seq1 = pF1KE2142.tfa, 2886 bp
seq2 = pF1KE2142/gi568815576r_19871231.tfa (gi568815576r:19871231_20090794), 219564 bp

>pF1KE2142 2886
>gi568815576r:19871231_20090794 (Chr22)

(complement)

1-210  (100001-100210)   100% ->
211-369  (108704-108862)   100% ->
370-896  (109058-109584)   100% ->
897-1396  (110553-111052)   100% ->
1397-1580  (111715-111898)   100% ->
1581-1698  (112720-112837)   100% ->
1699-1870  (113209-113380)   100% ->
1871-1888  (114072-114089)   100% ->
1889-1960  (115038-115109)   100% ->
1961-2088  (116556-116683)   100% ->
2089-2239  (117002-117152)   100% ->
2240-2438  (117478-117676)   100% ->
2439-2550  (117759-117870)   100% ->
2551-2641  (117968-118058)   100% ->
2642-2695  (118384-118437)   100% ->
2696-2781  (118824-118909)   100% ->
2782-2886  (119460-119564)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGAGGACTGCAATGTGCACTCGGCCGCCAGCATCCTGGCCTCGGTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGAGGACTGCAATGTGCACTCGGCCGCCAGCATCCTGGCCTCGGTGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGAGCAGGAGGCCCGCTTCGAGAGGCTGACACGGGCACTGGAGCAGGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 GGAGCAGGAGGCCCGCTTCGAGAGGCTGACACGGGCACTGGAGCAGGAGC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GGCGCCATGTTGCCCTACAGCTGGAGCGTGCCCAGCAGCCTGGCATGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GGCGCCATGTTGCCCTACAGCTGGAGCGTGCCCAGCAGCCTGGCATGGTC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AGTGGTGGCATGGGCAGTGGGCAGCCCCTGCCAATGGCCTGGCAACAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100151 AGTGGTGGCATGGGCAGTGGGCAGCCCCTGCCAATGGCCTGGCAACAGCT

