seq1 = pF1KE2101.tfa, 2586 bp
seq2 = pF1KE2101/gi568815578f_34293812.tfa (gi568815578f:34293812_34607791), 313980 bp

>pF1KE2101 2586
>gi568815578f:34293812_34607791 (Chr20)

1-70  (100001-100070)   100% ->
71-212  (114840-114981)   100% ->
213-337  (118704-118828)   100% ->
338-475  (119931-120068)   100% ->
476-521  (130669-130714)   100% ->
522-679  (144663-144820)   100% ->
680-869  (146344-146533)   100% ->
870-965  (148397-148492)   100% ->
966-1140  (151476-151650)   100% ->
1141-1210  (155600-155669)   100% ->
1211-1295  (163579-163663)   100% ->
1296-1424  (168282-168410)   100% ->
1425-1497  (176237-176309)   100% ->
1498-1569  (177633-177704)   100% ->
1570-1658  (183961-184049)   100% ->
1659-1818  (185819-185978)   100% ->
1819-1952  (186788-186921)   100% ->
1953-2093  (187255-187395)   100% ->
2094-2214  (195455-195575)   100% ->
2215-2319  (196011-196115)   100% ->
2320-2416  (198690-198786)   100% ->
2417-2489  (210520-210592)   100% ->
2490-2586  (213884-213980)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCTGACAGTGGATCACAACTTGGTTCAATGGGTAGCCTCACCATGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCTGACAGTGGATCACAACTTGGTTCAATGGGTAGCCTCACCATGAA

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 ATCACAGCTTCAGATCACTG         TCATCTCAGCAAAACTTAAGG
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 100051 ATCACAGCTTCAGATCACTGGTA...TAGTCATCTCAGCAAAACTTAAGG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     92 AAAATAAGAAGAATTGGTTTGGACCAAGTCCTTACGTAGAGGTCACAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114861 AAAATAAGAAGAATTGGTTTGGACCAAGTCCTTACGTAGAGGTCACAGTA

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 GATGGACAGTCAAAGAAGACAGAAAAATGCAACAACACAAACAGTCCCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114911 GATGGACAGTCAAAGAAGACAGAAAAATGCAACAACACAAACAGTCCCAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 GTGGAAGCAACCCCTTACAGT         TATCGTTACCCCTGTGAGTA
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 114961 GTGGAAGCAACCCCTTACAGTGTA...TAGTATCGTTACCCCTGTGAGTA

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AATTACATTTTCGTGTGTGGAGTCACCAGACACTGAAATCTGATGTTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118724 AATTACATTTTCGTGTGTGGAGTCACCAGACACTGAAATCTGATGTTTTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 TTGGGAACTGCTGCATTAGATATTTATGAAACATTAAAGTCAAACAATAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118774 TTGGGAACTGCTGCATTAGATATTTATGAAACATTAAAGTCAAACAATAT

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 GAAAC         TTGAAGAAGTAGTTGTGACTTTGCAGCTTGGAGGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118824 GAAACGTA...CAGTTGAAGAAGTAGTTGTGACTTTGCAGCTTGGAGGTG

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 ACAAAGAGCCAACAGAGACAATAGGAGACTTGTCAATTTGTCTTGATGGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119967 ACAAAGAGCCAACAGAGACAATAGGAGACTTGTCAATTTGTCTTGATGGG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 CTACAGTTAGAGTCTGAAGTTGTTACCAATGGTGAAACTACATGTTCAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120017 CTACAGTTAGAGTCTGAAGTTGTTACCAATGGTGAAACTACATGTTCAGA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 AA         GTGCTTCTCAGAATGATGATGGCTCCAGATCCAAGGATG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 120067 AAGTA...AAGGTGCTTCTCAGAATGATGATGGCTCCAGATCCAAGGATG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAACAAG         AGTGAGCACAAATGGATCAGATGACCCTGAAGAT
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 130708 AAACAAGGTA...CAGAGTGAGCACAAATGGATCAGATGACCCTGAAGAT

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 GCAGGAGCTGGTGAAAATAGGAGAGTCAGTGGGAATAATTCTCCATCACT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144697 GCAGGAGCTGGTGAAAATAGGAGAGTCAGTGGGAATAATTCTCCATCACT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    606 CTCAAATGGTGGTTTTAAACCTTCTAGACCTCCAAGACCTTCACGACCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 144747 CTCAAATGGTGGTTTTAAACCTTCTAGACCTCCAAGACCTTCACGACCAC

