seq1 = pF1KE2115.tfa, 912 bp
seq2 = pF1KE2115/gi568815579f_54735078.tfa (gi568815579f:54735078_54947940), 212863 bp

>pF1KE2115 912
>gi568815579f:54735078_54947940 (Chr19)

1-34  (97688-97721)   100% ->
35-70  (100002-100037)   100% ->
71-370  (102499-102798)   100% ->
371-451  (104351-104431)   100% ==
474-664  (104432-104622)   100% ->
665-715  (107791-107841)   100% ->
716-820  (112107-112211)   100% ->
821-873  (112674-112726)   100% ->
874-912  (112825-112863)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCGCTCATGGTCATCATCATGGCGTGTGTTG         GGTTCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
  97688 ATGTCGCTCATGGTCATCATCATGGCGTGTGTTGGTG...CAGGGTTCTT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     42 CTTGCTGCAGGGGGCCTGGCCACAGGAGG         GAGTCCACAGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 100009 CTTGCTGCAGGGGGCCTGGCCACAGGAGGGTA...TAGGAGTCCACAGAA

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     83 AACCTTCCTTCCTGGCCCTCCCAGGTCACCTGGTGAAATCAGAAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102511 AACCTTCCTTCCTGGCCCTCCCAGGTCACCTGGTGAAATCAGAAGAGACA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    133 GTCATCCTGCAATGTTGGTCGGATGTCATGTTTGAGCACTTCCTTCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102561 GTCATCCTGCAATGTTGGTCGGATGTCATGTTTGAGCACTTCCTTCTGCA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    183 CAGAGAGGGGAAGTTTAACAACACTTTGCACCTCATTGGAGAGCACCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102611 CAGAGAGGGGAAGTTTAACAACACTTTGCACCTCATTGGAGAGCACCATG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 ATGGGGTTTCCAAGGCCAACTTCTCCATTGGTCCCATGATGCCTGTCCTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102661 ATGGGGTTTCCAAGGCCAACTTCTCCATTGGTCCCATGATGCCTGTCCTT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GCAGGAACCTACAGATGCTACGGTTCTGTTCCTCACTCCCCCTATCAGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 102711 GCAGGAACCTACAGATGCTACGGTTCTGTTCCTCACTCCCCCTATCAGTT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GTCAGCTCCCAGTGACCCTCTGGACATGGTGATCATAG         GTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 102761 GTCAGCTCCCAGTGACCCTCTGGACATGGTGATCATAGGTG...CAGGTC

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 TATATGAGAAACCTTCTCTCTCAGCCCAGCCGGGCCCCACGGTTCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104354 TATATGAGAAACCTTCTCTCTCAGCCCAGCCGGGCCCCACGGTTCAGGCA

    450     .    :    .    :    .
    424 GGAGAGAATGTGACCTTGTCCTGCAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||
 104404 GGAGAGAATGTGACCTTGTCCTGCAGCT

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CCATCTATCCAGGGAAGGGGAGGCCCATGAACGTAGGCTCCCTGCAGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104432 CCATCTATCCAGGGAAGGGGAGGCCCATGAACGTAGGCTCCCTGCAGTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 GCAGCATCAACGGAACATTCCAGGCCGACTTTCCTCTGGGCCCTGCCACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104482 GCAGCATCAACGGAACATTCCAGGCCGACTTTCCTCTGGGCCCTGCCACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 CACGGAGGGACCTACAGATGCTTCGGCTCTTTCCGTGACGCTCCCTACGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 104532 CACGGAGGGACCTACAGATGCTTCGGCTCTTTCCGTGACGCTCCCTACGA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 GTGGTCAAACTCGAGTGATCCACTGCTTGTTTCCGTCACAG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 104582 GTGGTCAAACTCGAGTGATCCACTGCTTGTTTCCGTCACAGGTG...TAG

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 GAAACCCTTCAAATAGTTGGCCTTCACCCACTGAACCAAGCTCCAAAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107791 GAAACCCTTCAAATAGTTGGCCTTCACCCACTGAACCAAGCTCCAAAACC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 G         GTAACCCCAGACACCTACATGTTCTGATTGGGACCTCAGT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 107841 GGTG...CAGGTAACCCCAGACACCTACATGTTCTGATTGGGACCTCAGT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 GGTCAAAATCCCTTTCACCATCCTCCTCTTCTTTCTCCTTCATCGCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112147 GGTCAAAATCCCTTTCACCATCCTCCTCTTCTTTCTCCTTCATCGCTGGT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    806 GCTCCGACAAAAAAA         ATGCTGCTGTAATGGACCAAGAGCCT
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 112197 GCTCCGACAAAAAAAGTA...CAGATGCTGCTGTAATGGACCAAGAGCCT

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GCAGGGAACAGAACAGTGAACAGCGAG         GATTCTGATGAACA
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 112700 GCAGGGAACAGAACAGTGAACAGCGAGGTA...CAGGATTCTGATGAACA

    450     .    :    .    :    .
    888 AGACCATCAGGAGGTGTCATACGCA
        |||||||||||||||||||||||||
 112839 AGACCATCAGGAGGTGTCATACGCA