seq1 = pF1KE2092.tfa, 2346 bp
seq2 = pF1KE2092/gi568815597r_1657486.tfa (gi568815597r:1657486_1822818), 165333 bp

>pF1KE2092 2346
>gi568815597r:1657486_1822818 (Chr1)

(complement)

1-111  (100001-100111)   100% ->
112-227  (101108-101223)   98% ->
228-355  (103364-103491)   96% ->
356-494  (106341-106473)   94% ->
495-631  (110419-110555)   100% ->
632-754  (113179-113301)   100% ->
755-850  (113686-113781)   100% ->
851-1009  (113867-114025)   100% ->
1010-1075  (114574-114639)   100% ->
1076-1251  (115235-115410)   99% ->
1252-1342  (117087-117177)   100% ->
1343-1464  (117794-117915)   98% ->
1465-1570  (118164-118269)   99% ->
1571-1692  (118475-118596)   99% ->
1693-1800  (118673-118780)   97% ->
1801-1917  (118879-118995)   96% ->
1918-2066  (119195-119343)   96% ->
2067-2256  (119550-119739)   100% ->
2257-2346  (119820-119909)   100%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGGGTGATGAAAAGGACTCTTGGAAAGTGAAAACTTTAGATGAAATTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100001 ATGGGTGATGAAAAGGACTCTTGGAAAGTGAAAACTTTAGATGAAATTCT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 TCAGGAAAAGAAACGAAGGAAGGAACAAGAGGAGAAAGCAGAGATAAAAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100051 TCAGGAAAAGAAACGAAGGAAGGAACAAGAGGAGAAAGCAGAGATAAAAC

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 GCTTAAAAAAT         TCTGATGACCGGGATTCCAAGCGGGATTCC
        |||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||
 100101 GCTTAAAAAATGTA...TAGTCTGATGACCGGGATTCCAAGCGGGATTCC

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 CTTGAGGAGGGGGAGCTGAGAGATCACCGCATGGAGATCACAATAAGGAA
        ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
 101138 CTTGAGGAGGGGGAGCTGAGAGATCACTGCATGGAGATCACAATAAGGAA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    192 CTCCCCGTATAGAAGAGAAGACTCTATGGAAGACAG         AGGAG
        |||||||||||||||||||||||| |||||||||||>>>...>>>|||||
 101188 CTCCCCGTATAGAAGAGAAGACTCAATGGAAGACAGGTG...CAGAGGAG

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 AAGAAGATGATTCTTTGGCCATCAAACCACCCCAGCAAATGTCTCGGAAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 103369 AAGAAGATGATTCTTTGGCCATCAAACCACCCCAGCAAATGTCTCGGAAA

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    283 GAAAAAGCTCATCACAGAAAAGATGAAAAGAGAAAAGAGAAACGTAGGCA
        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||
 103419 GAAAAAGTTCATCACAGAAAAGATGAAAAGAGAAAAGAAAAATGTAGGCA

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    333 TCGTAGCCATTCAGCAGAAGGGG         GGAAGCATGCTAGAGTGA
        || ||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||--
 103469 TCATAGCCATTCAGCAGAAGGGGGTA...TAGGGAAGCATGCTAGAGT  

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    374 AAGAAAAAGAAAGAGAGCACGAACGTCGGAAACGGCATCGAGAAGAACAG
        --|--||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
 106357   G  AAAGAAAGAGAGCACGAACGTCGGAAACGACATCGAGAAGAACAG

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    424 GATAAAGCTCGCCGGGAATGGGAAAGACAGAAGAGAAGGGAGATGGCAAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
 106403 GATAAAGCTCGCCGGGAATGGGAAAGACAGAAGAGAAGGGAAATGGCAAG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    474 GGAGCATTCCAGGAGAGAAAG         GGACCGCTTGGAGCAGTTAG
        |||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106453 GGAGCATTCCAGGAGAGAAAGGTG...CAGGGACCGCTTGGAGCAGTTAG

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    515 AAAGGAAGCGGGAGCGGGAGCGCAAGATGCGGGAGCAGCAGAAGGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110439 AAAGGAAGCGGGAGCGGGAGCGCAAGATGCGGGAGCAGCAGAAGGAGCAG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    565 CGGGAGCAGAAGGAGCGCGAGCGGCGGGCGGAGGAGCGGCGCAAGGAGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 110489 CGGGAGCAGAAGGAGCGCGAGCGGCGGGCGGAGGAGCGGCGCAAGGAGCG