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    201 GGTCCTCCAG         GAGCAGAGCCCAGGCAGCCAGGCCTCACTGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 GGTCCTCCAGGTA...CAGGAGCAGAGCCCAGGCAGCCAGGCCTCACTGG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CCACGATGCCGGAGGCACCTGATGTGCTGGAGGAGACCGTGACGGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108735 CCACGATGCCGGAGGCACCTGATGTGCTGGAGGAGACCGTGACGGTGGAG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 GAGGACCCCGGCACACCCACTTCCCATGTGTCTATTGTCACATCCGAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108785 GAGGACCCCGGCACACCCACTTCCCATGTGTCTATTGTCACATCCGAAGA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TGGCACAACCCGGCGCACCGAGACCAAG         GTCACCAAGACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 108835 TGGCACAACCCGGCGCACCGAGACCAAGGTA...CAGGTCACCAAGACTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 TCAAGACGGTGACCACTCGGACAGTACGCCAGGTGCCCGTGGGCCCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109071 TCAAGACGGTGACCACTCGGACAGTACGCCAGGTGCCCGTGGGCCCAGAT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GGACTCCCCCTGCTGGATGGCGGCCCCCCACTAGGCCCTTTTGCAGATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109121 GGACTCCCCCTGCTGGATGGCGGCCCCCCACTAGGCCCTTTTGCAGATGG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 TGCCCTGGACCGGCATTTCCTGCTGCGTGGTGGTGGCCCAGTGGCCACAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109171 TGCCCTGGACCGGCATTTCCTGCTGCGTGGTGGTGGCCCAGTGGCCACAC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 TCTCTCGAGCCTACCTCAGCAGTGGGGGTGGCTTTCCCGAAGGCCCCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109221 TCTCTCGAGCCTACCTCAGCAGTGGGGGTGGCTTTCCCGAAGGCCCCGAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 CCCCGGGACAGCCCCAGCTATGGCAGCCTGTCCCGAGGGCTGGGCATGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109271 CCCCGGGACAGCCCCAGCTATGGCAGCCTGTCCCGAGGGCTGGGCATGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    633 GCCCCCACGTGCTGGCCCCCTTGGCCCAGGCCCTGGTGATGGCTGCTTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109321 GCCCCCACGTGCTGGCCCCCTTGGCCCAGGCCCTGGTGATGGCTGCTTCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    683 CACTGCCTGGCCACCGGGAAGCCTTCCCGGTGGGTCCTGAGCCTGGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109371 CACTGCCTGGCCACCGGGAAGCCTTCCCGGTGGGTCCTGAGCCTGGGCCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    733 CCAGGTGGCCGCTCCCTGCCCGAGCGCTTCCAGGCAGAGCCGTATGGCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109421 CCAGGTGGCCGCTCCCTGCCCGAGCGCTTCCAGGCAGAGCCGTATGGCTT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    783 GGAGGATGACACGCGCAGCCTGGCCGCTGATGACGAGGGTGGCCCTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109471 GGAGGATGACACGCGCAGCCTGGCCGCTGATGACGAGGGTGGCCCTGAGC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    833 TGGAGCCTGACTATGGCACGGCCACAAGGAGGAGGCCTGAGTGTGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109521 TGGAGCCTGACTATGGCACGGCCACAAGGAGGAGGCCTGAGTGTGGGCGG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    883 GGCCTTCATACCAG         GGCCTACGAGGACACAGCAGATGATGG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 109571 GGCCTTCATACCAGGTG...CAGGGCCTACGAGGACACAGCAGATGATGG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    924 CGGCGAGCTGGCGGACGAGCGGCCTGCGTTCCCAATGGTGACGGCGCCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110580 CGGCGAGCTGGCGGACGAGCGGCCTGCGTTCCCAATGGTGACGGCGCCCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    974 TGGCCCAGCCTGAACGGGGCAGCATGGGCAGCCTGGACCGGCTGGTGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110630 TGGCCCAGCCTGAACGGGGCAGCATGGGCAGCCTGGACCGGCTGGTGCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1024 CGCTCGCCCTCAGTGGATAGCGCCCGCAAGGAGCCGCGCTGGCGGGACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110680 CGCTCGCCCTCAGTGGATAGCGCCCGCAAGGAGCCGCGCTGGCGGGACCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1074 TGAGCTGCCTGAGGTGCTGGCCATGCTGCGGCACCCCGTGGACCCCGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110730 TGAGCTGCCTGAGGTGCTGGCCATGCTGCGGCACCCCGTGGACCCCGTGA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1124 AGGCCAATGCGGCCGCCTACCTGCAGCATCTGTGCTTTGAGAACGAGGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110780 AGGCCAATGCGGCCGCCTACCTGCAGCATCTGTGCTTTGAGAACGAGGGT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1174 GTCAAGCGGCGTGTACGGCAGTTGCGGGGGCTGCCGCTGCTTGTGGCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110830 GTCAAGCGGCGTGTACGGCAGTTGCGGGGGCTGCCGCTGCTTGTGGCACT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1224 GCTGGACCACCCGCGGGCTGAGGTGCGGCGCCGGGCCTGTGGGGCACTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110880 GCTGGACCACCCGCGGGCTGAGGTGCGGCGCCGGGCCTGTGGGGCACTGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1274 GCAACCTCTCCTATGGCCGCGACACTGACAACAAGGCCGCCATCCGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110930 GCAACCTCTCCTATGGCCGCGACACTGACAACAAGGCCGCCATCCGGGAC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1324 TGCGGTGGTGTGCCTGCCCTGGTGCGCCTGCTGAGGGCTGCCCGGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110980 TGCGGTGGTGTGCCTGCCCTGGTGCGCCTGCTGAGGGCTGCCCGGGACAA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1374 CGAGGTCCGTGAGCTTGTCACTG         GCACCCTGTGGAACCTGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 111030 CGAGGTCCGTGAGCTTGTCACTGGTG...CAGGCACCCTGTGGAACCTGT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1415 CATCCTATGAGCCCCTGAAGATGGTCATCATTGACCATGGCCTGCAGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111733 CATCCTATGAGCCCCTGAAGATGGTCATCATTGACCATGGCCTGCAGACG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1465 CTGACCCACGAGGTGATCGTGCCCCACTCAGGATGGGAGCGTGAGCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111783 CTGACCCACGAGGTGATCGTGCCCCACTCAGGATGGGAGCGTGAGCCCAA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1515 CGAGGACTCCAAGCCACGGGACGCCGAGTGGACAACTGTCTTCAAGAACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111833 CGAGGACTCCAAGCCACGGGACGCCGAGTGGACAACTGTCTTCAAGAACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1565 CGTCGGGCTGCCTGAG         GAATGTGAGCTCCGATGGTGCTGAG
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 111883 CGTCGGGCTGCCTGAGGTG...CAGGAATGTGAGCTCCGATGGTGCTGAG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1606 GCCCGGCGGCGACTCCGGGAGTGTGAAGGGCTGGTGGACGCGCTCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112745 GCCCGGCGGCGACTCCGGGAGTGTGAAGGGCTGGTGGACGCGCTCCTGCA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1656 TGCCCTGCAGTCGGCTGTGGGCCGGAAGGACACTGACAACAAG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 112795 TGCCCTGCAGTCGGCTGTGGGCCGGAAGGACACTGACAACAAGGTG...C

