCCCCCACATGTGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 AGCCACATGCAGCCCCACCTTTTCCACAACCAGTCCGTGTTGGCCGAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113690 AGCCACATGCAGCCCCACCTTTTCCACAACCAGTCCGTGTTGGCCGAGCA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GATGGCCTTGAACAAGAAGTTCGCTGTC         GAGCATGGCATTC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 113740 GATGGCCTTGAACAAGAAGTTCGCTGTCGTG...TAGGAGCATGGCATTC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1265 CCACAGACATGGGGTATGCAGTGGCGCCCCACCACTCGGGCGTGTACCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114459 CCACAGACATGGGGTATGCAGTGGCGCCCCACCACTCGGGCGTGTACCCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1315 GTGCACGTGCAGCTGTACGAGGCTTGGAAGCAGGTGTGGAGCATCCGCGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114509 GTGCACGTGCAGCTGTACGAGGCTTGGAAGCAGGTGTGGAGCATCCGCGT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1365 GACCAGCACGGAGGAGTACCCCCACCTGAAGCCAGCCCGCTACCGCCGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114559 GACCAGCACGGAGGAGTACCCCCACCTGAAGCCAGCCCGCTACCGCCGTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 GCTTCATCCACAATGGCATCATG         GTTCTCCCACGGCAGACC
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 114609 GCTTCATCCACAATGGCATCATGGTG...CAGGTTCTCCCACGGCAGACC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1456 TGCGGCCTCTTCACACACACCATCTTCTACAACGAGTACCCTGGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117992 TGCGGCCTCTTCACACACACCATCTTCTACAACGAGTACCCTGGCGGCTC

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1506 CAGTGAGCTGGACAAGATCATCAACGGGGGCGAGCTCTTCCTCACCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118042 CAGTGAGCTGGACAAGATCATCAACGGGGGCGAGCTCTTCCTCACCGTGC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1556 TCCTCAATCCT         ATCAGCATCTTCATGACGCACCTGTCCAAC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 118092 TCCTCAATCCTGTG...CAGATCAGCATCTTCATGACGCACCTGTCCAAC

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1597 TATGGGAATGACCGCCTGGGCCTGTACACCTTCAAGCACCTGGTGCGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118858 TATGGGAATGACCGCCTGGGCCTGTACACCTTCAAGCACCTGGTGCGCTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1647 CCTGCACTCCTGGACCAACCTCCGGCTGCAGACACTGCCCCCTGTGCAGT
        ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118908 CCTGCACTCCTGGACGAACCTCCGGCTGCAGACACTGCCCCCTGTGCAGT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1697 TGGCGCAGAAGTACTTCCAGATCTTCTCCGAGGAGAAGGACCCGCTCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118958 TGGCGCAGAAGTACTTCCAGATCTTCTCCGAGGAGAAGGACCCGCTCTGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CAG         GACCCCTGCGAGGACAAACGTCACAAAGACATCTGGTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119008 CAGGTG...TAGGACCCCTGCGAGGACAAACGTCACAAAGACATCTGGTC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1788 CAAGGAGAAGACGTGTGACCGCTTCCCAAAGCTCCTCATCATCGGCCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120354 CAAGGAGAAGACGTGTGACCGCTTCCCAAAGCTCCTCATCATCGGCCCCC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838 AGAAAACAG         GCACCACTGCCCTCTACCTGTTCCTGGGCATG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 120404 AGAAAACAGGCA...CAGGCACCACTGCCCTCTACCTGTTCCTGGGCATG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1879 CACCCTGACCTAAGCAGCAACTACCCCAGCTCTGAGACCTTTGAGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121626 CACCCTGACCTAAGCAGCAACTACCCCAGCTCTGAGACCTTTGAGGAGAT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 CCAGTTTTTTAATGGCCACAACTATCACAAAGGCATCGACTG        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 121676 CCAGTTTTTTAATGGCCACAACTATCACAAAGGCATCGACTGGTG...CA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1971  GTACATGGAGTTCTTCCCCATCCCTTCCAACACCACCTCCGACTTCTAC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124057 GGTACATGGAGTTCTTCCCCATCCCTTCCAACACCACCTCCGACTTCTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 TTTGAGAAAAGCGCCAACTACTTTGATTCAGAAGTGGCGCCCCGGCGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124107 TTTGAGAAAAGCGCCAACTACTTTGATTCAGAAGTGGCGCCCCGGCGGGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 AGCAGCCCTCTTGCCCAAAGCCAAGGTCCTGACCATCCTCATCAACCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124157 AGCAGCCCTCTTGCCCAAAGCCAAGGTCCTGACCATCCTCATCAACCCCG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2120 CGGACCGGGCCTATTCCTGGTACCAG         CACCAGCGAGCCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 124207 CGGACCGGGCCTATTCCTGGTACCAGGTG...CAGCACCAGCGAGCCCAT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 GACGACCCAGTGGCCCTAAAGTACACCTTCCATGAGGTGATTACCGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126979 GACGACCCAGTGGCCCTAAAGTACACCTTCCATGAGGTGATTACCGCCGG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 CTCTGACGCATCCTCGAAGCTGCGTGCCCTCCAGAACCGCTGCCTGGTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127029 CTCTGACGCATCCTCGAAGCTGCGTGCCCTCCAGAACCGCTGCCTGGTCC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2261 CTGGCTGGTACGCCACCCACATCGAGCGCTGGCTCAGTGCCTATCACGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127079 CTGGCTGGTACGCCACCCACATCGAGCGCTGGCTCAGTGCCTATCACGCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2311 AACCAG         ATTCTGGTCTTGGATGGCAAACTGCTTCGCACAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127129 AACCAGGTA...CAGATTCTGGTCTTGGATGGCAAACTGCTTCGCACAGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 ACCTGCCAAAGTGATGGACATGGTGCAGAAGTTCCTTGGGGTGACCAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128459 ACCTGCCAAAGTGATGGACATGGTGCAGAAGTTCCTTGGGGTGACCAACA

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2402 CCATTGACTACCACAAAACCTTGGC         GTTTGATCCAAAGAAA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 128509 CCATTGACTACCACAAAACCTTGGCGTG...CAGGTTTGATCCAAAGAAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 GGATTTTGGTGCCAACTGCTTGAAGGAGGAAAAACCAAGTGTCTGGGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130515 GGATTTTGGTGCCAACTGCTTGAAGGAGGAAAAACCAAGTGTCTGGGCAA

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 AAGCAAGGGCCGGAAATATCCCGAGATGGACTTGGAT         TCCC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 130565 AAGCAAGGGCCGGAAATATCCCGAGATGGACTTGGATGTA...CAGTCCC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2534 GAGCCTTCCTGAAGGACTATTACCGGGACCACAACATCGAGCTCTCCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131963 GAGCCTTCCTGAAGGACTATTACCGGGACCACAACATCGAGCTCTCCAAG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 CTGCTGTATAAGATGGGCCAGACACTTCCCACTTGGCTACGAGAGGACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132013 CTGCTGTATAAGATGGGCCAGACACTTCCCACTTGGCTACGAGAGGACCT

   2750     .    :
   2634 CCAGAACACCAGG
        |||||||||||||
 132063 CCAGAACACCAGG