seq1 = pF1KE2108.tfa, 2535 bp
seq2 = pF1KE2108/gi568815589f_2522190.tfa (gi568815589f:2522190_2752949), 230760 bp

>pF1KE2108 2535
>gi568815589f:2522190_2752949 (Chr9)

1-82  (100001-100082)   100% ->
83-202  (113264-113383)   100% ->
203-325  (117670-117792)   100% ->
326-448  (119188-119310)   100% ->
449-820  (120971-121342)   100% ->
821-943  (121439-121561)   100% ->
944-1066  (121648-121770)   100% ->
1067-1186  (122545-122664)   100% ->
1187-1312  (122768-122893)   100% ->
1313-1484  (123385-123556)   100% ->
1485-1703  (124145-124363)   100% ->
1704-1822  (125285-125403)   100% ->
1823-1962  (126019-126158)   100% ->
1963-2104  (126480-126621)   100% ->
2105-2251  (128181-128327)   100% ->
2252-2332  (129685-129765)   100% ->
2333-2502  (130591-130760)   100% ->
2503-2535  (131644-131676)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGCACGTCCGCGCTCTGGGCGCTCTGGCTGCTGCTCGCGCTGTGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGCACGTCCGCGCTCTGGGCGCTCTGGCTGCTGCTCGCGCTGTGCTG

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 GGCGCCCCGGGAGAGCGGCGCCACCGGAACCG         GGAGAAAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 100051 GGCGCCCCGGGAGAGCGGCGCCACCGGAACCGGTG...TAGGGAGAAAAG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 CCAAATGTGAACCCTCCCAATTCCAGTGCACAAATGGTCGCTGTATTACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113273 CCAAATGTGAACCCTCCCAATTCCAGTGCACAAATGGTCGCTGTATTACG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTGTTGTGGAAATGTGATGGGGATGAAGACTGTGTTGACGGCAGTGATGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113323 CTGTTGTGGAAATGTGATGGGGATGAAGACTGTGTTGACGGCAGTGATGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AAAGAACTGTG         TAAAGAAGACGTGTGCTGAATCTGACTTCG
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 113373 AAAGAACTGTGGTA...TAGTAAAGAAGACGTGTGCTGAATCTGACTTCG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 TGTGCAACAATGGCCAGTGTGTTCCCAGCCGATGGAAGTGTGATGGAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117700 TGTGCAACAATGGCCAGTGTGTTCCCAGCCGATGGAAGTGTGATGGAGAT

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CCTGACTGCGAAGATGGTTCAGATGAAAGCCCAGAACAGTGCC       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 117750 CCTGACTGCGAAGATGGTTCAGATGAAAGCCCAGAACAGTGCCGTG...C

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    326   ATATGAGAACATGCCGCATACATGAAATCAGCTGTGGCGCCCATTCTA
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119186 AGATATGAGAACATGCCGCATACATGAAATCAGCTGTGGCGCCCATTCTA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 CTCAGTGTATCCCAGTGTCCTGGAGATGTGATGGTGAAAATGATTGTGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119236 CTCAGTGTATCCCAGTGTCCTGGAGATGTGATGGTGAAAATGATTGTGAC

