seq1 = pF1KE2086.tfa, 2280 bp
seq2 = pF1KE2086/gi568815579r_45251632.tfa (gi568815579r:45251632_45470232), 218601 bp

>pF1KE2086 2280
>gi568815579r:45251632_45470232 (Chr19)

(complement)

1-105  (99999-100100)   97% ->
106-183  (101086-101163)   100% ->
184-246  (101241-101303)   100% ->
247-360  (101490-101603)   100% ->
361-477  (105075-105191)   99% ->
478-594  (105279-105395)   100% ->
595-718  (105686-105809)   100% ->
719-815  (105902-105998)   100% ->
816-949  (106114-106247)   99% ->
950-1118  (106322-106490)   100% ->
1119-1237  (108591-108709)   100% ->
1238-1307  (112534-112603)   100% ->
1308-1377  (112690-112759)   100% ->
1378-1479  (112862-112963)   100% ->
1480-1543  (114505-114568)   100% ->
1544-1665  (115382-115503)   100% ->
1666-1758  (116899-116991)   100% ->
1759-1831  (117078-117150)   100% ->
1832-1902  (117417-117487)   100% ->
1903-2046  (117584-117727)   100% ->
2047-2190  (117881-118024)   99% ->
2191-2280  (118512-118601)   98%

      0     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
      1 ATGAAGCTCAACGTGGACGGGCTCCTGGTCTACTTCCCGTACGACTACAT
        |-|--|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  99999 A G  GCTCAACGTGGACGGGCTCCTGGTCTACTTCCCGTACGACTACAT

     50     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
     51 CTACCCCGAGCAGTTCTCCTACATGCGGGAGCTCAAACGCACGCTGGACG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100046 CTACCCCGAGCAGTTCTCCTACATGCGGGAGCTCAAACGCACGCTGGACG

    100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    101 CCAAG         GGTCATGGAGTCCTGGAGATGCCCTCAGGCACCGGG
        |||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 100096 CCAAGGTG...CAGGGTCATGGAGTCCTGGAGATGCCCTCAGGCACCGGG

    150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    142 AAGACAGTATCCCTGTTGGCCCTGATCATGGCATACCAGAGA        
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>
 101122 AAGACAGTATCCCTGTTGGCCCTGATCATGGCATACCAGAGAGTG...CA

    200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    184  GCATATCCGCTGGAGGTGACCAAACTCATCTACTGCTCAAGAACTGTGC
        >|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101240 GGCATATCCGCTGGAGGTGACCAAACTCATCTACTGCTCAAGAACTGTGC

    250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    233 CAGAGATTGAGAAG         GTGATTGAAGAGCTTCGAAAGTTGCTC
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 101290 CAGAGATTGAGAAGGTA...TAGGTGATTGAAGAGCTTCGAAAGTTGCTC

    300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    274 AACTTCTATGAGAAGCAGGAGGGCGAGAAGCTGCCGTTTCTGGGACTGGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 101517 AACTTCTATGAGAAGCAGGAGGGCGAGAAGCTGCCGTTTCTGGGACTGGC

    350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    324 TCTGAGCTCCCGCAAAAACTTGTGTATTCACCCTGAG         GTGA
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||
 101567 TCTGAGCTCCCGCAAAAACTTGTGTATTCACCCTGAGGTG...CAGGTGA

    400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    365 CACCCCTGCGCTTTGGGAAGGACGTCGATGGGAAATGCCACAGCCTCACA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105079 CACCCCTGCGCTTTGGGAAGGACGTCGATGGGAAATGCCACAGCCTCACA

    450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    415 GCCTCCTATGTGCGGGCGCAGTACCAGCATGACACCAGCCTGCCCCACTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105129 GCCTCCTATGTGCGGGCGCAGTACCAGCATGACACCAGCCTGCCCCACTG

    500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    465 CCGCTTCTATGAG         GAATTTGATGCCCATGGGCGTGAGGTGC
        ||| |||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||||||
 105179 CCGATTCTATGAGGTT...CAGGAATTTGATGCCCATGGGCGTGAGGTGC

    550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    506 CCCTCCCCGCTGGCATCTACAACCTGGATGACCTGAAGGCCCTGGGGCGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105307 CCCTCCCCGCTGGCATCTACAACCTGGATGACCTGAAGGCCCTGGGGCGG

    600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    556 CGCCAGGGCTGGTGCCCATACTTCCTTGCTCGATACTCA         AT
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||
 105357 CGCCAGGGCTGGTGCCCATACTTCCTTGCTCGATACTCAGTG...CAGAT

    650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    597 CCTGCATGCCAATGTGGTGGTTTATAGCTACCACTACCTCCTGGACCCCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105688 CCTGCATGCCAATGTGGTGGTTTATAGCTACCACTACCTCCTGGACCCCA