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1699   TCGGTGGAGAACTGCGTGTGCATCATGCGGAACCTGTCCTACCACGTG
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113207 AGTCGGTGGAGAACTGCGTGTGCATCATGCGGAACCTGTCCTACCACGTG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1747 CACAAGGAGGTGCCCGGGGCCGACAGGTACCAGGAGGCCGAGCCCGGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113257 CACAAGGAGGTGCCCGGGGCCGACAGGTACCAGGAGGCCGAGCCCGGGCC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1797 CCTGGGCAGTGCTGTAGGCTCCCAGCGCCGGAGGCGGGATGATGCCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113307 CCTGGGCAGTGCTGTAGGCTCCCAGCGCCGGAGGCGGGATGATGCCAGCT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1847 GCTTTGGAGGCAAGAAGGCCAAAG         AGGAGTGGTTCCACCAA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 113357 GCTTTGGAGGCAAGAAGGCCAAAGGTG...CAGAGGAGTGGTTCCACCAA

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1888 G         GAAAGAAGGATGGTGAGATGGACCGGAACTTTGACACGCT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114089 GGTG...CAGGAAAGAAGGATGGTGAGATGGACCGGAACTTTGACACGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1929 AGACCTGCCCAAGCGAACTGAGGCCGCCAAAG         GCTTTGAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115078 AGACCTGCCCAAGCGAACTGAGGCCGCCAAAGGTG...TAGGCTTTGAGC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1970 TGCTGTACCAGCCCGAGGTGGTACGTCTCTACCTCTCCCTCCTCACGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116565 TGCTGTACCAGCCCGAGGTGGTACGTCTCTACCTCTCCCTCCTCACGGAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2020 AGCCGGAACTTCAACACCCTGGAGGCTGCCGCCGGCGCTCTGCAGAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116615 AGCCGGAACTTCAACACCCTGGAGGCTGCCGCCGGCGCTCTGCAGAACCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2070 CAGTGCCGGCAACTGGATG         TGGGCCACGTACATCCGCGCCA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 116665 CAGTGCCGGCAACTGGATGGTG...CAGTGGGCCACGTACATCCGCGCCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2111 CAGTGCGCAAAGAGCGCGGGCTGCCGGTGCTTGTGGAACTGCTGCAGTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117024 CAGTGCGCAAAGAGCGCGGGCTGCCGGTGCTTGTGGAACTGCTGCAGTCT