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    615 GGAGGCCCGCAGGGAAG         TGTCTGCACATCACCGAACGATGA
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 110539 GGAGGCCCGCAGGGAAGGTA...CAGTGTCTGCACATCACCGAACGATGA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    656 GAGAGGACTACAGCGACAAAGTGAAAGCCAGCCACTGGAGTCGCAGCCCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113203 GAGAGGACTACAGCGACAAAGTGAAAGCCAGCCACTGGAGTCGCAGCCCG

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    706 CCTCGGCCGCCGCGGGAGCGGTTCGAGTTGGGAGACGGCCGGAAGCCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 113253 CCTCGGCCGCCGCGGGAGCGGTTCGAGTTGGGAGACGGCCGGAAGCCAGG

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    755         TAAAAGAAGAGAAAATGGAAGAAAGGGACCTGCTGTCCGACT
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113303 TG...AAGTAAAAGAAGAGAAAATGGAAGAAAGGGACCTGCTGTCCGACT

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    797 TACAGGACATCAGCGACAGCGAGAGGAAGACCAGCTCGGCCGAGTCCTCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113728 TACAGGACATCAGCGACAGCGAGAGGAAGACCAGCTCGGCCGAGTCCTCG

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    847 TCAG         CGGAATCAGGCTCAGGTTCTGAGGAAGAAGAGGAGGA
        ||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113778 TCAGGTA...CAGCGGAATCAGGCTCAGGTTCTGAGGAAGAAGAGGAGGA

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    888 GGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAAGGGAGCACCAGTGAAGAATCAGAGGAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113904 GGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAAGGGAGCACCAGTGAAGAATCAGAGGAGG

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    938 AGGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGACCGGCAGCAACTCTGAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 113954 AGGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGACCGGCAGCAACTCTGAG

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    988 GAGGCATCAGAGCAGTCTGCCG         AAGAAGTAAGTGAGGAAGA
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 114004 GAGGCATCAGAGCAGTCTGCCGGTG...CAGAAGAAGTAAGTGAGGAAGA

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1029 AATGAGTGAAGATGAAGAACGAGAAAATGAAAACCACCTCTTGGTTG   
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>
 114593 AATGAGTGAAGATGAAGAACGAGAAAATGAAAACCACCTCTTGGTTGGTA

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1076       TTCCAGAGTCACGGTTCGACCGAGATTCCGGGGAGAGTGAAGAA
        ...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 114643 ...CAGTTCCAGAGTCACGGTTCGACCGAGATTCCGGGGAGAGTGAAGAA

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1120 GCAGAGGAAGAAGTGGGTGAGGGAACGCCGCAGAGCAGCGCCCTGACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115279 GCAGAGGAAGAAGTGGGTGAGGGAACGCCGCAGAGCAGCGCCCTGACAGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1170 GGGCGACTATGTGCCCGACTCCCCTGCCCTGTCGCCCATCGAGCTCAAGC
        |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
 115329 GGGCGACTATGTGCCCGACTCCCCTGCCCTGTTGCCCATCGAGCTCAAGC

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1220 AGGAGCTGCCCAAGTACCTGCCGGCCCTGCAG         GGCTGCCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 115379 AGGAGCTGCCCAAGTACCTGCCGGCCCTGCAGGTC...CAGGGCTGCCGG

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1261 AGCGTCGAGGAGTTCCAGTGCCTGAACAGGATCGAGGAGGGCACCTATGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117096 AGCGTCGAGGAGTTCCAGTGCCTGAACAGGATCGAGGAGGGCACCTATGG

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1311 AGTGGTCTACAGAGCAAAAGACAAGAAAACAG         ATGAAATTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||
 117146 AGTGGTCTACAGAGCAAAAGACAAGAAAACAGGTG...CAGATGAAATTG

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1352 TGGCTCTAAAGCGGCTGAAGATGGAGAAGGAGAAGGAGGGCTTCCCGATC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117803 TGGCTCTAAAGCGGCTGAAGATGGAGAAGGAGAAGGAGGGCTTCCCGATC

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1402 ACGTCGCTGAGGGAGATCAACACCATCCTCAAGGCCCAGCATCCCAACAT
        ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117853 ACGTCCCTGAGGGAGATCAACACCATCCTCAAGGCCCAGCATCCCAACAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1452 CGTCACCGTTAGA         GAGATTGTGGTGGGCAGCAACATGGACA
         ||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 117903 TGTCACCGTTAGAGTG...CAGGAGATTGTGGTGGGCAGCAACATGGACA

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1493 AGATCTACATCGTGATGAACTATGTGGAGCACGACCTCAAGAGCCTGATG
        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
 118192 AGATCTACATCGTGATGAACTACGTGGAGCACGACCTCAAGAGCCTGATG