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 AGTGGAGAAGATGAAGAAAACTGTG         GCAATATAACATGTAG
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 119286 AGTGGAGAAGATGAAGAAAACTGTGGTA...TAGGCAATATAACATGTAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 TCCCGACGAGTTCACCTGCTCCAGTGGCCGCTGCATCTCCAGGAACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120987 TCCCGACGAGTTCACCTGCTCCAGTGGCCGCTGCATCTCCAGGAACTTTG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 TATGCAATGGCCAGGATGACTGCAGCGATGGCAGTGATGAGCTGGACTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121037 TATGCAATGGCCAGGATGACTGCAGCGATGGCAGTGATGAGCTGGACTGT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 GCCCCGCCAACCTGTGGCGCCCATGAGTTCCAGTGCAGCACCTCCTCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121087 GCCCCGCCAACCTGTGGCGCCCATGAGTTCCAGTGCAGCACCTCCTCCTG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 CATCCCCATCAGCTGGGTATGCGACGATGATGCAGACTGCTCCGACCAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121137 CATCCCCATCAGCTGGGTATGCGACGATGATGCAGACTGCTCCGACCAAT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 CTGATGAGTCCCTGGAGCAGTGTGGCCGTCAGCCAGTCATACACACCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121187 CTGATGAGTCCCTGGAGCAGTGTGGCCGTCAGCCAGTCATACACACCAAG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    715 TGTCCAGCCAGCGAAATCCAGTGCGGCTCTGGCGAGTGCATCCATAAGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121237 TGTCCAGCCAGCGAAATCCAGTGCGGCTCTGGCGAGTGCATCCATAAGAA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    765 GTGGCGATGTGATGGGGACCCTGACTGCAAGGATGGCAGTGATGAGGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121287 GTGGCGATGTGATGGGGACCCTGACTGCAAGGATGGCAGTGATGAGGTCA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    815 ACTGTC         CCTCTCGAACTTGCCGACCTGACCAATTTGAATGT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121337 ACTGTCGTA...TAGCCTCTCGAACTTGCCGACCTGACCAATTTGAATGT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    856 GAGGATGGCAGCTGCATCCATGGCAGCAGGCAGTGTAATGGTATCCGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121474 GAGGATGGCAGCTGCATCCATGGCAGCAGGCAGTGTAATGGTATCCGAGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    906 CTGTGTCGATGGTTCCGATGAAGTCAACTGCAAAAATG         TCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 121524 CTGTGTCGATGGTTCCGATGAAGTCAACTGCAAAAATGGTA...TAGTCA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    947 ATCAGTGCTTGGGCCCTGGAAAATTCAAGTGCAGAAGTGGAGAATGCATA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121651 ATCAGTGCTTGGGCCCTGGAAAATTCAAGTGCAGAAGTGGAGAATGCATA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    997 GATATCAGCAAAGTATGTAACCAGGAGCAGGACTGCAGGGACTGGAGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 121701 GATATCAGCAAAGTATGTAACCAGGAGCAGGACTGCAGGGACTGGAGTGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1047 TGAGCCCCTGAAAGAGTGTC         ATATAAACGAATGCTTGGTAA
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 121751 TGAGCCCCTGAAAGAGTGTCGTA...CAGATATAAACGAATGCTTGGTAA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1088 ATAATGGTGGATGTTCTCATATCTGCAAAGACCTAGTTATAGGCTACGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122566 ATAATGGTGGATGTTCTCATATCTGCAAAGACCTAGTTATAGGCTACGAG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1138 TGTGACTGTGCAGCTGGGTTTGAACTGATAGATAGGAAAACCTGTGGAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 122616 TGTGACTGTGCAGCTGGGTTTGAACTGATAGATAGGAAAACCTGTGGAGG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1187         ATATTGATGAATGCCAAAATCCAGGAATCTGCAGTCAAATTT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122666 TG...CAGATATTGATGAATGCCAAAATCCAGGAATCTGCAGTCAAATTT

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 GTATCAACTTAAAAGGCGGTTACAAGTGTGAATGTAGTCGTGGCTATCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122810 GTATCAACTTAAAAGGCGGTTACAAGTGTGAATGTAGTCGTGGCTATCAA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 ATGGATCTTGCTACTGGCGTGTGCAAGGCAGTAG         GCAAAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 122860 ATGGATCTTGCTACTGGCGTGTGCAAGGCAGTAGGTA...CAGGCAAAGA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 GCCAAGTCTGATCTTCACTAATCGAAGAGACATCAGGAAGATTGGCTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123392 GCCAAGTCTGATCTTCACTAATCGAAGAGACATCAGGAAGATTGGCTTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGAGGAAAGAATATATCCAACTAGTTGAACAGCTAAGAAACACTGTGGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123442 AGAGGAAAGAATATATCCAACTAGTTGAACAGCTAAGAAACACTGTGGCT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 CTCGATGCTGACATTGCTGCCCAGAAACTATTCTGGGCCGATCTAAGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 123492 CTCGATGCTGACATTGCTGCCCAGAAACTATTCTGGGCCGATCTAAGCCA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1470 AAAGGCTATCTTCAG         TGCCTCAATTGATGACAAGGTTGGTA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 123542 AAAGGCTATCTTCAGGTA...CAGTGCCTCAATTGATGACAAGGTTGGTA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 GACATGTTAAAATGATCGACAATGTCTATAATCCTGCAGCCATTGCTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124171 GACATGTTAAAATGATCGACAATGTCTATAATCCTGCAGCCATTGCTGTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1561 GATTGGGTGTACAAGACCATCTACTGGACTGATGCGGCTTCTAAGACTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124221 GATTGGGTGTACAAGACCATCTACTGGACTGATGCGGCTTCTAAGACTAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1611 TTCAGTAGCTACCCTAGATGGAACCAAGAGGAAGTTCCTGTTTAACTCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 124271 TTCAGTAGCTACCCTAGATGGAACCAAGAGGAAGTTCCTGTTTAACTCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1661 ACTTGCGAGAGCCTGCCTCCATAGCTGTGGACCCACTGTCTGG       
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>
 124321 ACTTGCGAGAGCCTGCCTCCATAGCTGTGGACCCACTGTCTGGGTT...C