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2161 GAGACCGACAAGGTGGTGCGCGCCGTCGCCATCGCTCTGCGCAACCTCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117074 GAGACCGACAAGGTGGTGCGCGCCGTCGCCATCGCTCTGCGCAACCTCTC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2211 GCTGGACCGGCGCAACAAAGACCTCATCG         GGAGCTACGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 117124 GCTGGACCGGCGCAACAAAGACCTCATCGGTG...CAGGGAGCTACGCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2252 TGGCTGAGCTTGTGCGGAATGTGCGCAATGCACAGGCTCCGCCGCGACCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117490 TGGCTGAGCTTGTGCGGAATGTGCGCAATGCACAGGCTCCGCCGCGACCG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2302 GGGGCCTGCCTGGAGGAAGACACCGTGGTGGCGGTGCTCAACACCATCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117540 GGGGCCTGCCTGGAGGAAGACACCGTGGTGGCGGTGCTCAACACCATCCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2352 CGAAATCGTGTCCGACAGCCTGGATAACGCGCGCTCGCTCCTGCAGGCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117590 CGAAATCGTGTCCGACAGCCTGGATAACGCGCGCTCGCTCCTGCAGGCAC

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2402 GCGGGGTGCCAGCGTTGGTGGCTCTCGTGGCCTCCAG         CCAA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 117640 GCGGGGTGCCAGCGTTGGTGGCTCTCGTGGCCTCCAGGTG...CAGCCAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2443 TCGGTACGCGAAGCGAAGGCGGCGTCACACGTGCTGCAGACAGTGTGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117763 TCGGTACGCGAAGCGAAGGCGGCGTCACACGTGCTGCAGACAGTGTGGAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2493 CTACAAGGAGCTGCGTGGTACCTTGCAGAAAGATGGTTGGACCAAGGCGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117813 CTACAAGGAGCTGCGTGGTACCTTGCAGAAAGATGGTTGGACCAAGGCGC

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2543 GCTTCCAG         TCAGCTGCTGCTACTGCCAAGGGGCCTAAGGGA
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 117863 GCTTCCAGGTG...CAGTCAGCTGCTGCTACTGCCAAGGGGCCTAAGGGA

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2584 GCACTGAGTCCTGGGGGCTTCGATGACAGCACGCTGCCACTGGTGGACAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118001 GCACTGAGTCCTGGGGGCTTCGATGACAGCACGCTGCCACTGGTGGACAA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2634 GAGCCTTG         AGGGCGAGAAAACTGGCAGCCGGGATGTGATCC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 118051 GAGCCTTGGTG...CAGAGGGCGAGAAAACTGGCAGCCGGGATGTGATCC

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2675 CCATGGATGCGCTGGGCCCAG         ACGGATACTCCACGGTGGAC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 118417 CCATGGATGCGCTGGGCCCAGGTG...CAGACGGATACTCCACGGTGGAC

   2850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2716 CGGAGGGAGCGGAGGCCACGGGGCGCCAGCTCTGCAGGAGAGGCCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118844 CGGAGGGAGCGGAGGCCACGGGGCGCCAGCTCTGCAGGAGAGGCCTCTGA

   2900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2766 GAAGGAACCCTTGAAA         CTCGACCCCAGCAGGAAGGCCCCTC
        ||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||
 118894 GAAGGAACCCTTGAAAGTA...CAGCTCGACCCCAGCAGGAAGGCCCCTC

   2950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2807 CCCCCGGGCCCAGCAGGCCCGCGGTCAGGCTGGTGGACGCCGTAGGGGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119485 CCCCCGGGCCCAGCAGGCCCGCGGTCAGGCTGGTGGACGCCGTAGGGGAC

   3000     .    :    .    :    .    :
   2857 GCTAAGCCTCAGCCCGTTGATTCCTGGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||
 119535 GCTAAGCCTCAGCCCGTTGATTCCTGGGTC