seq1 = pF1KE2110.tfa, 2718 bp
seq2 = pF1KE2110/gi568815587f_119106418.tfa (gi568815587f:119106418_119399778), 293361 bp

>pF1KE2110 2718
>gi568815587f:119106418_119399778 (Chr11)

1-195  (100001-100195)   100% ->
196-443  (126031-126278)   100% ->
444-590  (165318-165464)   100% ->
591-747  (167451-167607)   100% ->
748-869  (168415-168536)   100% ->
870-1007  (169580-169717)   100% ->
1008-1095  (171340-171427)   100% ->
1096-1227  (171749-171880)   100% ->
1228-1431  (172093-172296)   100% ->
1432-1563  (178552-178683)   100% ->
1564-1941  (178772-179149)   100% ->
1942-2036  (181435-181529)   100% ->
2037-2153  (190501-190617)   100% ->
2154-2251  (190967-191064)   100% ->
2252-2434  (191941-192123)   100% ->
2435-2718  (193078-193361)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGCCGGCAACGTGAAGAAGAGCTCTGGGGCCGGGGGCGGCAGCGGCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGCCGGCAACGTGAAGAAGAGCTCTGGGGCCGGGGGCGGCAGCGGCTC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CGGGGGCTCGGGTTCGGGTGGCCTGATTGGGCTCATGAAGGACGCCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 CGGGGGCTCGGGTTCGGGTGGCCTGATTGGGCTCATGAAGGACGCCTTCC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 AGCCGCACCACCACCACCACCACCACCTCAGCCCCCACCCGCCGGGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 AGCCGCACCACCACCACCACCACCACCTCAGCCCCCACCCGCCGGGGACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 GTGGACAAGAAGATGGTGGAGAAGTGCTGGAAGCTCATGGACAAG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 100151 GTGGACAAGAAGATGGTGGAGAAGTGCTGGAAGCTCATGGACAAGGTG..

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    196     GTGGTGCGGTTGTGTCAGAACCCAAAGCTGGCGCTAAAGAATAGCC
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100201 .CAGGTGGTGCGGTTGTGTCAGAACCCAAAGCTGGCGCTAAAGAATAGCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 CACCTTATATCTTAGACCTGCTACCAGATACCTACCAGCATCTCCGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126077 CACCTTATATCTTAGACCTGCTACCAGATACCTACCAGCATCTCCGTACT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 ATCTTGTCAAGATATGAGGGGAAGATGGAGACACTTGGAGAAAATGAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126127 ATCTTGTCAAGATATGAGGGGAAGATGGAGACACTTGGAGAAAATGAGTA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 TTTTAGGGTGTTTATGGAGAATTTGATGAAGAAAACTAAGCAAACCATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126177 TTTTAGGGTGTTTATGGAGAATTTGATGAAGAAAACTAAGCAAACCATAA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    392 GCCTCTTCAAGGAGGGAAAAGAAAGAATGTATGAGGAGAATTCTCAGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126227 GCCTCTTCAAGGAGGGAAAAGAAAGAATGTATGAGGAGAATTCTCAGCCT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    442 AG         GCGAAACCTAACCAAACTGTCCCTCATCTTCAGCCACAT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126277 AGGTA...TAGGCGAAACCTAACCAAACTGTCCCTCATCTTCAGCCACAT

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    483 GCTGGCAGAACTAAAAGGAATCTTTCCAAGTGGACTCTTTCAGGGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165357 GCTGGCAGAACTAAAAGGAATCTTTCCAAGTGGACTCTTTCAGGGAGACA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    533 CATTTCGGATTACTAAAGCAGATGCTGCGGAATTTTGGAGAAAAGCTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 165407 CATTTCGGATTACTAAAGCAGATGCTGCGGAATTTTGGAGAAAAGCTTTT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    583 GGGGAAAA         GACAATAGTCCCTTGGAAGAGCTTTCGACAGGC
        ||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 165457 GGGGAAAAGTA...CAGGACAATAGTCCCTTGGAAGAGCTTTCGACAGGC

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    624 TCTACATGAAGTGCATCCCATCAGTTCTGGGCTGGAGGCCATGGCTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167484 TCTACATGAAGTGCATCCCATCAGTTCTGGGCTGGAGGCCATGGCTCTGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    674 AATCCACTATTGATCTGACCTGCAATGATTATATTTCGGTTTTTGAATTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167534 AATCCACTATTGATCTGACCTGCAATGATTATATTTCGGTTTTTGAATTT