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 CACCACCCACCCCACGTAGACCAG         CATCTGTCAATGGTTCA
        ||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||
 144797 CACCACCCACCCCACGTAGACCAGGTT...TAGCATCTGTCAATGGTTCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 CCATCTGCCACTTCTGAAAGTGATGGGTCTAGTACAGGCTCTCTGCCGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146361 CCATCTGCCACTTCTGAAAGTGATGGGTCTAGTACAGGCTCTCTGCCGCC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    747 GACAAATACAAATACAAATACATCTGAAGGAGCAACATCTGGATTAATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146411 GACAAATACAAATACAAATACATCTGAAGGAGCAACATCTGGATTAATAA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TTCCTCTTACTATATCTGGAGGCTCAGGCCCTAGGCCATTAAATCCTGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 146461 TTCCTCTTACTATATCTGGAGGCTCAGGCCCTAGGCCATTAAATCCTGTA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 ACTCAAGCTCCCTTGCCACCTGG         TTGGGAGCAGAGAGTGGA
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 146511 ACTCAAGCTCCCTTGCCACCTGGGTG...AAGTTGGGAGCAGAGAGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 CCAGCACGGGCGAGTTTACTATGTAGATCATGTTGAGAAAAGAACAACAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 148415 CCAGCACGGGCGAGTTTACTATGTAGATCATGTTGAGAAAAGAACAACAT

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 GGGATAGACCAGAACCTCTACCTCCTGG         CTGGGAACGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 148465 GGGATAGACCAGAACCTCTACCTCCTGGGTA...TAGCTGGGAACGGCGG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    979 GTTGACAACATGGGACGTATTTATTATGTTGACCATTTCACAAGAACAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151489 GTTGACAACATGGGACGTATTTATTATGTTGACCATTTCACAAGAACAAC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AACGTGGCAGAGGCCAACACTGGAATCCGTCCGGAACTATGAACAATGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151539 AACGTGGCAGAGGCCAACACTGGAATCCGTCCGGAACTATGAACAATGGC

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 AGCTACAGCGTAGTCAGCTTCAAGGAGCAATGCAGCAGTTTAACCAGAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 151589 AGCTACAGCGTAGTCAGCTTCAAGGAGCAATGCAGCAGTTTAACCAGAGA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 TTCATTTATGGG         AATCAAGATTTATTTGCTACATCACAAAG
        ||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||
 151639 TTCATTTATGGGGTG...TAGAATCAAGATTTATTTGCTACATCACAAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 TAAAGAATTTGATCCTCTTGGTCCATTGCCACCTGGATGGG         
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>
 155629 TAAAGAATTTGATCCTCTTGGTCCATTGCCACCTGGATGGGGTA...AAG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 AGAAGAGAACAGACAGCAATGGCAGAGTATATTTCGTCAACCACAACACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 163579 AGAAGAGAACAGACAGCAATGGCAGAGTATATTTCGTCAACCACAACACA

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 CGAATTACACAATGGGAAGACCCCAGAAGTCAAGG         TCAATT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 163629 CGAATTACACAATGGGAAGACCCCAGAAGTCAAGGGTA...TAGTCAATT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 AAATGAAAAGCCCTTACCTGAAGGTTGGGAAATGAGATTCACAGTGGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168288 AAATGAAAAGCCCTTACCTGAAGGTTGGGAAATGAGATTCACAGTGGATG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 GAATTCCATATTTTGTGGACCACAATAGAAGAACTACCACCTATATAGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 168338 GAATTCCATATTTTGTGGACCACAATAGAAGAACTACCACCTATATAGAT

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 CCCCGCACAGGAAAATCTGCCCT         AGACAATGGACCTCAGAT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 168388 CCCCGCACAGGAAAATCTGCCCTGTA...CAGAGACAATGGACCTCAGAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1443 AGCCTATGTTCGGGACTTCAAAGCAAAGGTTCAGTATTTCCGGTTCTGGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176255 AGCCTATGTTCGGGACTTCAAAGCAAAGGTTCAGTATTTCCGGTTCTGGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 GTCAG         CAACTGGCCATGCCACAGCACATAAAGATTACAGTG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 176305 GTCAGGTT...CAGCAACTGGCCATGCCACAGCACATAAAGATTACAGTG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1534 ACAAGAAAAACATTGTTTGAGGATTCCTTTCAACAG         ATAAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 177669 ACAAGAAAAACATTGTTTGAGGATTCCTTTCAACAGGTA...TAGATAAT

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1575 GAGCTTCAGTCCCCAAGATCTGCGAAGACGTTTGTGGGTGATTTTTCCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 183966 GAGCTTCAGTCCCCAAGATCTGCGAAGACGTTTGTGGGTGATTTTTCCAG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1625 GAGAAGAAGGTTTAGATTATGGAGGTGTAGCAAG         AGAATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 184016 GAGAAGAAGGTTTAGATTATGGAGGTGTAGCAAGGTA...CAGAGAATGG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666 TTCTTTCTTTTGTCACATGAAGTGTTGAACCCAATGTATTGCCTGTTTGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185826 TTCTTTCTTTTGTCACATGAAGTGTTGAACCCAATGTATTGCCTGTTTGA

