seq1 = pF1KE2156.tfa, 1257 bp
seq2 = pF1KE2156/gi568815596f_171825536.tfa (gi568815596f:171825536_172083349), 257814 bp

>pF1KE2156 1257
>gi568815596f:171825536_172083349 (Chr2)

7-112  (100001-100106)   100% ->
113-188  (121173-121248)   100% ->
189-309  (127346-127466)   100% ->
310-489  (139803-139982)   100% ->
490-611  (140252-140373)   100% ->
612-716  (140874-140978)   100% ->
717-823  (141308-141414)   100% ->
824-975  (150622-150773)   99% ->
976-1092  (153712-153828)   100% ->
1093-1257  (157650-157814)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      7 GGATTTGGTGCTATGGAGAAATTTTTGGTAGAATATAAGAGTGCAGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 GGATTTGGTGCTATGGAGAAATTTTTGGTAGAATATAAGAGTGCAGTGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     57 GAAGAAACTGGCAGAGTACAAATGTAACACCAACACAGCAATTGAACTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GAAGAAACTGGCAGAGTACAAATGTAACACCAACACAGCAATTGAACTAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    107 AATTAG         TTCGTTTTCCTGAAGATCTTGAAAATGACATTAGA
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AATTAGGTA...CAGTTCGTTTTCCTGAAGATCTTGAAAATGACATTAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    148 ACTTTCTTTCCTGAGTATACCCATCAACTCTTTGGGGATGA         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 121208 ACTTTCTTTCCTGAGTATACCCATCAACTCTTTGGGGATGAGTA...CAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    189 TGAAACTGCTTTTGGTTACAAGGGTCTAAAGATCCTGTTATACTATATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127346 TGAAACTGCTTTTGGTTACAAGGGTCTAAAGATCCTGTTATACTATATTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    239 CTGGTAGCCTGTCAACAATGTTCCGTGTTGAATATGCATCTAAAGTTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127396 CTGGTAGCCTGTCAACAATGTTCCGTGTTGAATATGCATCTAAAGTTGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    289 GAGAACTTTGACTGTGTAGAG         GCAGATGATGTTGAGGGCAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 127446 GAGAACTTTGACTGTGTAGAGGTA...TAGGCAGATGATGTTGAGGGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    330 AATTAGACAAATCATTCCACCTGGATTTTGCACAAACACGAATGATTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139823 AATTAGACAAATCATTCCACCTGGATTTTGCACAAACACGAATGATTTCC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    380 TTTCTTTACTGGAAAAGGAAGTTGATTTCAAGCCATTCGGAACCTTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139873 TTTCTTTACTGGAAAAGGAAGTTGATTTCAAGCCATTCGGAACCTTACTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    430 CATACCTACTCAGTTCTCAGTCCAACAGGAGGAGAAAACTTTACCTTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139923 CATACCTACTCAGTTCTCAGTCCAACAGGAGGAGAAAACTTTACCTTTCA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    480 GATATATAAG         GCTGACATGACATGTAGAGGCTTTCGAGAAT
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 139973 GATATATAAGGTA...TAGGCTGACATGACATGTAGAGGCTTTCGAGAAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    521 ATCATGAAAGGCTTCAGACCTTTTTGATGTGGTTTATTGAAACTGCTAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140283 ATCATGAAAGGCTTCAGACCTTTTTGATGTGGTTTATTGAAACTGCTAGC

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    571 TTTATTGACGTGGATGATGAAAGATGGCACTACTTTCTAGT         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 140333 TTTATTGACGTGGATGATGAAAGATGGCACTACTTTCTAGTGTA...CAG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    612 ATTTGAGAAGTATAATAAGGATGGAGCTACGCTCTTTGCGACCGTAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140874 ATTTGAGAAGTATAATAAGGATGGAGCTACGCTCTTTGCGACCGTAGGCT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    662 ACATGACAGTCTATAATTACTATGTGTACCCAGACAAAACCCGGCCACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140924 ACATGACAGTCTATAATTACTATGTGTACCCAGACAAAACCCGGCCACGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    712 GTAAG         TCAGATGCTGATTTTGACTCCATTTCAAGGTCAAGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 140974 GTAAGGTA...TAGTCAGATGCTGATTTTGACTCCATTTCAAGGTCAAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    753 CCATGGTGCTCAACTTCTTGAAACAGTTCATAGATACTACACTGAATTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141344 CCATGGTGCTCAACTTCTTGAAACAGTTCATAGATACTACACTGAATTTC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803 CTACAGTTCTTGATATTACAG         CGGAAGATCCATCCAAAAGC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 141394 CTACAGTTCTTGATATTACAGGTA...TAGCGGAAGATCCATCCAAAAGC

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    844 TATGTGAAATTACGAGACTTTGTGCTTGTGAAGCTTTGTCAAGATTTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150642 TATGTGAAATTACGAGACTTTGTGCTTGTGAAGCTTTGTCAAGATTTGCC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    894 CTGTTTTTCCCGGGAAAAATTAATGCAAGGATTCAATGAAGATATGGCGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
 150692 CTGTTTTTCCCGGGAAAAATTAATGCAAGGATTCAATGAAGATATGGTGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    944 TAGAGGCACAACAGAAGTTCAAAATAAATAAG         CAACACGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 150742 TAGAGGCACAACAGAAGTTCAAAATAAATAAGGTA...TAGCAACACGCT

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    985 AGAAGGGTTTATGAAATTCTTCGACTACTGGTAACTGACATGAGTGATGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153721 AGAAGGGTTTATGAAATTCTTCGACTACTGGTAACTGACATGAGTGATGC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1035 CGAACAATACAGAAGCTACAGACTGGATATTAAAAGAAGACTAATTAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 153771 CGAACAATACAGAAGCTACAGACTGGATATTAAAAGAAGACTAATTAGCC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1085 CATATAAG         AAAAAGCAGAGAGATCTTGCTAAGATGAGAAAA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 153821 CATATAAGGTA...TAGAAAAAGCAGAGAGATCTTGCTAAGATGAGAAAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1126 TGTCTCAGACCAGAAGAACTGACAAACCAGATGAACCAAATAGAAATAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157683 TGTCTCAGACCAGAAGAACTGACAAACCAGATGAACCAAATAGAAATAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1176 CATGCAACATGAACAGCTGGAAGAGAGTTTTCAGGAACTAGTGGAAGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157733 CATGCAACATGAACAGCTGGAAGAGAGTTTTCAGGAACTAGTGGAAGATT

   1300     .    :    .    :    .    :
   1226 ACCGGCGTGTTATTGAACGACTTGCTCAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||
 157783 ACCGGCGTGTTATTGAACGACTTGCTCAAGAG