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1704   CTTTGTTTACTGGTCAGACTGGGGTGAACCAGCTAAAATAGAAAAAGC
        >>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125283 AGCTTTGTTTACTGGTCAGACTGGGGTGAACCAGCTAAAATAGAAAAAGC

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1752 AGGAATGAATGGATTCGATAGACGTCCACTGGTGACAGCGGATATCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125333 AGGAATGAATGGATTCGATAGACGTCCACTGGTGACAGCGGATATCCAGT

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1802 GGCCTAACGGAATTACACTTG         ACCTTATAAAAAGTCGCCTC
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 125383 GGCCTAACGGAATTACACTTGGTA...TAGACCTTATAAAAAGTCGCCTC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1843 TATTGGCTTGATTCTAAGTTGCACATGTTATCCAGCGTGGACTTGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126039 TATTGGCTTGATTCTAAGTTGCACATGTTATCCAGCGTGGACTTGAATGG

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1893 CCAAGATCGTAGGATAGTACTAAAGTCTCTGGAGTTCCTAGCTCATCCTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126089 CCAAGATCGTAGGATAGTACTAAAGTCTCTGGAGTTCCTAGCTCATCCTC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1943 TTGCACTAACAATATTTGAG         GATCGTGTCTACTGGATAGAT
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 126139 TTGCACTAACAATATTTGAGGTA...TAGGATCGTGTCTACTGGATAGAT

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1984 GGGGAAAATGAAGCAGTCTATGGTGCCAATAAATTCACTGGATCAGAGCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126501 GGGGAAAATGAAGCAGTCTATGGTGCCAATAAATTCACTGGATCAGAGCT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2034 AGCCACTCTAGTCAACAACCTGAATGATGCCCAAGACATCATTGTCTATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 126551 AGCCACTCTAGTCAACAACCTGAATGATGCCCAAGACATCATTGTCTATC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2084 ATGAACTTGTACAGCCATCAG         GTAAAAATTGGTGTGAAGAA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 126601 ATGAACTTGTACAGCCATCAGGTA...TAGGTAAAAATTGGTGTGAAGAA

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2125 GACATGGAGAATGGAGGATGTGAATACCTATGCCTGCCAGCACCACAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128201 GACATGGAGAATGGAGGATGTGAATACCTATGCCTGCCAGCACCACAGAT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2175 TAATGATCACTCTCCAAAATATACCTGTTCCTGTCCCAGTGGGTACAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128251 TAATGATCACTCTCCAAAATATACCTGTTCCTGTCCCAGTGGGTACAATG

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2225 TAGAGGAAAATGGCCGAGACTGTCAAA         GGATCAATGTGACC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 128301 TAGAGGAAAATGGCCGAGACTGTCAAAGTA...TAGGGATCAATGTGACC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2266 ACAGCAGTATCAGAGGTCAGTGTTCCCCCAAAAGGGACTTCTGCCGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129699 ACAGCAGTATCAGAGGTCAGTGTTCCCCCAAAAGGGACTTCTGCCGCATG

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2316 GGCCATTCTTCCTCTCT         TGCTCTTAGTGATGGCAGCAGTAG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 129749 GGCCATTCTTCCTCTCTGTA...CAGTGCTCTTAGTGATGGCAGCAGTAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2357 GTGGCTACTTGATGTGGCGGAATTGGCAACACAAGAACATGAAAAGCATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130615 GTGGCTACTTGATGTGGCGGAATTGGCAACACAAGAACATGAAAAGCATG

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2407 AACTTTGACAATCCTGTGTACTTGAAAACCACTGAAGAGGACCTCTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130665 AACTTTGACAATCCTGTGTACTTGAAAACCACTGAAGAGGACCTCTCCAT

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2457 AGACATTGGTAGACACAGTGCTTCTGTTGGACACACGTACCCAGCA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 130715 AGACATTGGTAGACACAGTGCTTCTGTTGGACACACGTACCCAGCAGTA.

   2650     .    :    .    :    .    :    .
   2503      ATATCAGTTGTAAGCACAGATGATGATCTAGCT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||
 130765 ..CAGATATCAGTTGTAAGCACAGATGATGATCTAGCT