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    724 GACATCTTTACCCGACTCTTTCAG         CCCTGGTCCTCTTTGCT
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 167584 GACATCTTTACCCGACTCTTTCAGGTA...TAGCCCTGGTCCTCTTTGCT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 CAGGAATTGGAACAGCCTTGCTGTAACTCATCCTGGCTACATGGCTTTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168432 CAGGAATTGGAACAGCCTTGCTGTAACTCATCCTGGCTACATGGCTTTTT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 TGACGTATGACGAAGTGAAAGCTCGGCTCCAGAAATTCATTCACAAACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168482 TGACGTATGACGAAGTGAAAGCTCGGCTCCAGAAATTCATTCACAAACCT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    865 GGCAG         TTATATCTTCCGGCTGAGCTGTACTCGTCTGGGTCA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168532 GGCAGGTC...TAGTTATATCTTCCGGCTGAGCTGTACTCGTCTGGGTCA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 GTGGGCTATTGGGTATGTTACTGCTGATGGGAACATTCTCCAGACAATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169616 GTGGGCTATTGGGTATGTTACTGCTGATGGGAACATTCTCCAGACAATCC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    956 CTCACAATAAACCTCTCTTCCAAGCACTGATTGATGGCTTCAGGGAAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169666 CTCACAATAAACCTCTCTTCCAAGCACTGATTGATGGCTTCAGGGAAGGC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1006 TT         CTATTTGTTTCCTGATGGACGAAATCAGAATCCTGATCT
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 169716 TTGTG...CAGCTATTTGTTTCCTGATGGACGAAATCAGAATCCTGATCT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 GACTGGCTTATGTGAACCAACTCCCCAAGACCATATCAAAGTGACCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 171379 GACTGGCTTATGTGAACCAACTCCCCAAGACCATATCAAAGTGACCCAGG

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1096         GAACAATATGAATTATACTGTGAGATGGGCTCCACATTCCAA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171429 TG...AAGGAACAATATGAATTATACTGTGAGATGGGCTCCACATTCCAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 CTATGTAAAATATGTGCTGAAAATGATAAGGATGTAAAGATTGAGCCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 171791 CTATGTAAAATATGTGCTGAAAATGATAAGGATGTAAAGATTGAGCCCTG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1188 TGGACACCTCATGTGCACATCCTGTCTTACATCCTGGCAG         G
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 171841 TGGACACCTCATGTGCACATCCTGTCTTACATCCTGGCAGGTA...CAGG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 AATCAGAAGGTCAGGGCTGTCCTTTCTGCCGATGTGAAATTAAAGGTACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172094 AATCAGAAGGTCAGGGCTGTCCTTTCTGCCGATGTGAAATTAAAGGTACT

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GAACCCATCGTGGTAGATCCGTTTGATCCTAGAGGGAGTGGCAGCCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172144 GAACCCATCGTGGTAGATCCGTTTGATCCTAGAGGGAGTGGCAGCCTGTT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1329 GAGGCAAGGAGCAGAGGGAGCTCCCTCCCCAAATTATGATGATGATGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172194 GAGGCAAGGAGCAGAGGGAGCTCCCTCCCCAAATTATGATGATGATGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1379 ATGAACGAGCTGATGATACTCTCTTCATGATGAAGGAATTGGCTGGTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172244 ATGAACGAGCTGATGATACTCTCTTCATGATGAAGGAATTGGCTGGTGCC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1429 AAG         GTGGAACGGCCGCCTTCTCCATTCTCCATGGCCCCACA
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 172294 AAGGTA...TAGGTGGAACGGCCGCCTTCTCCATTCTCCATGGCCCCACA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AGCTTCCCTTCCCCCGGTGCCACCACGACTTGACCTTCTGCCGCAGCGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178590 AGCTTCCCTTCCCCCGGTGCCACCACGACTTGACCTTCTGCCGCAGCGAG

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1520 TATGTGTTCCCTCAAGTGCTTCTGCTCTTGGAACTGCTTCTAAG      
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...
 178640 TATGTGTTCCCTCAAGTGCTTCTGCTCTTGGAACTGCTTCTAAGGTA...

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1564    GCTGCTTCTGGCTCCCTTCATAAAGACAAACCATTGCCAGTACCTCC
        >>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178769 CAGGCTGCTTCTGGCTCCCTTCATAAAGACAAACCATTGCCAGTACCTCC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 CACACTTCGAGATCTTCCACCACCACCGCCTCCAGACCGGCCATATTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178819 CACACTTCGAGATCTTCCACCACCACCGCCTCCAGACCGGCCATATTCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 TTGGAGCAGAATCCCGACCTCAAAGACGCCCCTTGCCTTGTACACCAGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178869 TTGGAGCAGAATCCCGACCTCAAAGACGCCCCTTGCCTTGTACACCAGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1711 GACTGTCCCTCCAGAGACAAACTGCCCCCTGTCCCCTCTAGCCGCCTTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178919 GACTGTCCCTCCAGAGACAAACTGCCCCCTGTCCCCTCTAGCCGCCTTGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1761 AGACTCATGGCTGCCCCGGCCAATCCCCAAAGTACCAGTATCTGCCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 178969 AGACTCATGGCTGCCCCGGCCAATCCCCAAAGTACCAGTATCTGCCCCAA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1811 GTTCCAGTGATCCCTGGACAGGAAGAGAATTAACCAACCGGCACTCACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179019 GTTCCAGTGATCCCTGGACAGGAAGAGAATTAACCAACCGGCACTCACTT

