seq1 = pF1KE2097.tfa, 2415 bp
seq2 = pF1KE2097/gi568815575r_15461908.tfa (gi568815575r:15461908_15700911), 239004 bp

>pF1KE2097 2415
>gi568815575r:15461908_15700911 (ChrX)

(complement)

1-186  (100001-100186)   100% ->
187-345  (105909-106067)   100% ->
346-439  (108590-108683)   100% ->
440-583  (109056-109199)   100% ->
584-696  (111456-111568)   100% ->
697-802  (113054-113159)   100% ->
803-900  (115340-115437)   100% ->
901-1070  (119522-119691)   100% ->
1071-1297  (122597-122823)   100% ->
1298-1442  (125102-125246)   100% ->
1443-1541  (127447-127545)   100% ->
1542-1664  (128589-128711)   100% ->
1665-1837  (129116-129288)   100% ->
1838-1896  (130559-130617)   100% ->
1897-1997  (133086-133186)   100% ->
1998-2114  (134543-134659)   100% ->
2115-2309  (136694-136888)   99% ->
2310-2415  (138899-139004)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGTCAAGCTCTTCCTGGCTCCTTCTCAGCCTTGTTGCTGTAACTGCTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGTCAAGCTCTTCCTGGCTCCTTCTCAGCCTTGTTGCTGTAACTGCTGC

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGTCCACCATTGAGGAACAGGCCAAGACATTTTTGGACAAGTTTAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGTCCACCATTGAGGAACAGGCCAAGACATTTTTGGACAAGTTTAACC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 ACGAAGCCGAAGACCTGTTCTATCAAAGTTCACTTGCTTCTTGGAATTAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 ACGAAGCCGAAGACCTGTTCTATCAAAGTTCACTTGCTTCTTGGAATTAT

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    151 AACACCAATATTACTGAAGAGAATGTCCAAAACATG         AATAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||
 100151 AACACCAATATTACTGAAGAGAATGTCCAAAACATGGTG...CAGAATAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 TGCTGGGGACAAATGGTCTGCCTTTTTAAAGGAACAGTCCACACTTGCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105914 TGCTGGGGACAAATGGTCTGCCTTTTTAAAGGAACAGTCCACACTTGCCC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    242 AAATGTATCCACTACAAGAAATTCAGAATCTCACAGTCAAGCTTCAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105964 AAATGTATCCACTACAAGAAATTCAGAATCTCACAGTCAAGCTTCAGCTG

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    292 CAGGCTCTTCAGCAAAATGGGTCTTCAGTGCTCTCAGAAGACAAGAGCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106014 CAGGCTCTTCAGCAAAATGGGTCTTCAGTGCTCTCAGAAGACAAGAGCAA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    342 ACGG         TTGAACACAATTCTAAATACAATGAGCACCATCTACA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106064 ACGGGTA...CAGTTGAACACAATTCTAAATACAATGAGCACCATCTACA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    383 GTACTGGAAAAGTTTGTAACCCAGATAATCCACAAGAATGCTTATTACTT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108627 GTACTGGAAAAGTTTGTAACCCAGATAATCCACAAGAATGCTTATTACTT

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    433 GAACCAG         GTTTGAATGAAATAATGGCAAACAGTTTAGACTA
        |||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108677 GAACCAGGTA...CAGGTTTGAATGAAATAATGGCAAACAGTTTAGACTA

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 CAATGAGAGGCTCTGGGCTTGGGAAAGCTGGAGATCTGAGGTCGGCAAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109090 CAATGAGAGGCTCTGGGCTTGGGAAAGCTGGAGATCTGAGGTCGGCAAGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    524 AGCTGAGGCCATTATATGAAGAGTATGTGGTCTTGAAAAATGAGATGGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 109140 AGCTGAGGCCATTATATGAAGAGTATGTGGTCTTGAAAAATGAGATGGCA

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    574 AGAGCAAATC         ATTATGAGGACTATGGGGATTATTGGAGAGG
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 109190 AGAGCAAATCGTA...CAGATTATGAGGACTATGGGGATTATTGGAGAGG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 AGACTATGAAGTAAATGGGGTAGATGGCTATGACTACAGCCGCGGCCAGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 111487 AGACTATGAAGTAAATGGGGTAGATGGCTATGACTACAGCCGCGGCCAGT

