seq1 = pF1KE2147.tfa, 372 bp
seq2 = pF1KE2147/gi568815593f_1701418.tfa (gi568815593f:1701418_1915913), 214496 bp

>pF1KE2147 372
>gi568815593f:1701418_1915913 (Chr5)

1-132  (100001-100132)   100% ->
133-186  (100904-100957)   100% ->
187-309  (112922-113044)   100% ->
310-372  (114434-114496)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCGGCGGCGATGACCTTCTGCCGGCTGCTGAACCGGTGTGGCGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCGGCGGCGATGACCTTCTGCCGGCTGCTGAACCGGTGTGGCGAGGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCGGAGCCTGCCCCTGGGCGCCAGGTGTTTCGGGGTGCGGGTCTCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGCGCGGAGCCTGCCCCTGGGCGCCAGGTGTTTCGGGGTGCGGGTCTCGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CGACCGGGGAGAAGGTCACGCACACTGGCCAG         GTTTATGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100101 CGACCGGGGAGAAGGTCACGCACACTGGCCAGGTA...CAGGTTTATGAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATAAAGACTACAGGAGAATTCGGTTTGTAGGTCGTCAGAAAGAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100913 GATAAAGACTACAGGAGAATTCGGTTTGTAGGTCGTCAGAAAGAGGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    187     GTGAATGAAAACTTTGCCATTGATTTGATAGCAGAGCAGCCCGTGA
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100963 .CAGGTGAATGAAAACTTTGCCATTGATTTGATAGCAGAGCAGCCCGTGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 GCGAGGTGGAGACTCGGGTGATAGCGTGCGATGGCGGCGGGGGAGCTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112968 GCGAGGTGGAGACTCGGGTGATAGCGTGCGATGGCGGCGGGGGAGCTCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GGCCACCCAAAAGTGTATATAAACTTG         GACAAAGAAACAAA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 113018 GGCCACCCAAAAGTGTATATAAACTTGGTG...CAGGACAAAGAAACAAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .
    324 AACCGGCACATGCGGTTACTGTGGGCTCCAGTTCAGACAGCACCACCAC
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114448 AACCGGCACATGCGGTTACTGTGGGCTCCAGTTCAGACAGCACCACCAC