seq1 = pF1KE2158.tfa, 621 bp
seq2 = pF1KE2158/gi568815597f_206797833.tfa (gi568815597f:206797833_207003056), 205224 bp

>pF1KE2158 621
>gi568815597f:206797833_207003056 (Chr1)

1-44  (100001-100044)   100% ->
45-243  (101485-101683)   100% ->
244-306  (102463-102525)   100% ->
307-465  (103662-103820)   100% ->
466-540  (104166-104240)   100% ->
541-621  (105144-105224)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAATTTTCAACAGAGGCTGCAAAGCCTGTGGACTTTAGCCAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 100001 ATGAATTTTCAACAGAGGCTGCAAAGCCTGTGGACTTTAGCCAGGTG...

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     45    CAGACCCTTCTGCCCTCCTTTGCTGGCGACAGCCTCTCAAATGCAGA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101482 CAGCAGACCCTTCTGCCCTCCTTTGCTGGCGACAGCCTCTCAAATGCAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 TGGTTGTGCTCCCTTGCCTGGGTTTTACCCTGCTTCTCTGGAGCCAGGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101532 TGGTTGTGCTCCCTTGCCTGGGTTTTACCCTGCTTCTCTGGAGCCAGGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TCAGGGGCCCAGGGCCAAGAATTCCACTTTGGGCCCTGCCAAGTGAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101582 TCAGGGGCCCAGGGCCAAGAATTCCACTTTGGGCCCTGCCAAGTGAAGGG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GGTTGTTCCCCAGAAACTGTGGGAAGCCTTCTGGGCTGTGAAAGACACTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101632 GGTTGTTCCCCAGAAACTGTGGGAAGCCTTCTGGGCTGTGAAAGACACTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 TG         CAAGCTCAGGATAACATCACGAGTGCCCGGCTGCTGCAG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101682 TGGTG...AAGCAAGCTCAGGATAACATCACGAGTGCCCGGCTGCTGCAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CAGGAGGTTCTGCAGAACGTCTCG         GATGCTGAGAGCTGTTA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 102502 CAGGAGGTTCTGCAGAACGTCTCGGTA...CAGGATGCTGAGAGCTGTTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 CCTTGTCCACACCCTGCTGGAGTTCTACTTGAAAACTGTTTTCAAAAACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103679 CCTTGTCCACACCCTGCTGGAGTTCTACTTGAAAACTGTTTTCAAAAACT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACCACAATAGAACAGTTGAAGTCAGGACTCTGAAGTCATTCTCTACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103729 ACCACAATAGAACAGTTGAAGTCAGGACTCTGAAGTCATTCTCTACTCTG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCCAACAACTTTGTTCTCATCGTGTCACAACTGCAACCCAGT        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 103779 GCCAACAACTTTGTTCTCATCGTGTCACAACTGCAACCCAGTGTG...TA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    466  CAAGAAAATGAGATGTTTTCCATCAGAGACAGTGCACACAGGCGGTTTC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104165 GCAAGAAAATGAGATGTTTTCCATCAGAGACAGTGCACACAGGCGGTTTC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TGCTATTCCGGAGAGCATTCAAACAG         TTGGACGTAGAAGCA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 104215 TGCTATTCCGGAGAGCATTCAAACAGGTA...TAGTTGGACGTAGAAGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCTCTGACCAAAGCCCTTGGGGAAGTGGACATTCTTCTGACCTGGATGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105159 GCTCTGACCAAAGCCCTTGGGGAAGTGGACATTCTTCTGACCTGGATGCA

    650     .    :    .
    606 GAAATTCTACAAGCTC
        ||||||||||||||||
 105209 GAAATTCTACAAGCTC