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    665 TGATTGAAGATGTGGAACATACCTTTGAAGAG         ATTAAACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 111537 TGATTGAAGATGTGGAACATACCTTTGAAGAGGTA...CAGATTAAACCA

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 TTATATGAACATCTTCATGCCTATGTGAGGGCAAAGTTGATGAATGCCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113063 TTATATGAACATCTTCATGCCTATGTGAGGGCAAAGTTGATGAATGCCTA

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    756 TCCTTCCTATATCAGTCCAATTGGATGCCTCCCTGCTCATTTGCTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 113113 TCCTTCCTATATCAGTCCAATTGGATGCCTCCCTGCTCATTTGCTTGGTA

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    803       GTGATATGTGGGGTAGATTTTGGACAAATCTGTACTCTTTGACA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113163 ...TAGGTGATATGTGGGGTAGATTTTGGACAAATCTGTACTCTTTGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 GTTCCCTTTGGACAGAAACCAAACATAGATGTTACTGATGCAATGGTGGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115384 GTTCCCTTTGGACAGAAACCAAACATAGATGTTACTGATGCAATGGTGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    897 CCAG         GCCTGGGATGCACAGAGAATATTCAAGGAGGCCGAGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115434 CCAGGTA...CAGGCCTGGGATGCACAGAGAATATTCAAGGAGGCCGAGA

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGTTCTTTGTATCTGTTGGTCTTCCTAATATGACTCAAGGATTCTGGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119559 AGTTCTTTGTATCTGTTGGTCTTCCTAATATGACTCAAGGATTCTGGGAA

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 AATTCCATGCTAACGGACCCAGGAAATGTTCAGAAAGCAGTCTGCCATCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119609 AATTCCATGCTAACGGACCCAGGAAATGTTCAGAAAGCAGTCTGCCATCC

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1038 CACAGCTTGGGACCTGGGGAAGGGCGACTTCAG         GATCCTTA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||
 119659 CACAGCTTGGGACCTGGGGAAGGGCGACTTCAGGTA...CAGGATCCTTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1079 TGTGCACAAAGGTGACAATGGACGACTTCCTGACAGCTCATCATGAGATG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122605 TGTGCACAAAGGTGACAATGGACGACTTCCTGACAGCTCATCATGAGATG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1129 GGGCATATCCAGTATGATATGGCATATGCTGCACAACCTTTTCTGCTAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122655 GGGCATATCCAGTATGATATGGCATATGCTGCACAACCTTTTCTGCTAAG

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1179 AAATGGAGCTAATGAAGGATTCCATGAAGCTGTTGGGGAAATCATGTCAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122705 AAATGGAGCTAATGAAGGATTCCATGAAGCTGTTGGGGAAATCATGTCAC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1229 TTTCTGCAGCCACACCTAAGCATTTAAAATCCATTGGTCTTCTGTCACCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 122755 TTTCTGCAGCCACACCTAAGCATTTAAAATCCATTGGTCTTCTGTCACCC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1279 GATTTTCAAGAAGACAATG         AAACAGAAATAAACTTCCTGCT
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 122805 GATTTTCAAGAAGACAATGGTA...CAGAAACAGAAATAAACTTCCTGCT

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1320 CAAACAAGCACTCACGATTGTTGGGACTCTGCCATTTACTTACATGTTAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125124 CAAACAAGCACTCACGATTGTTGGGACTCTGCCATTTACTTACATGTTAG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1370 AGAAGTGGAGGTGGATGGTCTTTAAAGGGGAAATTCCCAAAGACCAGTGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 125174 AGAAGTGGAGGTGGATGGTCTTTAAAGGGGAAATTCCCAAAGACCAGTGG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1420 ATGAAAAAGTGGTGGGAGATGAA         GCGAGAGATAGTTGGGGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 125224 ATGAAAAAGTGGTGGGAGATGAAGTA...AAGGCGAGAGATAGTTGGGGT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1461 GGTGGAACCTGTGCCCCATGATGAAACATACTGTGACCCCGCATCTCTGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 127465 GGTGGAACCTGTGCCCCATGATGAAACATACTGTGACCCCGCATCTCTGT

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1511 TCCATGTTTCTAATGATTACTCATTCATTCG         ATATTACACA
        |||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||
 127515 TCCATGTTTCTAATGATTACTCATTCATTCGGTA...CAGATATTACACA

