seq1 = pF1KE2106.tfa, 2682 bp
seq2 = pF1KE2106/gi568815597f_236586674.tfa (gi568815597f:236586674_236862616), 275943 bp

>pF1KE2106 2682
>gi568815597f:236586674_236862616 (Chr1)

1-126  (100001-100126)   100% ->
127-241  (131185-131299)   100% ->
242-361  (132221-132340)   99% ->
362-448  (133432-133518)   98% ->
449-536  (139260-139347)   100% ->
537-615  (141005-141083)   100% ->
616-697  (144560-144641)   100% ->
698-783  (148962-149047)   100% ->
784-876  (150449-150541)   100% ->
877-1107  (152629-152859)   100% ->
1108-1255  (156223-156370)   100% ->
1256-1406  (157953-158103)   100% ->
1407-1515  (160994-161102)   100% ->
1516-1656  (162451-162591)   100% ->
1657-1839  (164797-164979)   100% ->
1840-1974  (167274-167408)   100% ->
1975-2154  (168346-168525)   100% ->
2155-2301  (170813-170959)   100% ->
2302-2367  (173051-173116)   100% ->
2368-2526  (174342-174500)   100% ->
2527-2682  (175788-175943)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAACCAGATAGAGCCCGGCGTGCAGTACAACTACGTGTACGACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGAACCAGATAGAGCCCGGCGTGCAGTACAACTACGTGTACGACGAGGA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TGAGTACATGATCCAGGAGGAGGAGTGGGACCGCGACCTGCTCCTGGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TGAGTACATGATCCAGGAGGAGGAGTGGGACCGCGACCTGCTCCTGGACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CAGCCTGGGAGAAGCAGCAGAGGAAG         ACCTTCACTGCCTGG
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 100101 CAGCCTGGGAGAAGCAGCAGAGGAAGGTC...CAGACCTTCACTGCCTGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 TGTAACTCCCACCTAAGGAAAGCCGGCACCCAGATTGAGAACATCGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131200 TGTAACTCCCACCTAAGGAAAGCCGGCACCCAGATTGAGAACATCGAGGA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 AGACTTCAGGAATGGCCTTAAGCTCATGCTGCTTTTGGAAGTCATCTCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131250 AGACTTCAGGAATGGCCTTAAGCTCATGCTGCTTTTGGAAGTCATCTCAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242          GGGAAAGGCTGCCCAAACCTGACCGGGGAAAAATGCGGTTC
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 131300 GTT...CAGGGGAAAGGCTGCCCAAACCTGACCGGGGAAAAATGCGGTTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 CACAAAATTGCTAATGTCAACAAAGCTTTGGATTACATAGCCAGCAAAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 132262 CACAAAATTGCTAATGTCAACAAAGCTTTGGATTACATAGCCAGCAAAGG

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GGTGAAACTGGTGTCCATCGGCGCTGAAG         AAATTGTTGATG
        |||||||||||||||||| ||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 132312 GGTGAAACTGGTGTCCATTGGCGCTGAAGGTG...CAGAAATTGTTGATG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 GCAATGTGAAAATGACCCTGGGTATGATCTGGACCATCATCCTTCGCTTT
        |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133444 GCAACGTGAAAATGACCCTGGGTATGATCTGGACCATCATCCTTCGCTTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GCTATTCAGGATATTTCGGTTGAAG         AAACATCTGCCAAAGA
        |||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||
 133494 GCTATTCAGGATATTTCGGTTGAAGGTA...CAGAAACATCTGCCAAAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 AGGTCTGCTGCTTTGGTGTCAGAGGAAAACTGCTCCTTATAGAAATGTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 139276 AGGTCTGCTGCTTTGGTGTCAGAGGAAAACTGCTCCTTATAGAAATGTGA

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 ACATTCAGAACTTCCATACTAG         CTGGAAAGATGGCCTTGGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 139326 ACATTCAGAACTTCCATACTAGGTG...AAGCTGGAAAGATGGCCTTGGA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CTCTGTGCCCTCATCCACCGACACCGGCCTGACCTCATTGACTACTCAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 141024 CTCTGTGCCCTCATCCACCGACACCGGCCTGACCTCATTGACTACTCAAA

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 GCTTAACAAG         GATGACCCCATAGGAAATATTAACCTGGCCA
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 141074 GCTTAACAAGGTT...CAGGATGACCCCATAGGAAATATTAACCTGGCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 TGGAAATCGCTGAGAAGCACCTGGATATTCCTAAAATGTTGGATGCTGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144591 TGGAAATCGCTGAGAAGCACCTGGATATTCCTAAAATGTTGGATGCTGAA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 G         ACATCGTGAACACCCCTAAACCCGATGAAAGAGCCATCAT
        |>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144641 GGTG...CAGACATCGTGAACACCCCTAAACCCGATGAAAGAGCCATCAT

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 GACGTACGTCTCTTGCTTCTACCACGCTTTTGCGGGCGCGGAGCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 149002 GACGTACGTCTCTTGCTTCTACCACGCTTTTGCGGGCGCGGAGCAGGTA.

