seq1 = pF1KE2122.tfa, 2715 bp
seq2 = pF1KE2122/gi568815596f_79551557.tfa (gi568815596f:79551557_80747869), 1196313 bp

>pF1KE2122 2715
>gi568815596f:79551557_80747869 (Chr2)

95-298  (192825-193026)   98% ->
299-465  (306457-306623)   100% ->
466-585  (318260-318379)   100% ->
586-852  (322520-322786)   100% ->
853-1056  (358038-358241)   100% ==
1136-1290  (867891-868045)   100% ->
1291-1383  (993426-993518)   100% ->
1384-1540  (994351-994507)   100% ->
1541-1741  (1004137-1004337)   100% ->
1742-1893  (1022607-1022758)   100% ->
1894-2007  (1030150-1030263)   100% ->
2008-2189  (1037748-1037929)   100% ->
2190-2295  (1052518-1052623)   100% ->
2296-2430  (1056628-1056762)   100% ->
2431-2715  (1096029-1096313)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     95 TTACACAGGTGACTACACTTGTCAACACAAGCAACAAAGGCCCATCTGGT
        || -|-||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192825 TTT A AGGTGACTACACTTGTCAACACAAGCAACAAAGGCCCATCTGGT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    145 AAAAAGAAAGGGAGGTCAAAGAAAGCCCATGTACTAGCTGCCTCTGTAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192873 AAAAAGAAAGGGAGGTCAAAGAAAGCCCATGTACTAGCTGCCTCTGTAGA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    195 GCAAGCCACTCAGAATTTCCTGGAAAAGGGTGAACAGATCGCTAAGGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192923 GCAAGCCACTCAGAATTTCCTGGAAAAGGGTGAACAGATCGCTAAGGAGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    245 GTCAAGATCTCAAAGAAGAGTTGGTGGCTGCTGTAGAGGATGTGCGCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192973 GTCAAGATCTCAAAGAAGAGTTGGTGGCTGCTGTAGAGGATGTGCGCAAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    295 CAAG         GTGAGACGATGCGGATCGCCTCCTCCGAGTTTGCAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193023 CAAGGTA...CAGGTGAGACGATGCGGATCGCCTCCTCCGAGTTTGCAGA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    336 TGACCCTTGCTCGTCGGTAAAGCGCGGCACCATGGTACGGGCGGCAAGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306494 TGACCCTTGCTCGTCGGTAAAGCGCGGCACCATGGTACGGGCGGCAAGGG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    386 CTTTGCTCTCCGCGGTGACACGCTTACTCATCCTGGCGGACATGGCAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 306544 CTTTGCTCTCCGCGGTGACACGCTTACTCATCCTGGCGGACATGGCAGAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    436 GTCATGAGACTTTTATCCCATCTGAAAATT         GTGGAAGAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||
 306594 GTCATGAGACTTTTATCCCATCTGAAAATTGTA...CAGGTGGAAGAGGC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    477 CCTGGAAGCTGTCAAAAATGCTACAAATGAGCAAGACCTTGCAAACCGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318271 CCTGGAAGCTGTCAAAAATGCTACAAATGAGCAAGACCTTGCAAACCGTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    527 TTAAAGAGTTTGGGAAAGAGATGGTGAAACTTAACTATGTAGCAGCAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 318321 TTAAAGAGTTTGGGAAAGAGATGGTGAAACTTAACTATGTAGCAGCAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    577 AGACAACAG         GAGCTGAAGGATCCTCACTGTCGGGATGAGAT
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 318371 AGACAACAGGTG...CAGGAGCTGAAGGATCCTCACTGTCGGGATGAGAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    618 GGCAGCCGCCCGAGGGGCTCTGAAGAAGAATGCCACAATGCTGTACACGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322552 GGCAGCCGCCCGAGGGGCTCTGAAGAAGAATGCCACAATGCTGTACACGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    668 CCTCTCAAGCATTTCTCCGCCACCCAGATGTCGCCGCTACGAGAGCCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322602 CCTCTCAAGCATTTCTCCGCCACCCAGATGTCGCCGCTACGAGAGCCAAC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    718 CGAGATTATGTGTTCAAACAAGTCCAGGAGGCCATCGCCGGCATCTCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322652 CGAGATTATGTGTTCAAACAAGTCCAGGAGGCCATCGCCGGCATCTCCAA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    768 TGCTGCTCAAGCTACCTCGCCCACTGACGAAGCCAAGGGCCACACGGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 322702 TGCTGCTCAAGCTACCTCGCCCACTGACGAAGCCAAGGGCCACACGGGCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    818 TCGGCGAGCTGGCTGCGGCTCTTAATGAGTTTGAC         AATAAG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 322752 TCGGCGAGCTGGCTGCGGCTCTTAATGAGTTTGACGTA...CAGAATAAG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    859 ATTATCCTGGACCCCATGACGTTCAGCGAGGCCAGGTTCCGGCCGTCCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358044 ATTATCCTGGACCCCATGACGTTCAGCGAGGCCAGGTTCCGGCCGTCCCT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    909 GGAGGAGAGGCTGGAGAGCATCATCAGCGGCGCAGCGCTGATGGCCGACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358094 GGAGGAGAGGCTGGAGAGCATCATCAGCGGCGCAGCGCTGATGGCCGACT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    959 CCTCCTGCACGCGAGACGACCGGCGCGAGAGGATCGTGGCGGAGTGCAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358144 CCTCCTGCACGCGAGACGACCGGCGCGAGAGGATCGTGGCGGAGTGCAAC