    700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    647 AGATTGCAGACCTGGTGTCCAAGGAACTGGCCCGCAAGGCCGTCGTGGTC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105738 AGATTGCAGACCTGGTGTCCAAGGAACTGGCCCGCAAGGCCGTCGTGGTC

    750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    697 TTCGACGAGGCCCACAACATTG         ACAACGTCTGCATCGACTC
        ||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||
 105788 TTCGACGAGGCCCACAACATTGGTG...CAGACAACGTCTGCATCGACTC

    800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    738 CATGAGCGTCAACCTCACCCGCCGGACCCTTGACCGGTGCCAGGGCAACC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 105921 CATGAGCGTCAACCTCACCCGCCGGACCCTTGACCGGTGCCAGGGCAACC

    850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    788 TGGAGACCCTGCAGAAGACGGTGCTCAG         GATCAAAGAGACA
        ||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||
 105971 TGGAGACCCTGCAGAAGACGGTGCTCAGGTG...CAGGATCAAAGAGACA

    900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    829 GACGAGCAGCGCCTGCGGGACGAGTACCGGCGTCTGGTGGAGGGGCTGCG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106127 GACGAGCAGCGCCTGCGGGACGAGTACCGGCGTCTGGTGGAGGGGCTGCG

    950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    879 GGAGGCCAGCGCCGCCCGGGAGACGGACGCCCACCTGGCCAACCCCGTGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106177 GGAGGCCAGCGCCGCCCGGGAGACGGACGCCCACCTGGCCAACCCCGTGC

   1000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    929 TGCCCAACGAAGTGCTGCAGG         AGGCAGTGCCTGGCTCCATC
        ||||| |||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||
 106227 TGCCCGACGAAGTGCTGCAGGGTG...CAGAGGCAGTGCCTGGCTCCATC

   1050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
    970 CGCACGGCCGAGCATTTCCTGGGCTTCCTGAGGCGGCTGCTGGAGTACGT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106342 CGCACGGCCGAGCATTTCCTGGGCTTCCTGAGGCGGCTGCTGGAGTACGT

   1100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1020 GAAGTGGCGGCTGCGTGTGCAGCATGTGGTGCAGGAGAGCCCGCCCGCCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106392 GAAGTGGCGGCTGCGTGTGCAGCATGTGGTGCAGGAGAGCCCGCCCGCCT

   1150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1070 TCCTGAGCGGCCTGGCCCAGCGCGTGTGCATCCAGCGCAAGCCCCTCAG 
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>
 106442 TCCTGAGCGGCCTGGCCCAGCGCGTGTGCATCCAGCGCAAGCCCCTCAGG

   1200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1119         ATTCTGTGCTGAACGCCTCCGGTCCCTGCTGCATACTCTGGA
        >>...>>>||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 106492 TG...CAGATTCTGTGCTGAACGCCTCCGGTCCCTGCTGCATACTCTGGA

   1250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1161 GATCACCGACCTTGCTGACTTCTCCCCGCTCACCCTCCTTGCTAACTTTG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 108633 GATCACCGACCTTGCTGACTTCTCCCCGCTCACCCTCCTTGCTAACTTTG

   1300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1211 CCACCCTTGTCAGCACCTACGCCAAAG         GCTTCACCATCATC
        |||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||
 108683 CCACCCTTGTCAGCACCTACGCCAAAGGTA...CAGGCTTCACCATCATC

   1350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1252 ATCGAGCCCTTTGACGACAGAACCCCGACCATTGCCAACCCCATCCTGCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112548 ATCGAGCCCTTTGACGACAGAACCCCGACCATTGCCAACCCCATCCTGCA

   1400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1302 CTTCAG         CTGCATGGACGCCTCGCTGGCCATCAAACCCGTAT
        ||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112598 CTTCAGGTG...CAGCTGCATGGACGCCTCGCTGGCCATCAAACCCGTAT

   1450     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1343 TTGAGCGTTTCCAGTCTGTCATCATCACATCTGGG         ACACTG
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>||||||
 112725 TTGAGCGTTTCCAGTCTGTCATCATCACATCTGGGGTA...CAGACACTG

   1500     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1384 TCCCCGCTGGACATCTACCCCAAGATCCTGGACTTCCACCCCGTCACCAT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112868 TCCCCGCTGGACATCTACCCCAAGATCCTGGACTTCCACCCCGTCACCAT

   1550     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1434 GGCAACCTTCACCATGACGCTGGCACGGGTCTGCCTCTGCCCTATG    
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>.
 112918 GGCAACCTTCACCATGACGCTGGCACGGGTCTGCCTCTGCCCTATGGTG.