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    784      GCCGAGACAGCGGCTAACAGGATATGTAAGGTTCTTGCTGTGAAT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 149052 ..CAGGCCGAGACAGCGGCTAACAGGATATGTAAGGTTCTTGCTGTGAAT

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 CAAGAGAATGAGAGGCTGATGGAAGAATATGAGAGGCTAGCGAGTGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 150494 CAAGAGAATGAGAGGCTGATGGAAGAATATGAGAGGCTAGCGAGTGAGGT

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    877        CTTTTGGAATGGATTCGTCGCACGATCCCCTGGCTGGAGAACC
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 150544 A...CAGCTTTTGGAATGGATTCGTCGCACGATCCCCTGGCTGGAGAACC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    920 GGACTCCCGAGAAGACCATGCAAGCCATGCAGAAGAAGCTGGAGGACTTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152672 GGACTCCCGAGAAGACCATGCAAGCCATGCAGAAGAAGCTGGAGGACTTC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGGGATTACCGCCGGAAGCACAAGCCACCCAAGGTGCAGGAGAAATGCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152722 CGGGATTACCGCCGGAAGCACAAGCCACCCAAGGTGCAGGAGAAATGCCA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GCTGGAGATCAACTTCAACACGCTGCAGACCAAGCTGCGGATCAGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 152772 GCTGGAGATCAACTTCAACACGCTGCAGACCAAGCTGCGGATCAGCAACC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 GTCCTGCCTTCATGCCCTCCGAGGGCAAGATGGTGTCG         GAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||
 152822 GTCCTGCCTTCATGCCCTCCGAGGGCAAGATGGTGTCGGTG...CAGGAT

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1111 ATTGCTGGTGCCTGGCAGAGGCTGGAGCAGGCTGAGAAGGGTTACGAGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156226 ATTGCTGGTGCCTGGCAGAGGCTGGAGCAGGCTGAGAAGGGTTACGAGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GTGGTTGCTCAATGAGATTCGGAGACTGGAGCGCTTGGAACACCTGGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156276 GTGGTTGCTCAATGAGATTCGGAGACTGGAGCGCTTGGAACACCTGGCTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGAAGTTCAGGCAGAAGGCCTCAACGCACGAGACTTGGGCTTATG     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 156326 AGAAGTTCAGGCAGAAGGCCTCAACGCACGAGACTTGGGCTTATGGTA..

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1256     GCAAAGAGCAGATCTTGCTGCAGAAGGATTACGAGTCGGCGTCGCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 156376 .CAGGCAAAGAGCAGATCTTGCTGCAGAAGGATTACGAGTCGGCGTCGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 GACAGAGGTGCGGGCTCTGCTGCGGAAGCACGAGGCGTTCGAGAGCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 157999 GACAGAGGTGCGGGCTCTGCTGCGGAAGCACGAGGCGTTCGAGAGCGACC

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGCAGCGCACCAGGACCGCGTGGAGCAGATCGCAGCCATCGCGCAGGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158049 TGGCAGCGCACCAGGACCGCGTGGAGCAGATCGCAGCCATCGCGCAGGAG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CTCAA         TGAACTGGACTATCACGACGCTGTGAATGTCAATGA
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 158099 CTCAAGTA...TAGTGAACTGGACTATCACGACGCTGTGAATGTCAATGA

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 TCGGTGCCAGAAAATTTGTGACCAGTGGGACCGACTGGGAACGCTTACTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 161030 TCGGTGCCAGAAAATTTGTGACCAGTGGGACCGACTGGGAACGCTTACTC

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGAAGAGGAGAGAAGCCCTAGAG         AGAATGGAGAAATTGCTA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 161080 AGAAGAGGAGAGAAGCCCTAGAGGTG...TAGAGAATGGAGAAATTGCTA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 GAAACCATTGATCAGCTTCACCTGGAGTTTGCCAAGAGGGCTGCTCCTTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162469 GAAACCATTGATCAGCTTCACCTGGAGTTTGCCAAGAGGGCTGCTCCTTT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CAACAATTGGATGGAGGGCGCTATGGAGGATCTGCAAGATATGTTCATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 162519 CAACAATTGGATGGAGGGCGCTATGGAGGATCTGCAAGATATGTTCATTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TCCACAGCATTGAGGAGATCCAG         AGTCTGATCACTGCGCAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 162569 TCCACAGCATTGAGGAGATCCAGGTA...TAGAGTCTGATCACTGCGCAT