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1543 GAGACCATGAAACAGCCCTTCCTGCCAG         GGGAGGTGAAGAC
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 118242 GAGACCATGAAACAGCCCTTCCTGCCAGGTA...CAGGGGAGGTGAAGAC

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1584 CCTGATGATCCAGCTGCTGCGTGGGGTGAAACACCTGCACGACAACTGGA
        ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
 118488 CCTGATGATCCAGCTGCTGCGGGGGGTGAAACACCTGCACGACAACTGGA

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1634 TCCTGCACCGTGACCTCAAGACGTCCAACCTGCTGCTGAGCCACGCCGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 118538 TCCTGCACCGTGACCTCAAGACGTCCAACCTGCTGCTGAGCCACGCCGGC

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1684 ATCCTCAAG         GTGGGTGACTTCGGGCTGGCGCGGGAGTACGG
        |||||||||>>>...>>>|||||||| || ||||||||||||||||||||
 118588 ATCCTCAAGGTG...CAGGTGGGTGATTTTGGGCTGGCGCGGGAGTACGG

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1725 ATCCCCTCTGAAGGCCTACACCCCGGTCGTGGTGACCCTGTGGTACCGCG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
 118705 ATCCCCTCTGAAGGCCTACACCCCGGTCGTGGTGACCCAGTGGTACCGCG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1775 CCCCAGAGCTGCTGCTTGGTGCCAAG         GAATACTCCACGGCC
        ||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||
 118755 CCCCAGAGCTGCTGCTTGGTGCCAAGGTG...TAGGAATACTCCACGGCC

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1816 GTGGACATGTGGTCAGTGGGTTGCATCTTCGGGGAGCTGCTGACTCAGAA
        |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 118894 GTGGACATGTGGTCAGTGGGCTGCATCTTCGGGGAGCTGCTGACTCAGAA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1866 GCCTCTGTTCCCCGGGAAGTCAGAAATCGATCAGATCAACAAGGTGTTCA
        |||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||
 118944 GCCTCTGTTCCCCGGGAATTCGGAAATCGATCAGATCAACAAAGTGTTCA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1916 AG         GATCTGGGGACCCCTAGTGAGAAAATCTGGCCCGGCTAC
        ||>>>...>>>|| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
 118994 AGGTG...CAGGAGCTGGGGACCCCCAGTGAGAAAATCTGGCCCGGCTAC

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1957 AGCGAGCTCCCAGCAGTCAAGAAGATGACCTTCAGCGAGCACCCCTACAA
        || |||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||
 119234 AGTGAGCTCCCAGTAGTCAAAAAGATGACCTTCAGCGAGCACCCCTACAA

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2007 CAACCTCCGCAAGCGCTTCGGGGCTCTGCTCTCAGACCAGGGCTTCGACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119284 CAACCTCCGCAAGCGCTTCGGGGCTCTGCTCTCAGACCAGGGCTTCGACC

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2057 TCATGAACAA         GTTCCTGACCTACTTCCCCGGGAGGAGGATC
        ||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||
 119334 TCATGAACAAGTG...CAGGTTCCTGACCTACTTCCCCGGGAGGAGGATC

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2098 AGCGCTGAGGACGGCCTCAAGCATGAGTATTTCCGCGAGACCCCCCTCCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119581 AGCGCTGAGGACGGCCTCAAGCATGAGTATTTCCGCGAGACCCCCCTCCC

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2148 CATCGACCCCTCCATGTTCCCCACGTGGCCCGCCAAGAGCGAGCAGCAGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119631 CATCGACCCCTCCATGTTCCCCACGTGGCCCGCCAAGAGCGAGCAGCAGC

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2198 GTGTGAAGCGGGGCACCAGCCCGAGGCCCCCTGAGGGAGGCCTGGGCTAC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119681 GTGTGAAGCGGGGCACCAGCCCGAGGCCCCCTGAGGGAGGCCTGGGCTAC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2248 AGCCAGCTG         GGTGACGACGACCTGAAGGAGACGGGCTTCCA
        |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||
 119731 AGCCAGCTGGTG...CAGGGTGACGACGACCTGAAGGAGACGGGCTTCCA

   2450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2289 CCTTACCACCACGAACCAGGGGGCCTCTGCCGCGGGCCCCGGCTTCAGCC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 119852 CCTTACCACCACGAACCAGGGGGCCTCTGCCGCGGGCCCCGGCTTCAGCC

   2500     .
   2339 TCAAGTTC
        ||||||||
 119902 TCAAGTTC