   1600     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1480      ATCATCGGCCGTGGCAATGACCAGGTGGCCATCAGCTCCAAATTT
        ..>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 112968 ..CAGATCATCGGCCGTGGCAATGACCAGGTGGCCATCAGCTCCAAATTT

   1650     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1525 GAGACCCGGGAGGATATTG         CTGTGATCCGGAACTATGGGAA
        |||||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||
 114550 GAGACCCGGGAGGATATTGGTA...CAGCTGTGATCCGGAACTATGGGAA

   1700     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1566 CCTCCTGCTGGAGATGTCCGCTGTGGTCCCTGATGGCATCGTGGCCTTCT
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115404 CCTCCTGCTGGAGATGTCCGCTGTGGTCCCTGATGGCATCGTGGCCTTCT

   1750     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1616 TCACCAGCTACCAGTACATGGAGAGCACCGTGGCCTCCTGGTATGAGCAG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115454 TCACCAGCTACCAGTACATGGAGAGCACCGTGGCCTCCTGGTATGAGCAG

   1800     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1666          GGGATCCTTGAGAACATCCAGAGGAACAAGCTGCTCTTTAT
        >>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 115504 GTA...CAGGGGATCCTTGAGAACATCCAGAGGAACAAGCTGCTCTTTAT

   1850     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1707 TGAGACCCAGGATGGTGCCGAAACCAGTGTCGCCCTGGAGAAGTACCAGG
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116940 TGAGACCCAGGATGGTGCCGAAACCAGTGTCGCCCTGGAGAAGTACCAGG

   1900     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1757 AG         GCCTGCGAGAATGGCCGCGGGGCCATCCTGCTGTCAGTG
        ||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 116990 AGGTG...CAGGCCTGCGAGAATGGCCGCGGGGCCATCCTGCTGTCAGTG

   1950     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1798 GCCCGGGGCAAAGTGTCCGAGGGAATCGACTTTG         TGCACCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||
 117117 GCCCGGGGCAAAGTGTCCGAGGGAATCGACTTTGGTG...CAGTGCACCA

   2000     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1839 CTACGGGCGGGCCGTCATCATGTTTGGCGTCCCCTACGTCTACACACAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117424 CTACGGGCGGGCCGTCATCATGTTTGGCGTCCCCTACGTCTACACACAGA

   2050     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1889 GCCGCATTCTCAAG         GCGCGGCTGGAATACCTGCGGGACCAG
        ||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||||||||
 117474 GCCGCATTCTCAAGGTG...CAGGCGCGGCTGGAATACCTGCGGGACCAG

   2100     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1930 TTCCAGATTCGTGAGAATGACTTTCTTACCTTCGATGCCATGCGCCACGC
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117611 TTCCAGATTCGTGAGAATGACTTTCTTACCTTCGATGCCATGCGCCACGC

   2150     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   1980 GGCCCAGTGTGTGGGTCGGGCCATCAGGGGCAAGACGGACTACGGCCTCA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117661 GGCCCAGTGTGTGGGTCGGGCCATCAGGGGCAAGACGGACTACGGCCTCA

   2200     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2030 TGGTCTTTGCCGACAAG         CGGTTTGCCCGTGGGGACAAGCGG
        |||||||||||||||||>>>...>>>||||||||||||||||||||||||
 117711 TGGTCTTTGCCGACAAGGTG...CAGCGGTTTGCCCGTGGGGACAAGCGG

   2250     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2071 GGGAAGCTGCCCCGCTGGATCCAGGAGCACCTCACAGATGCCAACCTCAA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117905 GGGAAGCTGCCCCGCTGGATCCAGGAGCACCTCACAGATGCCAACCTCAA

   2300     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2121 CCTGACCGTGGATGAGGGTGTCCAGGTGGCCAAGTACTTCCTGCGGCAGA
        |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 117955 CCTGACCGTGGACGAGGGTGTCCAGGTGGCCAAGTACTTCCTGCGGCAGA

   2350     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2171 TGGCACAGCCCTTCCACCGG         GAGGATCAGCTGGGCCTGTCC
        ||||||||||||||||||||>>>...>>>|||||||||||||||||||||
 118005 TGGCACAGCCCTTCCACCGGGTG...CAGGAGGATCAGCTGGGCCTGTCC

   2400     .    :    .    :    .    :    .    :    .    :
   2212 CTGCTCAGCCTGGAGCAGCTAGAATCAGAGGAGACGCTGCAGAGGATAGA
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
 118533 CTGCTCAGCCTGGAGCAGCTAGAATCAGAGGAGACGCTGAAGAGGATAGA

   2450     .    :    .
   2262 GCAGATTGCTCAGCAGCTC
        |||||||||||||||||||
 118583 GCAGATTGCTCAGCAGCTC