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .
   1009 GCCGTGCGGCAGGCGCTCCAGGACCTGCTCAGCGAGTACATGAATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 358194 GCCGTGCGGCAGGCGCTCCAGGACCTGCTCAGCGAGTACATGAATAAT

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1136 AGCTTCGGAAAGCAGTGATGGATCACATATCTGACTCTTTCCTGGAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 867891 AGCTTCGGAAAGCAGTGATGGATCACATATCTGACTCTTTCCTGGAAACC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1186 AATGTTCCTTTGCTAGTTCTCATTGAGGCTGCAAAGAGCGGAAATGAAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 867941 AATGTTCCTTTGCTAGTTCTCATTGAGGCTGCAAAGAGCGGAAATGAAAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1236 GGAAGTGAAAGAATATGCCCAAGTTTTCCGTGAGCATGCCAACAAACTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 867991 GGAAGTGAAAGAATATGCCCAAGTTTTCCGTGAGCATGCCAACAAACTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1286 TAGAG         GTTGCCAATTTGGCCTGTTCCATCTCCAACAATGAA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 868041 TAGAGGTA...CAGGTTGCCAATTTGGCCTGTTCCATCTCCAACAATGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1327 GAAGGGGTGAAATTAGTTCGGATGGCAGCCACCCAGATTGACAGCCTGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 993462 GAAGGGGTGAAATTAGTTCGGATGGCAGCCACCCAGATTGACAGCCTGTG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1377 TCCCCAG         GTCATCAATGCCGCTCTGACACTGGCTGCCCGGC
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 993512 TCCCCAGGTA...TAGGTCATCAATGCCGCTCTGACACTGGCTGCCCGGC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1418 CACAGAGCAAAGTTGCTCAGGATAACATGGACGTCTTCAAAGACCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 994385 CACAGAGCAAAGTTGCTCAGGATAACATGGACGTCTTCAAAGACCAGTGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1468 GAGAAGCAGGTCCGAGTGTTGACAGAGGCCGTGGATGACATCACCTCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 994435 GAGAAGCAGGTCCGAGTGTTGACAGAGGCCGTGGATGACATCACCTCAGT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1518 GGATGACTTCCTCTCTGTCTCAG         AAAATCACATCTTGGAGG
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 994485 GGATGACTTCCTCTCTGTCTCAGGTA...TAGAAAATCACATCTTGGAGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1559 ATGTGAACAAGTGTGTGATAGCCCTCCAAGAGGGCGATGTGGACACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1004155 ATGTGAACAAGTGTGTGATAGCCCTCCAAGAGGGCGATGTGGACACTCTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1609 GACCGGACTGCAGGGGCCATCAGGGGCCGGGCAGCTCGAGTCATACACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1004205 GACCGGACTGCAGGGGCCATCAGGGGCCGGGCAGCTCGAGTCATACACAT

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1659 CATCAATGCTGAGATGGAGAACTATGAAGCTGGGGTTTATACTGAGAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1004255 CATCAATGCTGAGATGGAGAACTATGAAGCTGGGGTTTATACTGAGAAGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1709 TGTTGGAAGCTACAAAATTGCTTTCTGAAACAG         TGATGCCA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
1004305 TGTTGGAAGCTACAAAATTGCTTTCTGAAACAGGTA...CAGTGATGCCA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1750 CGCTTCGCTGAACAAGTAGAGGTTGCCATTGAAGCCCTGAGTGCCAACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1022615 CGCTTCGCTGAACAAGTAGAGGTTGCCATTGAAGCCCTGAGTGCCAACGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1800 TCCTCAACCGTTTGAGGAGAATGAGTTCATCGATGCCTCTCGCCTGGTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1022665 TCCTCAACCGTTTGAGGAGAATGAGTTCATCGATGCCTCTCGCCTGGTGT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1850 ATGATGGCGTTCGGGACATCAGAAAGGCTGTGCTGATGATCAGG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
1022715 ATGATGGCGTTCGGGACATCAGAAAGGCTGTGCTGATGATCAGGGTA...