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1861 CCATTTTCATTGCCCTCACAAATGGAGCCCAGACCAGATGTGCCTAGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 179069 CCATTTTCATTGCCCTCACAAATGGAGCCCAGACCAGATGTGCCTAGGCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1911 CGGAAGCACGTTCAGTCTGGATACCTCCATG         AGTATGAATA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 179119 CGGAAGCACGTTCAGTCTGGATACCTCCATGGTG...CAGAGTATGAATA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1952 GCAGCCCATTAGTAGGTCCAGAGTGTGACCACCCCAAAATCAAACCTTCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 181445 GCAGCCCATTAGTAGGTCCAGAGTGTGACCACCCCAAAATCAAACCTTCC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2002 TCATCTGCCAATGCCATTTATTCTCTGGCTGCCAG         ACCTCT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 181495 TCATCTGCCAATGCCATTTATTCTCTGGCTGCCAGGTA...CAGACCTCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2043 TCCTGTGCCAAAACTGCCACCTGGGGAGCAATGTGAGGGTGAAGAGGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190507 TCCTGTGCCAAAACTGCCACCTGGGGAGCAATGTGAGGGTGAAGAGGACA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2093 CAGAGTACATGACTCCCTCTTCCAGGCCTCTACGGCCTTTGGATACATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190557 CAGAGTACATGACTCCCTCTTCCAGGCCTCTACGGCCTTTGGATACATCC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2143 CAGAGTTCACG         AGCATGTGATTGCGACCAGCAGATTGATAG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 190607 CAGAGTTCACGGTA...CAGAGCATGTGATTGCGACCAGCAGATTGATAG

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2184 CTGTACGTATGAAGCAATGTATAATATTCAGTCCCAGGCGCCATCTATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 190997 CTGTACGTATGAAGCAATGTATAATATTCAGTCCCAGGCGCCATCTATCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2234 CCGAGAGCAGCACCTTTG         GTGAAGGGAATTTGGCCGCAGCC
        ||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||
 191047 CCGAGAGCAGCACCTTTGGTA...CAGGTGAAGGGAATTTGGCCGCAGCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2275 CATGCCAACACTGGTCCCGAGGAGTCAGAAAATGAGGATGATGGGTATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 191964 CATGCCAACACTGGTCCCGAGGAGTCAGAAAATGAGGATGATGGGTATGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2325 TGTCCCAAAGCCACCTGTGCCGGCCGTGCTGGCCCGCCGAACTCTCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192014 TGTCCCAAAGCCACCTGTGCCGGCCGTGCTGGCCCGCCGAACTCTCTCAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2375 ATATCTCTAATGCCAGCTCCTCCTTTGGCTGGTTGTCTCTGGATGGTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 192064 ATATCTCTAATGCCAGCTCCTCCTTTGGCTGGTTGTCTCTGGATGGTGAT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2425 CCTACAACAA         ATGTCACTGAAGGTTCCCAAGTTCCCGAGAG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 192114 CCTACAACAAGTG...TAGATGTCACTGAAGGTTCCCAAGTTCCCGAGAG

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2466 GCCTCCAAAACCATTCCCGCGGAGAATCAACTCTGAACGGAAAGCTGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193109 GCCTCCAAAACCATTCCCGCGGAGAATCAACTCTGAACGGAAAGCTGGCA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2516 GCTGTCAGCAAGGTAGTGGTCCTGCCGCCTCTGCTGCCACCGCCTCACCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193159 GCTGTCAGCAAGGTAGTGGTCCTGCCGCCTCTGCTGCCACCGCCTCACCT

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2566 CAGCTCTCCAGTGAGATCGAGAACCTCATGAGTCAGGGGTACTCCTACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193209 CAGCTCTCCAGTGAGATCGAGAACCTCATGAGTCAGGGGTACTCCTACCA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2616 GGACATCCAGAAAGCTTTGGTCATTGCCCAGAACAACATCGAGATGGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193259 GGACATCCAGAAAGCTTTGGTCATTGCCCAGAACAACATCGAGATGGCCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2666 AAAACATCCTCCGGGAATTTGTTTCCATTTCTTCTCCTGCCCATGTAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 193309 AAAACATCCTCCGGGAATTTGTTTCCATTTCTTCTCCTGCCCATGTAGCT

   2850 
   2716 ACC
        |||
 193359 ACC