seq1 = pF1KE2157.tfa, 990 bp
seq2 = pF1KE2157/gi568815597f_196719845.tfa (gi568815597f:196719845_196931996), 212152 bp

>pF1KE2157 990
>gi568815597f:196719845_196931996 (Chr1)

1-58  (100001-100058)   100% ->
59-253  (105633-105827)   100% ->
254-430  (106985-107161)   100% ->
431-607  (108226-108402)   100% ->
608-790  (110656-110838)   100% ->
791-990  (111953-112152)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTGGCTCCTGGTCAGTGTAATTCTAATCTCACGGATATCCTCTGTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTGGCTCCTGGTCAGTGTAATTCTAATCTCACGGATATCCTCTGTTGG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGGAGAAG         CAACATTTTGTGATTTTCCAAAAATAAACCATG
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGGAGAAGGTA...CAGCAACATTTTGTGATTTTCCAAAAATAAACCATG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 GAATTCTATATGATGAAGAAAAATATAAGCCATTTTCCCAGGTTCCTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105666 GAATTCTATATGATGAAGAAAAATATAAGCCATTTTCCCAGGTTCCTACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GGGGAAGTTTTCTATTACTCCTGTGAATATAATTTTGTGTCTCCTTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105716 GGGGAAGTTTTCTATTACTCCTGTGAATATAATTTTGTGTCTCCTTCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 ATCATTTTGGACTCGCATAACATGCACAGAAGAAGGATGGTCACCAACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105766 ATCATTTTGGACTCGCATAACATGCACAGAAGAAGGATGGTCACCAACAC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CAAAGTGTCTCA         GACTGTGTTTCTTTCCTTTTGTGGAAAAT
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 105816 CAAAGTGTCTCAGTG...TAGGACTGTGTTTCTTTCCTTTTGTGGAAAAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGTCATTCTGAATCTTCAGGACAAACACATCTGGAAGGTGATACTGTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107014 GGTCATTCTGAATCTTCAGGACAAACACATCTGGAAGGTGATACTGTGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 AATTATTTGCAACACAGGATACAGACTTCAAAACAATGAGAACAACATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107064 AATTATTTGCAACACAGGATACAGACTTCAAAACAATGAGAACAACATTT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 CATGTGTAGAACGGGGCTGGTCCACCCCTCCCAAATGCAGGTCCACTG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 107114 CATGTGTAGAACGGGGCTGGTCCACCCCTCCCAAATGCAGGTCCACTGGT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    431        ACACTTCCTGTGTGAATCCGCCCACAGTACAAAATGCTCATAT
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107164 A...CAGACACTTCCTGTGTGAATCCGCCCACAGTACAAAATGCTCATAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 ACTGTCGAGACAGATGAGTAAATATCCATCTGGTGAGAGAGTACGTTATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108269 ACTGTCGAGACAGATGAGTAAATATCCATCTGGTGAGAGAGTACGTTATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AATGTAGGAGCCCTTATGAAATGTTTGGGGATGAAGAAGTGATGTGTTTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108319 AATGTAGGAGCCCTTATGAAATGTTTGGGGATGAAGAAGTGATGTGTTTA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AATGGAAACTGGACAGAACCACCTCAATGCAAAG         ATTCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 108369 AATGGAAACTGGACAGAACCACCTCAATGCAAAGGTA...TAGATTCTAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGGAAAATGTGGGCCCCCTCCACCTATTGACAATGGGGACATTACTTCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110663 GGGAAAATGTGGGCCCCCTCCACCTATTGACAATGGGGACATTACTTCAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TCCCGTTGTCAGTATATGCTCCAGCTTCATCAGTTGAGTACCAATGCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110713 TCCCGTTGTCAGTATATGCTCCAGCTTCATCAGTTGAGTACCAATGCCAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 AACTTGTATCAACTTGAGGGTAACAAGCGAATAACATGTAGAAATGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110763 AACTTGTATCAACTTGAGGGTAACAAGCGAATAACATGTAGAAATGGACA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 ATGGTCAGAACCACCAAAATGCTTAC         ATCCGTGTGTAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 110813 ATGGTCAGAACCACCAAAATGCTTACGTA...CAGATCCGTGTGTAATAT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 CCCGAGAAATTATGGAAAATTATAACATAGCATTAAGGTGGACAGCCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111968 CCCGAGAAATTATGGAAAATTATAACATAGCATTAAGGTGGACAGCCAAA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 CAGAAGCTTTATTTGAGAACAGGTGAATCAGCTGAATTTGTGTGTAAACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112018 CAGAAGCTTTATTTGAGAACAGGTGAATCAGCTGAATTTGTGTGTAAACG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GGGATATCGTCTTTCATCACGTTCTCACACATTGCGAACAACATGTTGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112068 GGGATATCGTCTTTCATCACGTTCTCACACATTGCGAACAACATGTTGGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .
    956 ATGGGAAACTGGAGTATCCAACTTGTGCAAAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112118 ATGGGAAACTGGAGTATCCAACTTGTGCAAAAAGA