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1716 ATATGCAGGGAAGGATAACTACTGCTTGCAGATAAACCCCGCTTCTTACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185876 ATATGCAGGGAAGGATAACTACTGCTTGCAGATAAACCCCGCTTCTTACA

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1766 TCAATCCAGATCACCTGAAATATTTTCGTTTTATTGGCAGATTTATTGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185926 TCAATCCAGATCACCTGAAATATTTTCGTTTTATTGGCAGATTTATTGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 ATG         GCTCTGTTCCATGGGAAATTCATAGACACGGGTTTTTC
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 185976 ATGGTA...TAGGCTCTGTTCCATGGGAAATTCATAGACACGGGTTTTTC

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1857 TTTACCATTCTATAAGCGTATCTTGAACAAACCAGTTGGACTCAAGGATT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186826 TTTACCATTCTATAAGCGTATCTTGAACAAACCAGTTGGACTCAAGGATT

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1907 TAGAATCTATTGATCCAGAATTTTACAATTCTCTCATCTGGGTTAA    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 186876 TAGAATCTATTGATCCAGAATTTTACAATTCTCTCATCTGGGTTAAGTA.

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1953      GGAAAACAATATTGAGGAATGTGATTTGGAAATGTACTTCTCCGT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 186926 ..CAGGGAAAACAATATTGAGGAATGTGATTTGGAAATGTACTTCTCCGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1998 TGACAAAGAAATTCTAGGTGAAATTAAGAGTCATGATCTGAAACCTAATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187300 TGACAAAGAAATTCTAGGTGAAATTAAGAGTCATGATCTGAAACCTAATG

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2048 GTGGCAATATTCTTGTAACAGAAGAAAATAAAGAGGAATACATCAG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 187350 GTGGCAATATTCTTGTAACAGAAGAAAATAAAGAGGAATACATCAGGTG.

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2094      AATGGTAGCTGAGTGGAGGTTGTCTCGAGGTGTTGAAGAACAGAC
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 187400 ..CAGAATGGTAGCTGAGTGGAGGTTGTCTCGAGGTGTTGAAGAACAGAC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2139 ACAAGCTTTCTTTGAAGGCTTTAATGAAATTCTTCCCCAGCAATATTTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 195500 ACAAGCTTTCTTTGAAGGCTTTAATGAAATTCTTCCCCAGCAATATTTGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2189 AATACTTTGATGCAAAGGAATTAGAG         GTCCTTTTATGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 195550 AATACTTTGATGCAAAGGAATTAGAGGTA...AAGGTCCTTTTATGTGGA

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2230 ATGCAAGAGATTGATTTGAATGACTGGCAAAGACATGCCATCTACCGTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 196026 ATGCAAGAGATTGATTTGAATGACTGGCAAAGACATGCCATCTACCGTCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2280 TTATGCAAGGACCAGCAAACAAATCATGTGGTTTTGGCAG         T
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|
 196076 TTATGCAAGGACCAGCAAACAAATCATGTGGTTTTGGCAGGTT...CAGT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2321 TTGTTAAAGAAATTGATAATGAGAAGAGAATGAGACTTCTGCAGTTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198691 TTGTTAAAGAAATTGATAATGAGAAGAGAATGAGACTTCTGCAGTTTGTT

   2550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2371 ACTGGAACCTGCCGATTGCCAGTAGGAGGATTTGCTGATCTCATGG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 198741 ACTGGAACCTGCCGATTGCCAGTAGGAGGATTTGCTGATCTCATGGGTA.

   2600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2417      GGAGCAATGGACCACAGAAATTCTGCATTGAAAAAGTTGGGAAAG
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 198791 ..TAGGGAGCAATGGACCACAGAAATTCTGCATTGAAAAAGTTGGGAAAG

   2650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2462 AAAATTGGCTACCCAGAAGTCATACCTG         TTTTAATCGCCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 210565 AAAATTGGCTACCCAGAAGTCATACCTGGTA...TAGTTTTAATCGCCTG

   2700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2503 GACCTGCCACCATACAAGAGCTATGAGCAACTGAAGGAAAAGCTGTTGTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213897 GACCTGCCACCATACAAGAGCTATGAGCAACTGAAGGAAAAGCTGTTGTT

   2750     .    :    .    :    .    :
   2553 TGCCATAGAAGAAACAGAAGGATTTGGACAAGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||
 213947 TGCCATAGAAGAAACAGAAGGATTTGGACAAGAG