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1894    ACCCCAGAAGAACTAGAGGATGATTCTGACTTTGAGCAGGAAGATTA
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1030147 TAGACCCCAGAAGAACTAGAGGATGATTCTGACTTTGAGCAGGAAGATTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1941 TGATGTGCGTAGCAGGACAAGTGTTCAGACTGAGGATGACCAGCTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1030197 TGATGTGCGTAGCAGGACAAGTGTTCAGACTGAGGATGACCAGCTCATTG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1991 CAGGGCAGAGCGCACGG         GCCATCATGGCGCAACTACCGCAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
1030247 CAGGGCAGAGCGCACGGGTG...CAGGCCATCATGGCGCAACTACCGCAG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2032 GAGGAGAAGGCAAAAATAGCTGAGCAGGTGGAGATATTCCATCAAGAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1037772 GAGGAGAAGGCAAAAATAGCTGAGCAGGTGGAGATATTCCATCAAGAGAA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2082 AAGCAAGCTGGATGCAGAAGTGGCCAAATGGGACGACAGCGGCAATGATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1037822 AAGCAAGCTGGATGCAGAAGTGGCCAAATGGGACGACAGCGGCAATGATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2132 TCATTGTACTGGCCAAGCAGATGTGTATGATCATGATGGAAATGACAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1037872 TCATTGTACTGGCCAAGCAGATGTGTATGATCATGATGGAAATGACAGAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2182 TTCACAAG         AGGCAAAGGCCCATTGAAAAATACATCTGATGT
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
1037922 TTCACAAGGTG...CAGAGGCAAAGGCCCATTGAAAAATACATCTGATGT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2223 CATTAATGCTGCCAAGAAAATTGCCGAAGCAGGTTCTCGAATGGACAAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1052551 CATTAATGCTGCCAAGAAAATTGCCGAAGCAGGTTCTCGAATGGACAAAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2273 TAGCTCGTGCTGTGGCTGATCAG         TGTCCTGATTCAGCATGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
1052601 TAGCTCGTGCTGTGGCTGATCAGGTA...TAGTGTCCTGATTCAGCATGT

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2314 AAGCAGGATTTATTAGCCTACCTTCAACGAATTGCCTTGTATTGCCATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1056646 AAGCAGGATTTATTAGCCTACCTTCAACGAATTGCCTTGTATTGCCATCA

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2364 GCTTAATATCTGCAGCAAGGTGAAGGCAGAAGTGCAGAATCTGGGAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1056696 GCTTAATATCTGCAGCAAGGTGAAGGCAGAAGTGCAGAATCTGGGAGGAG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2414 AGCTCATTGTGTCAGGG         CTGGACAGTGCCACATCGCTTATC
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
1056746 AGCTCATTGTGTCAGGGGTA...TAGCTGGACAGTGCCACATCGCTTATC

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2455 CAGGCAGCTAAAAACCTGATGAATGCTGTTGTCCTCACGGTGAAAGCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1096053 CAGGCAGCTAAAAACCTGATGAATGCTGTTGTCCTCACGGTGAAAGCATC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2505 CTATGTGGCCTCAACCAAATACCAGAAGGTCTATGGGACAGCAGCTGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1096103 CTATGTGGCCTCAACCAAATACCAGAAGGTCTATGGGACAGCAGCTGTCA

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2555 ACTCACCTGTTGTGTCTTGGAAGATGAAGGCTCCAGAGAAGAAGCCCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1096153 ACTCACCTGTTGTGTCTTGGAAGATGAAGGCTCCAGAGAAGAAGCCCCTT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2605 GTGAAGAGAGAAAAGCCTGAAGAATTCCAGACACGAGTTCGACGAGGTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1096203 GTGAAGAGAGAAAAGCCTGAAGAATTCCAGACACGAGTTCGACGAGGTTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2655 TCAGAAGAAACACATTTCGCCTGTACAGGCTTTAAGTGAATTCAAAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
1096253 TCAGAAGAAACACATTTCGCCTGTACAGGCTTTAAGTGAATTCAAAGCAA

   1650     .    :
   2705 TGGATTCCTTC
        |||||||||||
1096303 TGGATTCCTTC