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1552 AGGACCCTTTACCAATTCCAGTTTCAAGAAGCACTTTGTCAAGCAGCTAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128599 AGGACCCTTTACCAATTCCAGTTTCAAGAAGCACTTTGTCAAGCAGCTAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1602 ACATGAAGGCCCTCTGCACAAATGTGACATCTCAAACTCTACAGAAGCTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 128649 ACATGAAGGCCCTCTGCACAAATGTGACATCTCAAACTCTACAGAAGCTG

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1652 GACAGAAACTGTT         CAATATGCTGAGGCTTGGAAAATCAGAA
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 128699 GACAGAAACTGTTGTA...TAGCAATATGCTGAGGCTTGGAAAATCAGAA

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1693 CCCTGGACCCTAGCATTGGAAAATGTTGTAGGAGCAAAGAACATGAATGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129144 CCCTGGACCCTAGCATTGGAAAATGTTGTAGGAGCAAAGAACATGAATGT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1743 AAGGCCACTGCTCAACTACTTTGAGCCCTTATTTACCTGGCTGAAAGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129194 AAGGCCACTGCTCAACTACTTTGAGCCCTTATTTACCTGGCTGAAAGACC

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1793 AGAACAAGAATTCTTTTGTGGGATGGAGTACCGACTGGAGTCCAT     
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>..
 129244 AGAACAAGAATTCTTTTGTGGGATGGAGTACCGACTGGAGTCCATGTG..

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1838     ATGCAGACCAAAGCATCAAAGTGAGGATAAGCCTAAAATCAGCTCT
        .>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 129294 .CAGATGCAGACCAAAGCATCAAAGTGAGGATAAGCCTAAAATCAGCTCT

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1884 TGGAGATAAAGCA         TATGAATGGAACGACAATGAAATGTACC
        |||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 130605 TGGAGATAAAGCAGTG...CAGTATGAATGGAACGACAATGAAATGTACC

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1925 TGTTCCGATCATCTGTTGCATATGCTATGAGGCAGTACTTTTTAAAAGTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 133114 TGTTCCGATCATCTGTTGCATATGCTATGAGGCAGTACTTTTTAAAAGTA

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1975 AAAAATCAGATGATTCTTTTTGG         GGAGGAGGATGTGCGAGT
        |||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||
 133164 AAAAATCAGATGATTCTTTTTGGGTG...CAGGGAGGAGGATGTGCGAGT

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2016 GGCTAATTTGAAACCAAGAATCTCCTTTAATTTCTTTGTCACTGCACCTA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134561 GGCTAATTTGAAACCAAGAATCTCCTTTAATTTCTTTGTCACTGCACCTA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2066 AAAATGTGTCTGATATCATTCCTAGAACTGAAGTTGAAAAGGCCATCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 134611 AAAATGTGTCTGATATCATTCCTAGAACTGAAGTTGAAAAGGCCATCAGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2115         GATGTCCCGGAGCCGTATCAATGATGCTTTCCGTCTGAATGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 134661 TG...TAGGATGTCCCGGAGCCGTATCAATGATGCTTTCCGTCTGAATGA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2157 CGACAGCCTAGAGTTTCTGGGGATACAGCCAACACTTGGACCTCCTAACC
        | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136736 CAACAGCCTAGAGTTTCTGGGGATACAGCCAACACTTGGACCTCCTAACC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2207 AGCCCCCTGTTTCCATATGGCTGATTGTTTTTGGAGTTGTGATGGGAGTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136786 AGCCCCCTGTTTCCATATGGCTGATTGTTTTTGGAGTTGTGATGGGAGTG

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2257 ATAGTGGTTGGCATTGTCATCCTGATCTTCACTGGGATCAGAGATCGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136836 ATAGTGGTTGGCATTGTCATCCTGATCTTCACTGGGATCAGAGATCGGAA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2307 GAA         GAAAAATAAAGCAAGAAGTGGAGAAAATCCTTATGCCT
        |||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 136886 GAAGTA...CAGGAAAAATAAAGCAAGAAGTGGAGAAAATCCTTATGCCT

   2500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2348 CCATCGATATTAGCAAAGGAGAAAATAATCCAGGATTCCAAAACACTGAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 138937 CCATCGATATTAGCAAAGGAGAAAATAATCCAGGATTCCAAAACACTGAT

   2550     .    :    .
   2398 GATGTTCAGACCTCCTTT
        ||||||||||||||||||
 138987 GATGTTCAGACCTCCTTT