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1675 GAGCAGTTCAAGGCCACGCTGCCCGAGGCGGACGGAGAGCGGCAGTCCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164815 GAGCAGTTCAAGGCCACGCTGCCCGAGGCGGACGGAGAGCGGCAGTCCAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 CATGGCCATCCAGAACGAGGTGGAGAAGGTGATTCAGAGCTACAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164865 CATGGCCATCCAGAACGAGGTGGAGAAGGTGATTCAGAGCTACAACATCA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 GAATCAGCTCAAGCAACCCGTACAGCACTGTCACCATGGATGAGCTCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 164915 GAATCAGCTCAAGCAACCCGTACAGCACTGTCACCATGGATGAGCTCCGG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1825 ACCAAGTGGGACAAG         GTGAAGCAACTCGTGCCCATCCGCGA
        |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||
 164965 ACCAAGTGGGACAAGGTG...CAGGTGAAGCAACTCGTGCCCATCCGCGA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 TCAATCCCTGCAGGAGGAGCTGGCTCGCCAGCATGCTAACGAGCGTCTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167300 TCAATCCCTGCAGGAGGAGCTGGCTCGCCAGCATGCTAACGAGCGTCTGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 GGCGCCAGTTTGCTGCCCAAGCCAATGCCATTGGGCCCTGGATCCAGAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 167350 GGCGCCAGTTTGCTGCCCAAGCCAATGCCATTGGGCCCTGGATCCAGAAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1966 AAGATGGAG         GAGATTGCCCGGAGCTCCATCCAGATCACAGG
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 167400 AAGATGGAGGTA...CAGGAGATTGCCCGGAGCTCCATCCAGATCACAGG

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 AGCCCTGGAAGACCAGATGAACCAGCTGAAGCAGTATGAGCACAACATCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168378 AGCCCTGGAAGACCAGATGAACCAGCTGAAGCAGTATGAGCACAACATCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TCAACTATAAGAACAACATCGACAAGCTGGAGGGAGACCATCAGCTCATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168428 TCAACTATAAGAACAACATCGACAAGCTGGAGGGAGACCATCAGCTCATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2107 CAGGAGGCCCTTGTCTTTGACAACAAGCACACGAACTACACGATGGAG  
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>
 168478 CAGGAGGCCCTTGTCTTTGACAACAAGCACACGAACTACACGATGGAGGT

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2155        CACATTCGTGTTGGATGGGAGCTGCTGCTGACAACCATCGCCA
        >...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168528 A...TAGCACATTCGTGTTGGATGGGAGCTGCTGCTGACAACCATCGCCA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 GAACCATCAATGAGGTGGAGACTCAGATCCTGACGAGAGATGCGAAGGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170856 GAACCATCAATGAGGTGGAGACTCAGATCCTGACGAGAGATGCGAAGGGC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 ATCACCCAGGAGCAGATGAATGAGTTCAGAGCCTCCTTCAACCACTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170906 ATCACCCAGGAGCAGATGAATGAGTTCAGAGCCTCCTTCAACCACTTTGA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2298 CAGG         AGGAAGAATGGCCTGATGGATCATGAGGATTTCAGAG
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 170956 CAGGGTA...CAGAGGAAGAATGGCCTGATGGATCATGAGGATTTCAGAG

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2339 CCTGCCTGATTTCCATGGGTTATGACCTG         GGTGAAGCCGAA
        |||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||
 173088 CCTGCCTGATTTCCATGGGTTATGACCTGGTA...CAGGGTGAAGCCGAA

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2380 TTTGCCCGCATTATGACCCTGGTAGATCCCAACGGGCAAGGCACCGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174354 TTTGCCCGCATTATGACCCTGGTAGATCCCAACGGGCAAGGCACCGTCAC

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2430 CTTCCAATCCTTCATCGACTTCATGACTAGAGAGACGGCTGACACCGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174404 CTTCCAATCCTTCATCGACTTCATGACTAGAGAGACGGCTGACACCGACA

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2480 CTGCCGAGCAGGTCATCGCCTCCTTCCGGATCCTGGCTTCTGATAAG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 174454 CTGCCGAGCAGGTCATCGCCTCCTTCCGGATCCTGGCTTCTGATAAGGTC

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2527       CCATACATCCTGGCGGAGGAGCTGCGTCGGGAGCTGCCCCCGGA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 174504 ...CAGCCATACATCCTGGCGGAGGAGCTGCGTCGGGAGCTGCCCCCGGA

   2750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2571 TCAGGCCCAGTACTGCATCAAGAGGATGCCCGCCTACTCGGGCCCAGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175832 TCAGGCCCAGTACTGCATCAAGAGGATGCCCGCCTACTCGGGCCCAGGCA

   2800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2621 GTGTGCCTGGTGCACTGGATTACGCTGCGTTCTCTTCCGCACTCTACGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 175882 GTGTGCCTGGTGCACTGGATTACGCTGCGTTCTCTTCCGCACTCTACGGG

   2850     .    :
   2671 GAGAGCGATCTG
        ||||||||||||
 175932 GAGAGCGATCTG